un logiciel de scaffolding intégrant différents sources d ... - Inra
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10 avril 2013 – Colloque EPGV – Lusignan – Jerome.Gouzy@toulouse.inra.fr<br />
LYNX « manuel » pour les problèmes les plus complexes<br />
► Beaucoup <strong>de</strong> données <strong>de</strong> différentes natures<br />
► Design du protocole <strong>de</strong> <strong>scaffolding</strong> Fichier <strong>de</strong> configuration<br />
• Modules <strong>de</strong> la recette<br />
►Scaffolding; Ajout <strong>de</strong>s repeats; Construction d’<strong>un</strong>e pseudomolécule (si<br />
GM/OP); Scaffolding/Micro<strong>scaffolding</strong>; Détection/correction d’erreur<br />
• Paramètres <strong>de</strong>s différentes étapes du <strong>scaffolding</strong><br />
►Filtrages <strong>de</strong>s hits selon les banques (suppression redondance,<br />
contamination paired-end dans les banques mate-pairs, etc.)<br />
►Contrôle <strong>de</strong>s itérations<br />
►Contrôle <strong>de</strong>(s) algorithme(s) <strong>de</strong> <strong>scaffolding</strong><br />
Dépend <strong>de</strong>s données pas du tout générique<br />
Lourd et expérience dépendant<br />
En cours <strong>de</strong> développement (= la doc c’est le co<strong>de</strong>!)
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