un logiciel de scaffolding intégrant différents sources d ... - Inra
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10 avril 2013 – Colloque EPGV – Lusignan – Jerome.Gouzy@toulouse.inra.fr<br />
Pipelines automatiques pour traiter les<br />
problèmes les plus simples<br />
► Assemblage <strong>de</strong> transcriptomes<br />
+ Suppression <strong>de</strong> la redondance dans <strong>un</strong> assemblage <strong>de</strong><br />
transcriptome<br />
► Assemblage paired-end <strong>de</strong> génomes<br />
+ Ordonnancement en fonction d’<strong>un</strong>e référence<br />
Basés sur:<br />
LYNX<br />
SOAP<strong>de</strong>novo<br />
Velvet<br />
cap3<br />
Interface CLI (ligne <strong>de</strong> comman<strong>de</strong> <strong>un</strong>ix), l’objectif est <strong>de</strong> les rendre<br />
disponibles à travers <strong>de</strong>s interfaces web (moteur <strong>de</strong> workflow type<br />
galaxy, mobyle, etc.; sites web dédiés)<br />
Approches « brutales » lourd + heuristiques<br />
Les métriques usuelles ne suffisent pas à évaluer la qualité du résultat<br />
toujours imaginer <strong>un</strong> contrôle externe qui vérifie le sens biologique
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