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Plateforme bioinformatique du LIPM/SPE: bilan des outils et compétences sur l’assemblage Scaffolder LYNX supprimer redondance et chevauchements Bact. avec bcp IS x genot . mRNA diploide Champignon hapl. 25Mb (ref. partielle) x genot OOmycet e 100Mb x genot Mt pe, mp, BES, OM (ref. partielle) N/A +++ OK OK En cours (très long) scaffoling pe+mp +++ En cours Attente data + intégration OpticalMap + intégration carte génétique dense Assemblage guidé par référence Ms Tournesol pe, mp, (BES?), carte génet GBS x genot En cours (très long) ++ - + N/A En cours N/A ++ N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A prévu +++ Prévu Prévu N/A prévu prévu Combler les trous ++ N/A Prévu Prévu ++ prévu prévu Réinjection des repeats ++ En cours Prévu ++/- prévu prévu
10 avril 2013 – Colloque EPGV – Lusignan – Jerome.Gouzy@toulouse.inra.fr Stratégie ►10% du temps humain pour traiter 90% des problèmes automatiser les problèmes simples (= les plus communs) ►90% du temps humain pour (essayer de) traiter les problèmes compliqués
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