un logiciel de scaffolding intégrant différents sources d ... - Inra
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Plateforme bioinformatique du LIPM/SPE: bilan <strong>de</strong>s<br />
outils et compétences sur l’assemblage<br />
Scaffol<strong>de</strong>r<br />
LYNX<br />
supprimer<br />
redondance et<br />
chevauchements<br />
Bact.<br />
avec<br />
bcp<br />
IS<br />
x<br />
genot<br />
.<br />
mRNA<br />
diploi<strong>de</strong><br />
Champignon<br />
hapl. 25Mb<br />
(ref. partielle)<br />
x genot<br />
OOmycet<br />
e<br />
100Mb<br />
x genot<br />
Mt<br />
pe, mp,<br />
BES, OM<br />
(ref.<br />
partielle)<br />
N/A +++ OK OK En cours<br />
(très long)<br />
scaffoling pe+mp +++ En cours Attente<br />
data<br />
+ intégration<br />
OpticalMap<br />
+ intégration<br />
carte génétique<br />
<strong>de</strong>nse<br />
Assemblage<br />
guidé par<br />
référence<br />
Ms<br />
Tournesol<br />
pe, mp,<br />
(BES?),<br />
carte génet<br />
GBS<br />
x genot<br />
En cours<br />
(très long)<br />
++ - +<br />
N/A En cours N/A ++ N/A N/A<br />
N/A N/A N/A N/A N/A prévu<br />
+++ Prévu Prévu N/A prévu prévu<br />
Combler les trous ++ N/A Prévu Prévu ++ prévu prévu<br />
Réinjection <strong>de</strong>s<br />
repeats<br />
++ En cours Prévu ++/- prévu prévu
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