un logiciel de scaffolding intégrant différents sources d ... - Inra
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10 avril 2013 – Colloque EPGV – Lusignan – Jerome.Gouzy@toulouse.inra.fr<br />
Pas <strong>un</strong> problème <strong>de</strong> <strong>scaffolding</strong> mais <strong>de</strong>s<br />
<strong>de</strong>s problèmes (intimement liés)<br />
► Assemblage <strong>de</strong> novo<br />
► Utilisation d’<strong>un</strong>e référence pour ordonner <strong>de</strong>s<br />
contigs/assemblés par ailleurs<br />
► Utiliser <strong>un</strong> 2 e assemblage (ou <strong>de</strong>s lectures longues) pour<br />
combler les trous d’<strong>un</strong> assemblage <strong>de</strong> référence<br />
► Assembler <strong>un</strong> chromosome ou <strong>un</strong> morceau <strong>de</strong> chromosome<br />
► « Finishing »<br />
• Positionner les contigs/repeats dans les trous<br />
► Ordonner <strong>de</strong>s scaffolds<br />
• Sur <strong>un</strong>e carte optique<br />
• Sur <strong>un</strong>e carte génétique
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