Laboratoire de recherche en virologie médicale - Institut Louis ...
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On notera accessoirem<strong>en</strong>t la prés<strong>en</strong>ce d’une souche isolée à Tahiti <strong>en</strong> 1965 (Tahiti65) au<br />
sein du génotype IV qui semble ne plus circuler dans le mon<strong>de</strong> <strong>de</strong>puis la fin <strong>de</strong>s<br />
années 70.<br />
Plus <strong>de</strong> la moitié <strong>de</strong>s souches (9/17) ont une séqu<strong>en</strong>ce <strong>en</strong> aci<strong>de</strong> aminés rigoureusem<strong>en</strong>t<br />
i<strong>de</strong>ntiques sur le gène <strong>de</strong> l’<strong>en</strong>veloppe. La souche la plus diverg<strong>en</strong>te a seulem<strong>en</strong>t<br />
2 substitutions <strong>en</strong> aa sur les 493 que comporte l’<strong>en</strong>veloppe.<br />
• Conclusions et perspectives<br />
Cette étu<strong>de</strong> phylogénétique montre l’exist<strong>en</strong>ce d’un topotype spécifique du Pacifiquesud<br />
au sein du génotype I <strong>de</strong> DEN-3 et une évolution génétique <strong>de</strong>s souches au sein <strong>de</strong><br />
ce génotype qui s’effectue dans le temps.<br />
Ces étu<strong>de</strong>s phylogénétiques sont ess<strong>en</strong>tielles pour suivre l’évolution virale, et gui<strong>de</strong>r<br />
l’introduction <strong>de</strong> futurs vaccins.<br />
I<strong>de</strong>ntification <strong>de</strong> marqueurs moléculaires corrélés à la virul<strong>en</strong>ce et à l’atténuation <strong>de</strong> souches<br />
virales <strong>de</strong> <strong>de</strong>ngue 3 isolées <strong>en</strong> Polynésie française<br />
• Participants et collaborateurs<br />
C. ROCHE, M. AUBRY, B. MURGUE (IRD Paris)<br />
• Objectif<br />
Ce programme a pour objectif l’évaluation <strong>de</strong> l’implication év<strong>en</strong>tuelle <strong>de</strong>s modifications<br />
génétiques dans les variations <strong>de</strong> virul<strong>en</strong>ce <strong>de</strong>s souches <strong>de</strong> DEN-3.<br />
• Etu<strong>de</strong><br />
Trois épidémies <strong>de</strong> DEN-3 ont touché la Polynésie française <strong>en</strong> 1964, 1969 et 1989. Les<br />
<strong>de</strong>ux premières épidémies, au cours <strong>de</strong>squelles <strong>de</strong>s souches <strong>de</strong> DEN-3 du génotype IV ont<br />
été isolées, n’ont pas été impliquées dans l’apparition <strong>de</strong> formes sévères <strong>de</strong> la maladie<br />
(DH/DSC). Par contre, l’épidémie <strong>de</strong> 1989 qui a pour origine <strong>de</strong>s souches <strong>de</strong> DEN-3 du<br />
génotype I, a été qualifiée <strong>de</strong> sévère <strong>en</strong> raison <strong>de</strong>s nombreux cas <strong>de</strong> DH/DSC (72 DSS et<br />
11 décès rec<strong>en</strong>sés parmi 263 cas confirmés et hospitalisés dans le service <strong>de</strong> pédiatrie<br />
du C<strong>en</strong>tre hospitalier territorial). D’après ces observations, les souches <strong>de</strong> DEN-3 du<br />
génotype I aurai<strong>en</strong>t un pot<strong>en</strong>tiel <strong>de</strong> virul<strong>en</strong>ce plus élevé que celles du génotype IV.<br />
Afin d’étayer cette hypothèse, nous nous proposons d’étudier les différ<strong>en</strong>ces<br />
génétiques <strong>de</strong> souches <strong>de</strong> DEN-3 <strong>de</strong> génotypes différ<strong>en</strong>ts, ayant circulé <strong>en</strong> Polynésie<br />
française avec un impact épidémiologique différ<strong>en</strong>t, <strong>en</strong> comparant leurs séqu<strong>en</strong>ces<br />
complètes <strong>en</strong> nucléoti<strong>de</strong>s et/ou <strong>en</strong> aci<strong>de</strong>s aminés.<br />
Les souches du génotype I ont été séqu<strong>en</strong>cées lors d’une précé<strong>de</strong>nte étu<strong>de</strong> portant sur<br />
la caractérisation <strong>de</strong> marqueurs génétiques <strong>de</strong> la <strong>de</strong>ngue associés à la sévérité <strong>de</strong> la<br />
maladie.<br />
Concernant le génotype IV, 3 souches lyophilisées <strong>de</strong> DEN-3 <strong>de</strong>s années 60<br />
(Tahiti64/228771, Tahiti69/22770 et Tahiti69/29770) ont été testées.<br />
• Etat d’avancem<strong>en</strong>t <strong>de</strong>s travaux/Résultats<br />
Seule la souche Tahiti64/228771 (PF64) a pu être amplifiée sans pouvoir être réactivée<br />
sur culture cellulaire. Malgré cette difficulté, 70% du génome ont pu être séqu<strong>en</strong>cés <strong>en</strong><br />
2006.<br />
Une partie du génome (21,17%, correspondant à la séqu<strong>en</strong>ce complète du gène prM/M<br />
et <strong>de</strong>s séqu<strong>en</strong>ces partielles <strong>de</strong>s gènes C, E, NS1 et NS2a), a pu être comparée aux<br />
séqu<strong>en</strong>ces correspondantes <strong>de</strong> 17 autres souches <strong>de</strong> DEN-3. Le tableau ci-<strong>de</strong>ssous<br />
résume les différ<strong>en</strong>ces <strong>en</strong> aci<strong>de</strong>s aminés observées <strong>en</strong>tre la souche PF64 et les souches<br />
<strong>de</strong>s génotypes I, II et III.<br />
Les premières analyses ont mis <strong>en</strong> évi<strong>de</strong>nce 2 modifications d’intérêt au sein <strong>de</strong>s<br />
protéines <strong>de</strong> structure :<br />
<strong>Institut</strong> <strong>Louis</strong> Malardé – Rapport annuel 2006 34