Laboratoire de recherche en virologie médicale - Institut Louis ...

On notera accessoirement la présence d’une souche isolée à Tahiti en 1965 (Tahiti65) au
sein du génotype IV qui semble ne plus circuler dans le monde depuis la fin des
années 70.
Plus de la moitié des souches (9/17) ont une séquence en acide aminés rigoureusement
identiques sur le gène de l’enveloppe. La souche la plus divergente a seulement
2 substitutions en aa sur les 493 que comporte l’enveloppe.
• Conclusions et perspectives
Cette étude phylogénétique montre l’existence d’un topotype spécifique du Pacifiquesud
au sein du génotype I de DEN-3 et une évolution génétique des souches au sein de
ce génotype qui s’effectue dans le temps.
Ces études phylogénétiques sont essentielles pour suivre l’évolution virale, et guider
l’introduction de futurs vaccins.
Identification de marqueurs moléculaires corrélés à la virulence et à l’atténuation de souches
virales de dengue 3 isolées en Polynésie française
• Participants et collaborateurs
C. ROCHE, M. AUBRY, B. MURGUE (IRD Paris)
• Objectif
Ce programme a pour objectif l’évaluation de l’implication éventuelle des modifications
génétiques dans les variations de virulence des souches de DEN-3.
• Etude
Trois épidémies de DEN-3 ont touché la Polynésie française en 1964, 1969 et 1989. Les
deux premières épidémies, au cours desquelles des souches de DEN-3 du génotype IV ont
été isolées, n’ont pas été impliquées dans l’apparition de formes sévères de la maladie
(DH/DSC). Par contre, l’épidémie de 1989 qui a pour origine des souches de DEN-3 du
génotype I, a été qualifiée de sévère en raison des nombreux cas de DH/DSC (72 DSS et
11 décès recensés parmi 263 cas confirmés et hospitalisés dans le service de pédiatrie
du Centre hospitalier territorial). D’après ces observations, les souches de DEN-3 du
génotype I auraient un potentiel de virulence plus élevé que celles du génotype IV.
Afin d’étayer cette hypothèse, nous nous proposons d’étudier les différences
génétiques de souches de DEN-3 de génotypes différents, ayant circulé en Polynésie
française avec un impact épidémiologique différent, en comparant leurs séquences
complètes en nucléotides et/ou en acides aminés.
Les souches du génotype I ont été séquencées lors d’une précédente étude portant sur
la caractérisation de marqueurs génétiques de la dengue associés à la sévérité de la
maladie.
Concernant le génotype IV, 3 souches lyophilisées de DEN-3 des années 60
(Tahiti64/228771, Tahiti69/22770 et Tahiti69/29770) ont été testées.
• Etat d’avancement des travaux/Résultats
Seule la souche Tahiti64/228771 (PF64) a pu être amplifiée sans pouvoir être réactivée
sur culture cellulaire. Malgré cette difficulté, 70% du génome ont pu être séquencés en
2006.
Une partie du génome (21,17%, correspondant à la séquence complète du gène prM/M
et des séquences partielles des gènes C, E, NS1 et NS2a), a pu être comparée aux
séquences correspondantes de 17 autres souches de DEN-3. Le tableau ci-dessous
résume les différences en acides aminés observées entre la souche PF64 et les souches
des génotypes I, II et III.
Les premières analyses ont mis en évidence 2 modifications d’intérêt au sein des
protéines de structure :
Institut Louis Malardé – Rapport annuel 2006 34