Laboratoire de recherche en virologie médicale - Institut Louis ...

Le Dr Manola LAILLE ayant fait connaître sa décision de démissionner à l’issue de sa disponibilité, le
Pr Rémy TEYSSOU, Directeur de la Recherche depuis le 16 octobre 2006, a été nommé responsable
du LVM le 13 novembre 2006.
L’année 2006 a donc été une année de transition, avec une incertitude sur l’organisation du
laboratoire. Une restructuration s’en est suivie après la nomination du Pr Rémy TEYSSOU, le
recrutement du Dr Van-Mai CAO LORMEAU à l’issue de sa thèse, d’abord en CDD (3 mois) puis en CDI
à compter du 23 octobre 2006, et le recrutement de Maite AUBRY en CVD d’un an, en fin d’année,
après 6 mois de stage dans le cadre d’un Master 1 de Recherche.
Les programmes du LVM se sont articulés autour de 4 axes :
• Etudes génétiques du virus de la dengue,
• Surveillance de la dengue et autres arboviroses,
• Relations Virus de la dengue/Hôte humain,
• Relations Virus de la dengue/Moustique vecteur.
Les activités de recherche
1- Axe 1 : Etude génétique du virus de la dengue
Mise en évidence d’un topotype de dengue 3 spécifique du Pacifique Sud
• Participants et collaborateurs
C. ROCHE, B. MURGUE (IRD Paris), R. CHARREL et X. de LAMBALLERIE (Faculté
de Médecine de Marseille)
• Objectif
Ce programme a pour objectif la caractérisation de l’évolution génétique de souches
virales de DEN-3 ayant circulé dans la zone Pacifique de 1989 à 1996.
• Etude
Lors d’un programme précédent portant sur la caractérisation de marqueurs génétiques
de la dengue associés à la sévérité de la maladie, nous avons mis en évidence un groupe
de souches de DEN-3 génétiquement proches laissant supposer l’existence d’un topotype
spécifiquement polynésien.
Cette étude d’épidémiologie moléculaire basée sur l’analyse phylogénétique du gène E
des virus de DEN-3 a pour objectif de confirmer cette hypothèse.
Seize souches isolées dans les différents archipels de la Polynésie française de 1989 à
1996 ont été sélectionnées de façon à étudier la variabilité génétique du virus de la
dengue à la fois dans l’espace et au cours du temps. Le séquençage du gène
d’enveloppe (1485 bp) de ces souches a été réalisé. De façon à élargir notre étude, nous
avons également séquencé l’enveloppe entière d’une souche isolée en Nouvelle-
Calédonie en 1989 (NC89).
• Etat d’avancement des travaux/Résultats
Le séquençage a été réalisé et les séquences ont été alignées avec 74 souches de DEN-3
dont les séquences complètes du gène E sont disponibles sur GenBank.
L’analyse phylogénétique a été réalisée grâce au logiciel MEGA3 utilisant l’algorithme
Jukes-Cantor pour la détermination des distances et la méthode du Neighbor-Joining
pour la construction de l’arbre. La solidité de l’arbre a été testée par 500 bootstraps.
L’analyse phylogénétique du gène E de DEN-3 confirme l’existence de 4 génotypes déjà
décrits par d’autres auteurs. Les souches de Polynésie française de notre étude
appartiennent toutes au génotype I et forment un topotype particulier au sein de ce
génotype. Une souche Fiji92 ainsi que la souche NC89 font également partie de ce
topotype, spécifique du « Pacifique Sud ». Au sein de ce topotype, on note une
microévolution temporelle à partir de 1994.
Institut Louis Malardé – Rapport annuel 2006 33