Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
Introduction ‣ Quelques définitions Séquençage : déterminer la succession linéairedesbasesA,C,G,Tdel’ADN,lalecturede cette séquence permet d’étudierd l’information biologique contenue par celle-ci Séquençage Nouvelle Génération (NGS, Next Generation Sequencing) : Séquençage à très haut débit, génération d’un très grand nombre de séquences simultanément RNA-seq : transcriptome sequencing. Informations sur les ARN via le séquençage de l’ADN lADN complémentaire (cDNA) Re-séquencage : séquençage d’un dunfragment d’ADN et comparaison du résultat obtenu avec une séquence de référence connue Séquencage de novo :séquençage d’un génome pour lequell il n’existe pas de séquence de référence, détermination d’une séquence inconnue http://get.genotoul.fr
Pourquoi oi faire du RNA-seq ? ‣ L’accès aux séquences des ARN permet de : Annoter un génome Réaliser un catalogue de gènes exprimés Identifier des nouveaux gènes Identifier des transcrits alternatifs Quantifier l’expression de gènes (comparaisons entre différentes conditions expérimentales) Identifier des petits ARNs Identifier des « starts » de transcription …. http://get.genotoul.fr
- Page 1 and 2: RNA-seq Olivier Bouchez Nathalie Ma
- Page 3 and 4: GeT-PlaGe • Certification ISO 900
- Page 5 and 6: Le partenariat avec la PF Bioinform
- Page 7: Qu’est-cequeleRNA cequeleRNA-seq
- Page 11 and 12: Séquenceurs NGS PlaGe Illumina HiS
- Page 13 and 14: Présentation d’un séquenceur NG
- Page 15 and 16: Contrôles qualité des ARN ‣ Dos
- Page 17 and 18: Préparation ation des librairies i
- Page 19 and 20: Préparation ation des librairies i
- Page 21 and 22: Génération des clusters s Design
- Page 23 and 24: Génération des clusters s Form
- Page 25 and 26: Principe du séquençage par synth
- Page 27 and 28: Informations importantes Kits Illum
- Page 29 and 30: Analyses qualitatives des données
- Page 31 and 32: Analyses qualitatives des données
- Page 33 and 34: Que faire ensuite ? ‣ Différente
- Page 35 and 36: Exemples de biais connus du RNA-seq
- Page 37 and 38: Longueur du transcrit ‣ Influence
- Page 39 and 40: Questions Combien de réplicats?
- Page 41 and 42: Exemples Microarray -Pas de détect
- Page 43 and 44: Exemples Résultats: • Bonne con
- Page 45 and 46: Pour plus d’informations… http:
- Page 47 and 48: Pacific BioSciences PacBio RS + Sé
- Page 49: Merci ! http://get.genotoul.fr
<strong>Introduction</strong><br />
‣ Quelques définitions<br />
Séquençage : déterminer la succession linéaire<strong>de</strong>sbasesA,C,G,T<strong>de</strong>l’ADN,lalecture<strong>de</strong><br />
cette séquence permet d’étudierd l’information biologique contenue par celle-ci<br />
Séquençage Nouvelle Génération (NGS, Next Generation Sequencing) : Séquençage à très<br />
h<strong>au</strong>t débit, génération d’un très grand nombre <strong>de</strong> séquences simultanément<br />
<strong>RNA</strong>-<strong>seq</strong> : transcriptome <strong>seq</strong>uencing. Informations sur les ARN via le séquençage <strong>de</strong> l’ADN lADN<br />
complémentaire (cDNA)<br />
Re-séquencage : séquençage d’un dunfragment d’ADN et comparaison du résultat obtenu avec<br />
une séquence <strong>de</strong> référence connue<br />
Séquencage <strong>de</strong> novo :séquençage d’un génome pour lequell il n’existe pas <strong>de</strong> séquence <strong>de</strong><br />
référence, détermination d’une séquence inconnue<br />
http://get.genotoul.fr
Change language