Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
Autres esbiais ‣ Couverture non aléatoire le long du transcrit ‣ Biais selon une spécificité de position et de séquence : Robert et al. Genome Biology, 2011,12:R22 ‣ Biais selon l'aligneur utilisé ‣ Alignement multiple de certaines reads http://get.genotoul.fr
Questions Combien de réplicats? • Le maximum, à discuter avec les biostatisticiens…. Combien de reads pour chaque échantillon? • Entre 30M et 100M (dépendant de l’étude, (catalogue ou quantification?), et des € €) Quelle est la longueur idéale pour les reads? • Plus les reads sont longs, plus l’alignement se fait facilement; 2X100 bp actuellement mais passage à 2X150 bp bientôt Single read ou paired-end? end? • Paired end facilite l’alignement des séquences, permet de détecter plus facilement les insertions/délétions et les jonctions entre les exons Déplétion des ARN ribosomaux? Séquençage des ARNs poly-A : forte sensibilité et forte précision pour l’étude du profil d’expression MAIS : Pas de vision complète du génome Séquençage des ARN totaux déplétés en ARN ribosomaux : visibilité des ARNs non-codants et non-polyA MAIS : Il faut augmenter la profondeur pour avoir une bonne sensibilité de détection http://get.genotoul.fr
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Questions<br />
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Combien <strong>de</strong> réplicats?<br />
• Le maximum, à discuter avec les biostatisticiens….<br />
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Combien <strong>de</strong> reads pour chaque échantillon?<br />
• Entre 30M et 100M (dépendant <strong>de</strong> l’étu<strong>de</strong>, (catalogue<br />
ou quantification?), et <strong>de</strong>s € €)<br />
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Quelle est la longueur idéale pour les reads?<br />
• Plus les reads sont longs, plus l’alignement se fait facilement; 2X100 bp actuellement mais passage à 2X150 bp bientôt<br />
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Single read ou paired-end? end?<br />
• Paired end facilite l’alignement <strong>de</strong>s séquences, permet <strong>de</strong> détecter plus facilement les insertions/délétions et les jonctions<br />
entre les exons<br />
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Déplétion <strong>de</strong>s ARN ribosom<strong>au</strong>x?<br />
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Séquençage <strong>de</strong>s ARNs poly-A : forte sensibilité et forte précision pour l’étu<strong>de</strong> du profil d’expression<br />
MAIS : Pas <strong>de</strong> vision complète du génome<br />
Séquençage <strong>de</strong>s ARN tot<strong>au</strong>x déplétés en ARN ribosom<strong>au</strong>x : visibilité <strong>de</strong>s ARNs non-codants et non-polyA<br />
MAIS : Il f<strong>au</strong>t <strong>au</strong>gmenter la profon<strong>de</strong>ur pour avoir une bonne sensibilité <strong>de</strong> détection<br />
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