Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
Préparation ation des librairies ies ‣ Influence de la préparation des librairies Synthèse du cDNA avec des randoms primers: la couverture du transcript n’est pas réellement aléatoire • Spécificité de séquence de la polymérase? • Réparation des extrémités? • %GC ? Amplification par PCR Idée: supprimer totalement la PCR : actuellement, on réduit le nombre de cycles (10 cycles au lieu de 15) http://get.genotoul.fr
Longueur du transcrit ‣ Influence de la longueur du transcrit: • Nombre total de reads d’un transcrit : Exemple de calcul utilisé : RPKM (Read Per Kb per Million reads mapped) reads alignés sur gène d’intérêt nombre total de read alignés x longueur du transcrit (kb) • A un même niveau d’expression, les transcrits longs auront plus de reads que les transcrits courts, donc l’expression différentielle des longs transcrits sera plus facilement identifiée (dépend de la profondeur de séquençage) http://get.genotoul.fr
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Préparation ation <strong>de</strong>s librairies<br />
ies<br />
‣ Influence <strong>de</strong> la préparation <strong>de</strong>s librairies<br />
Synthèse du cDNA avec <strong>de</strong>s randoms primers:<br />
la couverture du transcript n’est pas réellement aléatoire<br />
• Spécificité <strong>de</strong> séquence <strong>de</strong> la polymérase?<br />
• Réparation <strong>de</strong>s extrémités?<br />
• %GC ?<br />
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Amplification par PCR<br />
Idée: supprimer totalement la PCR : actuellement, on réduit le nombre <strong>de</strong> cycles<br />
(10 cycles <strong>au</strong> lieu <strong>de</strong> 15)<br />
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