Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
Critères de qualité ‣ Critères de qualité Le nombre de reads produites correspondant au nombre attendu Pas de contamination Longueur des reads correcte (100pb) Bonne qualité, mais ce n'est pas un critère rédhibitoire Bon alignement (re-séquençage avec génome de référence « propre p ») : peu de reads non alignées http://get.genotoul.fr
Que faire ensuite ? ‣ Différentes approches d'alignement des séquences: De novo : pas de génome de référence, transcriptome non disponible, très coûteux en terme calculs, résultats très variables Transcriptome de référence (en cours de développement) : la plupart sont incomplets Génome de référence (en cours de développement) : le plus utilisé, permet l'alignement de reads sur des parties non annotées, nécessite un « spliced aligner » pour eucaryotes → Etude à différents niveaux : gènes, transcripts, spécificité allèlique → Découvertes de nouveaux transcripts, nouveaux isoformes, nouvelles structures de gènes (fusion) ‣ IMPORTANT : Discuter de la question biologique et du plan expérimental avec des Bioinformaticiens et Biostatisticiens AVANT de mettre en place l’expérience http://get.genotoul.fr
- Page 1 and 2: RNA-seq Olivier Bouchez Nathalie Ma
- Page 3 and 4: GeT-PlaGe • Certification ISO 900
- Page 5 and 6: Le partenariat avec la PF Bioinform
- Page 7 and 8: Qu’est-cequeleRNA cequeleRNA-seq
- Page 9 and 10: Pourquoi oi faire du RNA-seq ? ‣
- Page 11 and 12: Séquenceurs NGS PlaGe Illumina HiS
- Page 13 and 14: Présentation d’un séquenceur NG
- Page 15 and 16: Contrôles qualité des ARN ‣ Dos
- Page 17 and 18: Préparation ation des librairies i
- Page 19 and 20: Préparation ation des librairies i
- Page 21 and 22: Génération des clusters s Design
- Page 23 and 24: Génération des clusters s Form
- Page 25 and 26: Principe du séquençage par synth
- Page 27 and 28: Informations importantes Kits Illum
- Page 29 and 30: Analyses qualitatives des données
- Page 31: Analyses qualitatives des données
- Page 35 and 36: Exemples de biais connus du RNA-seq
- Page 37 and 38: Longueur du transcrit ‣ Influence
- Page 39 and 40: Questions Combien de réplicats?
- Page 41 and 42: Exemples Microarray -Pas de détect
- Page 43 and 44: Exemples Résultats: • Bonne con
- Page 45 and 46: Pour plus d’informations… http:
- Page 47 and 48: Pacific BioSciences PacBio RS + Sé
- Page 49: Merci ! http://get.genotoul.fr
Que faire ensuite ?<br />
‣ Différentes approches d'alignement <strong>de</strong>s séquences:<br />
<br />
De novo : pas <strong>de</strong> génome <strong>de</strong> référence, transcriptome non disponible, très coûteux en<br />
terme calculs, résultats très variables<br />
<br />
Transcriptome <strong>de</strong> référence (en cours <strong>de</strong> développement) : la plupart sont incomplets<br />
<br />
Génome <strong>de</strong> référence (en cours <strong>de</strong> développement) : le plus utilisé, permet<br />
l'alignement <strong>de</strong> reads sur <strong>de</strong>s parties non annotées, nécessite un « spliced aligner »<br />
pour eucaryotes<br />
→ Etu<strong>de</strong> à différents nive<strong>au</strong>x : gènes, transcripts, spécificité allèlique<br />
→ Découvertes <strong>de</strong> nouve<strong>au</strong>x transcripts, nouve<strong>au</strong>x isoformes, nouvelles<br />
structures <strong>de</strong> gènes (fusion)<br />
‣ IMPORTANT : Discuter <strong>de</strong> la question biologique et du plan expérimental avec <strong>de</strong>s<br />
Bioinformaticiens et Biostatisticiens AVANT <strong>de</strong> mettre en place l’expérience<br />
http://get.genotoul.fr
Change language