Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
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Principe du séquençage par synthèse ‣ Base calling: A chaque cycle, une base est incorporée Détection de l’émission de fluorescence Chaque cluster est caractérisé par une position (X ; Y) A chaque cycle : une couleur détectée = une base Base calling= correspondance entre la fluorescence et la base pour un cluster http://get.genotoul.fr
Informations importantes Kits Illumina TruSeq : le séquençage n’est pas orienté Séquençage du brin codant ou du brin non codant RT réalisée avec des random primers Il existe d’autres kits permettant un séquençage orienté Principe de ligation directe orientée d’un adaptateur sur l’ARN Détection des « starts » de transcription Identification d f du brin codant Possibilité de séquencer des petits ARN http://get.genotoul.fr
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Principe du séquençage par synthèse<br />
‣ Base calling:<br />
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A chaque cycle, une base est incorporée<br />
Détection <strong>de</strong> l’émission <strong>de</strong> fluorescence<br />
Chaque cluster est caractérisé par une position (X ; Y)<br />
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A chaque cycle : une couleur détectée = une base<br />
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Base calling= correspondance entre la fluorescence et la base<br />
pour un cluster<br />
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