17 Octobre 2006 - Station Biologique de Roscoff

ASSEMBLEE GENERALE
GDR ECCHIS
17 octobre 2006
PARTICIPANTS ANDERSEN Ann UMR 7144 – SBR
BARBIER Georges
LBEM – UBO
BURGAUD Gaëtan
LBEM - UBO
BRUNEAUX Matthieu
UMR 7144 – SBR
CAMBON-BONAVITA Marie-Anne DEEP LM2E - Ifremer
CAPRAIS Jean-Claude
DEEP LEP - Ifremer
CUEFF – GAUCHARD Valérie DEEP LM2E – Ifremer
DAGUIN Claire
UMR 7144 - SBR
DESBRUYERES Daniel
DEEP LEP - Ifremer
DURAND Lucile
DEEP LM2E – Ifremer
FABRI Marie-Claire
DEEP LEP – Ifremer
FAURE Baptiste
UMR 7144 - SBR
GAILL Françoise
UMR 7138 – UPMC
GODFROY Anne
DEEP LM2E - Ifremer
GUILLOU Laure
UMR 7144 – SBR
HIGUET Dominique
UMR 7138 – UPMC
HOURDEZ Stéphane
UMR 7144 - SBR
JOLLIVET Didier
UMR 7144 – SBR
KHRIPOUNOFF Alexis
DEEP LEP - Ifremer
LALLIER François
UMR 7144 - SBR
LE BRIS Nadine
DEEP LEP - Ifremer
MANCEAU Céline
UMR 7144 – SBR
MARY Jean
UMR 7144 – SBR
OLU Karine
DEEP LEP - Ifremer
PLOUVIEZ Sophie
UMR 7144 – SBR
SANCHEZ Sophie
UMR 7144 - SBR
SARRADIN Pierre-Marie
DEEP LEP - Ifremer
SARRAZIN Jozée
DEEP LEP - Ifremer
SHILLITO Bruce
UMR 7138 - UPMC
TOFFIN Laurent
DEEP LM2E - Ifremer
VANGRIESHEIM Annick
DEEP LEP – Ifremer
ORDRE DU JOUR
• Introduction – Approbation de l'ordre du jour
• Vie du GDR: ouverture vers d'autres équipes et vers les chercheurs
isolés - Propositions
• Convention / Financements – Clôture de l'année 2006, appel d'offre
2007 – Rapport intermédiaire
• Nouvelles des projets sélectionnés lors de l'appel d'offre 2005-2006
• EUROCORE EURODEEP – CHEMECO – CHEM VENT MUSSEL- ANR
DEEP OASES
• Les campagnes: 2005-2006 / 2007 / demandes 2008-2009
• Présentation des recrutements: post-docs, doctorants et M2

• INTRODUCTION – APPROBATION DE L'ORDRE DU JOUR
L'ordre du jour a été approuvé par l'ensemble des participants
• VIE DU GDR: OUVERTURE VERS D'AUTRES EQUIPES ET VERS LES CHERCHEURS ISOLES
- PROPOSITIONS
Au cours de l'année 2006, l'UMR 7138 SAE a intégré le GDR
Des potentiels participants ont été proposés pour une intégration prochaine dans le
groupement:
- Participants à l'ANR Deep-Oases: Georges Barbier (ESMISAB, EA 3882) – Jacques
Clavier (LEMAR / UBO)
- Equipe Bernard Ollivier (IRD-Marseille / UMR 180)
- Equipe Richard Cosson (EMI Isomer / Université de Nantes)
- Jean-Yves Toullec (unité CNRS / UPMC)
- Philippe Vandenkoorhuyse et Thomas Le Calvez (doctorant) (IFR CAREN – UMR
Ecobio – Université Rennes I)
Une ouverture du GDR sur l'Europe a été évoquée, mais la majorité des participants à
l'Assemblée générale ont décidé de garder la dimension nationale du groupe.
• CONVENTION / FINANCEMENTS – CLOTURE DE L'ANNEE 2006, APPEL D'OFFRE 2007 –
RAPPORT INTERMEDIAIRE
- CONVENTION: Même si le GDR a été créé au 1er janvier 2005, la convention entre le
CNRS, l’Ifremer, l’UBO, le MNHN et l’UPMC n'est toujours pas signée, et est à ce jour toujours en
cours.
- FINANCEMENT DES TUTELLES:
Le CNRS a versé 6.000 euro le 28/02/05 et le 28/03/06.
Ifremer a attribué au GDR 20.000 euro en septembre 2005 et en octobre 2006. Il s'est
d'autre part engagé pour un financement de 20.000 euro début 2007 (~mars – avril).
- CONTRIBUTIONS DU GDR:
-
• Projets de coopération entre équipes:
- Recherche des symbiontes chez les protistes des sources hydrothermales (Guillou &
Cambon-Bonavita) : 5000 €
- Recherche d’espèces cryptiques de Polynoidae par l’outil moléculaire (Hourdez &
Desbruyères) : 3500 €
- Colonisation et persistance des populations hydrothermales le long de la dorsale sudest
Pacifique, exemple du vétigastéropode Lepetodrilus elevatus (Thiébault & Jollivet) :
3500 €
- Distribution des métaux (Fe, Cu, Cd, Pb) dans l’environnement de Bathymodiolus
azoricus sur le site de TE/LS/ATJ (Sarradin et Riso) : 3000 €

• Participation à l’organisation du Symposium « Extremophiles »: 1500 €
•Co-financement de la mission de Nadine Le Bris à une campagne EPR (Laureen Mullineaux):791 €.
•Billetterie, participation Gaill, Shillito et Higuet à l'AG: xxx €
- CLOTURE DE L'ANNEE 2006 / URGENCE:
Les crédits non dépensés doivent l'être avant la fin de la clôture (fin novembre)
Sur la ligne de crédit du fonctionnement global du GDR, il reste 7.500 euro. Des
propositions ont été faites pour la dépense de ces crédits, la seule exigence étant que cela entre
dans le cadre de projets communs:
- achat de micro-électrodes oxygène pour les campagnes
- renouvellement du matériel embarqué (boîtes)
- achat de livres
- changement du système de production d'eau ultrapure
- réparation du système d'azote liquide
Il a été décidé que les devis devraient être envoyés à Bruce Shillito avant le 31 octobre afin que le
comité scientifique puisse ensuite statuer sur ces achats.
19/11: Achats en cours: changement du système de production d'eau ultrapure, réparation
du système d'azote liquide, achat de 20 exemplaires du Handbook
- APPEL D'OFFRE 2007
Le comité scientifique s'est engagé à proposer de nouveaux appels d'offre au plus tôt,
afin d'avoir connaissance des projets en février pour un démarrage en avril.
Les crédits seront ainsi utilisés plus rapidement que cette année
Comme précédemment, 15 000 euro seront alloués à l'appel d'offre
- RAPPORT INTERMEDIAIRE
Un rapport intermédiaire devra être transmis à Ifremer pour juin 2007. Le comité
scientifique doit commencer une réflexion sur la rédaction de ce rapport,
• NOUVELLES DES PROJETS SELECTIONNES LORS DE L'APPEL D'OFFRE 2005-2006
- GUILLOU / CAMBON-BONAVITA
En 2004, la campagne océanographique BIOSPEEDO a permis d’échantillonner au niveau
de sources hydrothermales de profondeur situées sur la ride Sud-Est du Pacifique en vue d’étudier
les communautés de micro-eucaryotes. Des observations effectuées à bord du bateau ont été
confrontées à des études de la diversité génétique (basée sur l’analyse de la petite sous-unité du
ribosome) de différents échantillons d’eau prélevés au niveau de la colonne d’eau (depuis la surface
jusqu’à 1000 mètres de profondeur, à proximité des sources, au niveau de cheminées
hydrothermales, juste au dessus des moulières et à l’intérieur du liquide palléal de certains bivalves
(Calyptogena
magnifica et Bathymodiolus sp.). Ces derniers constituent une micro-niche particulière, où les
protistes se concentrent à plus de 1000 cellules par litre. Ces communautés semblent dominées
par des Ciliophora. Une étude plus fine par hybridation in situ de certains de ces protistes
unicellulaires ont permis de révéler la présence massive de très nombreuses bactéries incluent
dans une vésicule et potentiellement symbiotiques. Ces interactions bivalve-protistes-bactéries
sont actuellement en cours d’étude.

- HOURDEZ / DESBRUYERES
Projet espèces cryptiques de Polynoidae
Ce projet consiste à rechercher des différences génétiques entre individus identifiés comme
appartenant a une espece sur des bases morphologiques. Une etude preliminaire a revele la
presence de differences importantes parmi des individus identifies comme Branchiplicatus cupreus
sur des sites aussi proches que 950', 1104', et 1258'N sur l'EPR. Le travail est en cours sur
d'autres especes
- JOLLIVET / THIEBAUT
Le projet financé par Ecchis a consisté à obtenir des marqueurs génétiques polymorphes nucléaires
à partir de séquences ESTs issues d''une banque ADNc chez l'espèce Lepetodrilus elevatus (la
banque d'ADNc ayant été obtenue sur plusieurs individus récoltés sur la moulière du site Oasis
(17°25S EPR)). Ces marqueurs seront utilisés par Marjolaine Matabos (resp. de thèse: Eric
Thiébaut) dans le cadre de sa troisième année de thèse en collaboration avec Sophie Plouviez
(resp. de thèse: Didier Jollivet) pour estimer les flux de gènes entre les différentes populations de
l'EPR sud, et éventuellement d'apprécier plus finement les niveaux d'introgression de gènes entre
les 2 espèces écotypiques L. elevatus Riftia et L. elevatus modiolus retrouvées en mélange sur
l'EPR nord (génotypage prévu à partir de janvier 2007). A ce jour, des fragments (exon-intonexon)
de 3 gènes nucléaires (VGD3, Textilinine, Destabilase) ont été amplifiés et séquencés avec
succès sur plusieurs individus des champs 13°N et 17°25S EPR et permis une première analyse de
coalescence sur ces gènes. Cette analyse a mis en évidence la présence d'allèles ancestraux
(potentiellement présents avant la remise en contact des 2 formes cryptiques) pour les 3 gènes
avec un polymorphisme d'indels diagnostique de chaque classe allélique. A partir de ces séquences,
plusieurs jeux d'amorces spécifiques marquées IR700/800 ont été définis pour amplifier sur chaque
lignée des variants de taille dont les fréquences pourront être utilisées par la suite à caractériser
les flux de gènes entre les différents champs et/ou entre différentes cohortes au sein de la
population. Cette étude sera complétée par l'analyse de 2 autres marqueurs nucléaires (Lep1 &
Lep3) obtenus précédemment (Matabos et al. soumis) par la méthode DALP. Une recherche de
nouveaux variants introniques est en cours sur d'autres gènes (BM8, DEC2).
- SARRADIN / RISO
Distribution des métaux (Fe, Cu, Cd, Pb) dans l'environnement de Bathymodiolus azoricus sur le
site hydrothermal Tour Eiffel, (Lucky Strike, MAR)
L'échantillonage a été effectué sur 12 moulières de Tour Eiffel durant la campagne MoMARETO. Les
échantillons seront traités et analysés par un étudiant de M2 début 2007 à l'IUEM et l'Ifremer.
• EUROCORE EURODEEP – CHEMECO – CHEM VENT MUSSEL- ANR DEEP OASES
EUROCORE EURODEEP – CHEMECO – CHEM VENT MUSSEL
Dans le cadre d'EUROCORE, ESF finance des mises en réseau, comme EURODEEP dans
lequel ont été soumis deux projets en rapport avec Ecchis: CHEM VENT MUSSEL et CHEMECO.
Trois pays y sont impliqués (Belgique, Portugal, France).
Malgré la dimension européenne d'EURODEEP, ce sont les institutions nationales des pays
impliqués qui financent les projets. L'expertise est en cours.
- CHEM VENT MUSSEL:
http://www.sb-roscoff.fr/Ecchis/pdf/CHEMVENTMUSSEL.pdf
PI: F. Lallier (FR), A. Colaço (PT), F. Dehairs (BE)
The ChemVentMussel project aims at bringing together an european interdisciplinary task
force focusing on a single dominant species to gain access to reliable biological data
gathered in situ and, more importantly, in vivo. This corpus of biological data can then be

used to improve ecosystem functioning models. Our biological model is Bathymodiolus
azoricus (von Cosel et al., 1999), which occurs at three contrasted hydrothermal vent sites
of the Mid Atlantic Ridge near the Azores.
- CHEMECO:
PI: F. Gaill (FR), M. Cunha (PT), J. P. Henriette (BE)
The purpose is to investigate the colonisation process of mineral and organic substrates
found in the deep ocean, with a specific interest in the establishment and evolution of
microbial communities, symbiotic systems and endemic deep-sea fauna. This program
relies on conducting experiments in various benthic habitats from chemosynthetic
ecosystems . In order to interpret variations of biodiversity within and between deep-sea
habitats, the project will include a comparative aspect with the biodiversity observed on
natural substrates found in the deep sea, including wood falls, whale falls, and seeps and
vents hard substratum.
ANR DEEP OASES
http://www.sb-roscoff.fr/Ecchis/pdf/ANRDEEPOASES.pdf
L'ANR déposée dans le cadre de l'appel d'offre Biodiversité a été retenue.
Elle porte sur la Biodiversité des écosystèmes chimiosynthétiques dans l’océan profond
• L'objectif principal est de comparer à l’échelle océanique, la biodiversité de trois milieux
profonds réduits dans lesquels le réseau alimentaire est fondé sur la chimiosynthèse
bactérienne (sources hydrothermales, sources froides des marges continentales, apports
organiques massifs).
• Participants:
– Ifremer DEEP/LEP
– UMR 7144 AD2M
– UMR 6197 LM2E
– UMR 7138 SAE
– UMR 6539 LEMAR
– EA 3882 ESMISAB
• Programmes coopératifs ou internationaux:
– GDR Ecchis
– GDR Diwood
– InterRidge
– NoE MARBEF
– NoE Marine Genomics Europe
– PI Hermes
– STREP Exocet/D
– ESF/ Eurocores / EURODEEP
– Census of Marine Life / ChEss
– Census of Marine Life / CoMarges
• Financement:
Unités Coût total Aide obtenue
Ifremer / Deep /
Lep
2.208.000
(hors prix des
campagnes)
200.000
UMR 7144 AD2M 1.586.063 240.000

UMR 7197 LM2E 891.800 160.000
UMR 7138 SAE 751.447 168.000
UMR 6539 LEMAR 194.744 40.000
EA 3882 ESMISAB 221.822 35.000
TOTAL 5.853.876 843.000
• LES CAMPAGNES: 2005-2006 / 2007 / DEMANDES 2008-2009
LES CAMPAGNES: 2005-2006
- EXOMAR: du 25/07/2005 au 28/08/2005 / Atalante et Victor
• Caractéristiques minéralogiques et géochimiques des sites
• Microbiologie
• Etude de la crevette hydrothermale Rimicaris exoculata et de sa microflore associée :
Comparaison des sites TAG et Rainbow
• Chantier Lucky strike
• Travaux en relation avec le chantier MoMAR
- VICKING: du 20/05/2006 au 18/06/2006 / Pourquoi pas
Sites étudiés: Storrega et Hakon Mosby
Thème de la campagne: Nature et dynamique des émissions de fluides en fond de mer sur la
marge norvégienne. Ecosystèmes associés
Plusieurs équipes ont été partenaires dans cette campagne:
Ifremer - France
Alfred Wegener Institute - Germany
Max Planck Institute – Germany
Tromsö University – Norway
Univ. Birmingham – UK
SOC - UK
UPMC – Paris - France
UBO – Ifremer - France
UPMC – Roscoff - France
PhLAM – Univ. de Lille - France
CEA Cadarache – CEA Saclay – France
- MOMARETO: du 07/08/2006 au 05/09/2006 / Pourquoi pas et Victor
MOnitoring the Mid Atlantic Ridge Ecosystèmes, Technologie, Observation
Les objectifs de cette campagne étaient de:
• valider l’instrumentation développée dans le cadre du projet européen EXOCET/D
• Rechercher les liens existant entre la distribution spatiale et la dynamique temporelle de
la faune et les facteurs environnementaux sur le champ hydrothermal Lucky Strike

• Etudier la réponse et l'adaptation des organismes hydrothermaux aux caractéristiques et
aux variations à court terme des facteurs du milieu
• et globalement, d'initier le développement d'un observatoire sur la zone MoMAR.
- BIONIL
Karine Olu, Nadine Le Bris
LES CAMPAGNES 2007
Le GDR offre désormais la possibilité de financer les déplacements des doctorants et jeunes
chercheurs dans le cadre des campagnes, à raison de 50 % du financement total, si toutefois
aucune autre source de financement n'a été obtenue.
- SERPENTINE
Jean-Yves Fouquet
Campagne franco-russe à dominante géologique sur les sites hydrothermaux les plus profonds en
Atlantique (3700 mètres)
- MEDECO
Jozée Sarrazin
Campagne en Méditerranée dans le cadre du programme HERMES.
- RECO
Pierre-Marie Sarradin
La campagne de récupération du mouillage piège à particules et du module TEMPO, mouillés durant
MoMARETO, est prévue en été 2007. 4 campagnes de récupération seront associées pour former le
second leg de la campagne Momardream.
- MOMARDREAM: Août 2007 / Rainbow
Nadine Le Bris, Marie-Anne Cambon, François Gaill
Etude centrée sur le cycle du fer
Voir les projets de campagne sur le site Ecchis
- AUTRES PARTICIPATIONS:
- MARNAUTE: Mai 2007 / Zone de Marmara / Atalante
Il a été proposé à Ifremer d'y participer, quelques personnes pourront donc être
embarquées pour cette campagne
- Golfe du Mexique: juin 2007 / Rov Jason 2 – Participant: Stéphane Hourdez
- Campagne Caraïbes – Participante: Françoise Gaill
DEMANDES DE CAMPAGNES 2008-2009
- MESCAL: 2008
François Lallier, Nadine Le Bris
C'est la fusion de Symbihot et Mosaïc, refusées l'année dernière
Cette campagne est la suite de Hope 99, et consiste à un retour sur zone chantier pour étudier plus
en détails les interactions biogéochimiques du pôle chaud et la biologie des symbioses.
- BIG: 2008
Anne Godfroy, Daniel Prieur
Ifremer DEEP et UMR 6197
Biodiversité et interactions dans le bassin de Guaymas
- GUINECO / WACS: 2009

Karine Olu
C'est un projet pluridisciplinaire de caractérisation des écosystèmes profonds à l’échelle locale et
régionale, dans différents contextes géologiques et trophiques du Golfe de Guinée.
Cette campagne fait suite aux campagnes Biozaïre 2001/2004.
Le dossier doit être monté avant la fin de l'année.
• PRESENTATION DES RECRUTEMENTS: POST-DOCS, DOCTORANTS ET M2
- Didier Jollivet: Deux étudiants actuellement en thèse: Sophie Plouviez et Baptiste Faure
Isabelle Boutet-Tanguy a été recrutée en tant que Post-doc dans l'équipe
- Laure Guillou: Déposera un sujet de M2 et un sujet de thèse en Diversité du Vivant
- Marie-Anne Cambon: Lucile Durand, stagiaire M2 cette année, commence une thèse sur les
échantillons d'EXOMAR
- Laurent Toffin: pas de stagiaire
- François Lallier: Sophie Sanchez actuellement en thèse
Déposera un sujet de thèse (financement ANR)
Demande d'un Post-doc (Chem Vent Mussel)
- Ann Andersen: pas de stagiaire
- Annick Vangriesheim: pas de stagiaire
- Pierre-Marie Sarradin: accueil d'un étudiant M2 en janvier
- Jozée Sarrazin: Actuellement, 1 thèse MARBEF co-encadrée et 1 thèse Ifremer
Appel à candidature ouvert jusqu'au 31 octobre pour un post-doc financé pour moitié ANR, et pour
moitié Ifremer. Accueil en 2007 d'un stagiaire M2.
- Stéphane Hourdez: Deux thésardes 1 ère année: Constance de Villardi et Joana Garcia
Déposera un sujet de M2.
- Daniel Desbruyères: Sophie Arnaud-Haon arrivera au 1 er janvier 2007 dans l'équipe. Elle est
actuellement en post-doc à Faro/Portugal. Co-encadrement de deux post-doctorantes Irene Martins
et Charleyne Bachraty
- Karine Olu: Demande d'un post-doc "traitement d'images"
- Nadine Le Bris: co-encadrement de deux thèses: une en 3 ème année à Toulouse (MOMARnet), et
Caroline Schmitt (avec Françoise Gaill). Une proposition de sujet de thèse, un sujet M2 UPMC, et
un sujet M2 UBO.
- Anne Godfroy: Encadrement de Nathalie Byrne en thèse et de Valentin Crespo en stage M2.
Accueil en 2007 d'un autre stagiaire M2
- Jean-Claude Caprais: pas d'étudiant
- Jean Mary: pas d'étudiant
- Françoise Gaill: encadrement d'une post-doc - Louise Anderson, de trois thèses (Sébastien Arry,
bioinformatique – Delphine Cottin et Marie Pailleret). Co-encadrement de Caroline Schmitt (avec
Nadine Le Bris).
- Georges Barbier: encadrement de Gaëtan Burgaud, 1 ère année de thèse