maenas (intertidal zone) and Segonzacia mesatlantica - Station ...

2.1. L’ESI-MS ET LES PIGMENTS RESPIRATOIRES 63
peu de sels afin de limiter le bruit et la formation d’adduits lors de l’analyse. Les tampons les plus
souvent utilisés sont l’acétate d’ammonium NH 4 CH 3 CO 2 et le carbonate d’ammonium NH 4 HCO 3 en
raison de leur volatilité, dans des concentrations de 1 à 100 mM.
Des interactions non-covalentes entre protéines et protéines et entre protéines et cofacteurs, ligands
ou groupement prosthétiques ont été observées par cette méthode (Katta et Chait, 1991, van
Duijn et al., 2006, Potier et al., 1997, Ganem et al., 1991a,b, Robinson et al., 1998, McCammon et
al., 2004, Oldham et al., 2003, Robinson et al., 2007, Benesch et Robinson, 2006). L’utilisation du
TOF permet en outre de détecter de hauts rapports m/z sans limite supérieure théorique, ce qui est
nécessaire lorsque des complexes de haute masse sont étudiés. La technique du nanospray permet
d’introduite de petites quantités d’échantillon (Wilm et Mann, 1994). Des complexes de très haute
masse moléculaire ont ainsi pu être analysés : GroEL, la capside du virus MS2, le ribosome (Rostom
et Robinson, 1999, Tito et al., 2000, Rostom et al., 2000). En faisant varier les conditions expérimentales,
on peut accéder à des constantes d’association protéine-ligand ou à des constantes cinétiques.
L’analyse de la structure tertiaire est également possible par cette méthode (Robinson et Radford,
1995, Ashcroft et al., 2002, Konermann et al., 2001, Ganem et al., 1991a).
Lorsque des complexes non-covalents sont analysés par ESI-MS supramoléculaire, une question
importante est de savoir si les interactions observées en phase gazeuse correspondent effectivement
aux interactions existant en solution, c’est à dire si les interactions en solution sont conservées durant
l’ionisation et l’analyse en MS. Etant donné que pour une espèce en solution, un changement de pH
ou de force ionique peuvent être suffisants pour induire une modification des interactions existantes,
il faut examiner avec précaution l’effet d’un changement de phase. Les mécanismes précis ayant lieu
lors de l’ESI ne sont pas encore connus exactement (Nguyen et Fenn, 2007) mais il est probable que
les différents types d’interactions pouvant exister sont modifiés de manière différente. Les interactions
hydrophobes disparaîtraient et les interactions hydrophiles et de Van der Waals seraient renforcées
(Robinson et al., 1998). Des études par simulation informatique de l’évaporation du solvant suggèrent
que la conformation est influencée par le processus mais que les éléments structuraux principaux
(structures secondaires) sont conservés (Patriksson et al., 2007). L’utilisation de composés basiques
à la place de l’acétate d’ammonium pour la préparation de l’échantillon pourrait également aider à
conserver une conformation plus proche de celle en solution en limitant la charge de la protéine en
phase gazeuse (Catalina et al., 2005). La possibilité de collecter des virus viables après un passage en
ESI-MS et à travers un quadripôle suggère que la conformation native est retenue durant l’ensemble
du processus (Siuzdak et al., 1996). Une limite maximale pour la taille des particules analysables par
ESI-MS seraient la taille de la gouttelette dans le spray (C. J. Hogan et al., 2006).