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44 CHAPITRE 1. INTRODUCTION affecter de manière marquée l’affinité de la forme R (figure 1.20(b)). Le modèle à deux états MWC n’est pas toujours suffisant pour décrire les effets des effecteurs allostériques et dans le cas de grands complexes faisant intervenir plusieurs niveaux structuraux (tétramère d’hexamères chez Limulus polyphemus, dodécamère de dodécamères pour les hémoglobines géantes d’Annélides). Des modèles intermédiaires ont été proposés, faisant intervenir les deux états T et R mais avec une transition par forcément simultanée pour toutes les sous-unités. En particulier, dans le cas des hémocyanines d’Arthropodes de plus de 12 sous-unités, la notion d’allostérie emboîtée propose l’existence de différents niveaux hiérarchiques des transitions allostériques, depuis l’hexamère jusqu’au 48-mère. Cette notion est particulièrement intéressante car elle relie un modèle théorique de l’allostérie à une réalité structurale des pigments. Conséquences physiologiques de la présence de pigments respiratoires allostériques Comme expliqué précédemment (partie 1.2.2), la présence de pigments respiratoires allostériques a plusieurs conséquences fonctionnelles sur la physiologie du transport de l’oxygène : elle permet d’augmenter fortement la capacité oxyphorique du fluide circulant par rapport à une dissolution purement physique (figure 1.14(a)) et elle augmente la capacitance du fluide circulant, en particulier pour des P O2 proches de la P 50 du pigment (figure 1.14(b)). Un pigment coopératif augmente les performances respiratoires en permettant un chargement plus efficace au niveau de l’organe respiratoire, un transport d’une quantité plus importante d’oxygène à débit circulatoire constant et un déchargement plus efficace aux tissus si les pressions partielles d’oxygène artérielle et veineuse encadrent la P 50 . 1.4 L’hémocyanine des Crustacés Toutes les hémocyanines d’Arthropodes possédent une structure similaire basée sur l’assemblage de sous-unités de 75 kDa présentant un site actif à deux atomes de cuivre. Chacune peut fixer une molécule de dioxygène sur ce site et les sous-unités s’assemblent en hexamères ou en oligo-hexamères. Les hémocyanines sont présentes chez les Crustacés Malacostracés, les Chélicérates (Arachnides, Xiphosures), les Onychophores, les Myriapodes et chez quelques Hexapodes basaux. Les hémocyanines appartiennent à une superfamille contenant des phénoloxydases d’Arthropodes ayant un rôle dans la sclérotisation de la cuticule et la défense immunitaire, les cryptocyanines et les hexamèrines d’Insectes. Ces deux dernières familles ne fixent pas le cuivre et sont considérées comme des protéines de réserve. Les hexamèrines pourraient aussi être impliquées dans la réponse immunitaire, le transport d’hormone ou d’autres processus (Burmester, 2004).
1.4. L’HÉMOCYANINE DES CRUSTACÉS 45 1.4.1 Structure des hémocyanines de Crustacés Structure primaire Chaque chaîne polypeptidique de 75 kDa possède de 620 à 660 acides aminés environ. Des séquences primaires sont connues pour certains Crustacés (Cancer magister, Penaeus vannamei, Palinurus vulgaris, Panulirus interruptus, revu dans Magnus (2006)). Les séquences issues de Crustacés et d’autres taxa d’Arthropodes sont homologues : la similarité de séquence est de 33 % entre des sous-unités de Panulirus interruptus et d’Eurypelma californicum (Markl et Decker, 1992). Les histidines impliquées dans la liaison du cuivre à la chaîne polypeptidique sont particulièrement bien conservées. Les séquences de chaque site de fixation du cuivre (CuA et CuB) sont homologues entre elles et résultent probablement d’un événement de duplication de gène. Par contre, seul le site CuB est retrouvé chez les hémocyanines de Mollusques, le deuxième site de ce groupe ayant sans doute une origine différente (van Holde et al., 1992). Chez les Arthropodes, plusieurs sous-unités homologues existent au sein de chaque espèce. Cette diversité permet de distinguer des espèces cryptiques proches ou des populations en cours de spéciation (Mangum, 1996, Reese et Mangum, 1994). Structures secondaire et tertiaire Chaque monomère d’hémocyanine est formé de 3 domaines successifs dont le repliement global forme une structure réniforme d’environ 8 nm de long sur 4,5 nm de haut. A ce jour, la structure cristallographique de l’hémocyanine de Langouste Panulirus interruptus a été obtenu à une résolution de 3.2 Å (Gaykema et al., 1986, Volbeda et Hol, 1989) (1HCY). Des structures cristallographiques sont également disponibles pour des sous-unités d’hémocyanine de Limule, sous forme oxygénée et désoxygénée (1LLA, 1NOL et 1OXY) (Hazes et al., 1993, Magnus et al., 1994). La structure obtenue pour l’hémocyanine de Panulirus interruptus est visible sur la figure 1.21. Trois domaines peuvent être délimités sur la base de la mobilité moléculaire des résidus (Volbeda et Hol, 1989). La description des différents domaines a été résumée clairement dans Markl et Decker (1992). Le premier domaine comporte 6 hélices α et l’encombrement de ses boucles devant le site actif suggère qu’il pourrait être impliqué dans la coopérativité de la molécule. Le domaine 2 (75% de similarité avec les hémocyanines de Chélicérates) est celui qui comporte le site actif. Il possède 6 hélices α et chaque atome de cuivre du site actif est complexé par trois histidines (figure 1.22). Enfin, le domaine 3 comporte un tonneau formé de 7 brins β antiparallèles, constituant une structure très stable. La sous-unité présente également un résidu glycosylé et un pont disulfure intrachaîne. Une des hélices α du domaine 1 est absente des hémocyanines de Chélicérates ; son encombrement stérique pourrait empêcher chez les Crustacés la formation des 24-mères présents chez les Arachnides.
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affecter de manière marquée l’affinité de la forme R (figure 1.20(b)).<br />
Le modèle à deux états MWC n’est pas toujours suffisant pour décrire les effets des effecteurs<br />
allostériques et dans le cas de gr<strong>and</strong>s complexes faisant intervenir plusieurs niveaux structuraux (tétramère<br />
d’hexamères chez Limulus polyphemus, dodécamère de dodécamères pour les hémoglobines<br />
géantes d’Annélides). Des modèles intermédiaires ont été proposés, faisant intervenir les deux états<br />
T et R mais avec une transition par forcément simultanée pour toutes les sous-unités. En particulier,<br />
dans le cas des hémocyanines d’Arthropodes de plus de 12 sous-unités, la notion d’allostérie<br />
emboîtée propose l’existence de différents niveaux hiérarchiques des transitions allostériques, depuis<br />
l’hexamère jusqu’au 48-mère. Cette notion est particulièrement intéressante car elle relie un modèle<br />
théorique de l’allostérie à une réalité structurale des pigments.<br />
Conséquences physiologiques de la présence de pigments respiratoires allostériques<br />
Comme expliqué précédemment (partie 1.2.2), la présence de pigments respiratoires allostériques<br />
a plusieurs conséquences fonctionnelles sur la physiologie du transport de l’oxygène : elle permet<br />
d’augmenter fortement la capacité oxyphorique du fluide circulant par rapport à une dissolution purement<br />
physique (figure 1.14(a)) et elle augmente la capacitance du fluide circulant, en particulier pour<br />
des P O2 proches de la P 50 du pigment (figure 1.14(b)). Un pigment coopératif augmente les performances<br />
respiratoires en permettant un chargement plus efficace au niveau de l’organe respiratoire, un<br />
transport d’une quantité plus importante d’oxygène à débit circulatoire constant et un déchargement<br />
plus efficace aux tissus si les pressions partielles d’oxygène artérielle et veineuse encadrent la P 50 .<br />
1.4 L’hémocyanine des Crustacés<br />
Toutes les hémocyanines d’Arthropodes possédent une structure similaire basée sur l’assemblage<br />
de sous-unités de 75 kDa présentant un site actif à deux atomes de cuivre. Chacune peut fixer une molécule<br />
de dioxygène sur ce site et les sous-unités s’assemblent en hexamères ou en oligo-hexamères.<br />
Les hémocyanines sont présentes chez les Crustacés Malacostracés, les Chélicérates (Arachnides, Xiphosures),<br />
les Onychophores, les Myriapodes et chez quelques Hexapodes basaux. Les hémocyanines<br />
appartiennent à une superfamille contenant des phénoloxydases d’Arthropodes ayant un rôle dans la<br />
sclérotisation de la cuticule et la défense immunitaire, les cryptocyanines et les hexamèrines d’Insectes.<br />
Ces deux dernières familles ne fixent pas le cuivre et sont considérées comme des protéines de<br />
réserve. Les hexamèrines pourraient aussi être impliquées dans la réponse immunitaire, le transport<br />
d’hormone ou d’autres processus (Burmester, 2004).