Compte Rendu de la 1ère réunion du comité de pilotage du réseau ...

Compte Rendu de la 1 ère réunion du comité de pilotage du réseau d’information
phénologique
ENGREF Paris 29 novembre 2005
Présents :
Landais Damien, Fiastre Claire, Chauveau Olivier, Perigaud Jacques, Seguin Bernard,
Ducousso Alexis, Fady Bruno, Pâques Luc, Bastien Jean-Charles Lebourgeois François,
Bréda Nathalie, Badeau Vincent, Chuine Isabelle
La réunion a débuté par l’annonce des deux points suivants.
Le projet de GDR SIP-GECC a été évalué par la commission 20 du CNRS et a reçu un
avis favorable de la commission. La décision de la création du GDR doit être entérinée par le
comité scientifique début décembre 2005 (ce qui a été fait courant décembre 2005). Le budget
alloué au GDR n’est pas encore connu mais il est fort probable que le budget (modeste)
demandé soit attribué dans sa totalité.
En sus des crédits alloués au GDR, un volant de crédits issus du projet QDiv de l’ANR
Biodiversité 2006-2008 coordonné par P. Leadley et auquel I. Chuine, S. Brachet ainsi que
d’autres partenaires du GDR participent, est réservé aux activités du réseau d’observation et
devrait doubler le budget initialement prévu du GDR.
La réunion s’est poursuivie par une présentation succincte par I. Chuine du projet de
GDR (vois Power Point joint) puis par une intervention de Claire Fiastre mandatée par
MEDIAS-France pour ce projet qui a exposé le travail que réalisera MEDIAS-France à partir
de février 2006.
1. La base de données
Pour insérer des données phénologiques dans la base, les fournisseurs de données
déposeront des fichiers CSV ou Excel sur un serveur FTP qui seront ensuite insérés dans la
base. Dans une première étape du projet, on se mettra donc d'accord sur les formats de fichiers
à respecter qui permettront l'insertion des données dans la base de façon automatique. A priori
les modèles de fichiers à respecter se rapprocheront plutôt de modèles à nombre de colonnes
fixe.
Des problèmes persistent dans la question des formats de fichiers (voir plus loin format de
la BDD).
Un serveur FTP sera ouvert chez MEDIAS-France. Une arborescence claire de fichiers
dans laquelle les différents jeux de données devront être déposés sera définie à l’avance.
La base de données sera ensuite définie puis créée. Il a été soulevé l’importance d’avoir une
structure de BDD évolutive.
2. L'application Web
L'application Web contiendra trois parties importantes :
• La présentation du projet
Cette partie est encore à définir, il faudra alors décider s'il s'agit d'une présentation
statique du projet ou bien d'un site Web "vivant" où les personnes responsables du projet
peuvent apporter des informations au fil du temps.
• La gestion de la base de données
Via l'interface de gestion de la base de données, on pourra :
- déposer des fichiers de données : ils se déposeront automatiquement sur le site FTP ;

- tester et valider les formats des fichiers : les fichiers doivent être conformes aux
formats prédéfinis pour être insérés dans la base de données ;
- insérer les données des fichiers dans la base de données : une fois son format validé,
les données contenues dans un fichier peuvent être insérées dans la base ;
- valider scientifiquement les données : une fois insérées, les données d'un fichier
peuvent être validées scientifiquement sur le site Web ;
- insérer les métadonnées dans la base de données : les métadonnées sont nécessaires au
peuplement de la base de données.
Afin de gérer au mieux la base et que chaque tâche soit attribuée aux bonnes personnes,
nous allons instaurer une notion de rôles : on distinguera alors le fournisseur, le validateur et
l'administrateur. Tous ces rôles pourront déposer des fichiers sur le site FTP et tester leurs
formats. La validation des formats, l'insertion des fichiers et la validation scientifique ne
pourront être faits que par l'administrateur et le validateur. Enfin, seul l'administrateur pourra
insérer des métadonnées et gérer les différents utilisateurs ayant accès à l'application Web
ainsi que leurs rôles.
• La consultation des données
Une interface d'extraction des données sera mise en place à la fin du projet et permettra de
consulter le contenu de la base. Cet outil sera particulièrement souple et permettra d'effectuer
n'importe quel type de requêtes sur la base de données : on choisira tout d'abord les colonnes
du fichier résultat souhaité, puis on filtrera les lignes du tableau dans une deuxième étape.
L'interface permettra de prévisualiser le tableau de résultat via le navigateur Web, puis
d'exporter les résultats finaux sous forme de tableau CSV ou de graphique.
3. Planning
1ère étape : Février-Mars 2006
Définition en commun d'un cahier des charges précis
2ème étape : Avril-Mai 2006
Inventaire détaillé des données, définition des formats type de fichiers, ouverture du site
FTP de dépôt
3ème étape : Juin 2006
Définition de la structure de la base de données, création du site Web
4ème étape : Juillet 2006
Création de la base de données, développement de l'interface de gestion des données
5ème étape : Août 2006
Développement de l'interface d'extraction des données
La réunion s’est poursuivie par une discussion autours des points suivants.

• Base de données
- Format de la BDD
Le format de la base de données a été longuement discuté notamment du fait de
l’hétérogénéité des données à rassembler.
Les données rassemblées jusqu’à présent sont les observations phénologiques réalisés
par Météo France (98 espèces suivies jusqu’en 1892, 58 espèces suivies jusqu’en 1941, 35
espèces suivies après 1941) et le Service des Forêt (ex ONF) (43 espèces suivies) à partir de
1880 dans toute la France dont une petite partie a été digitalisée (40 espèces suivies sur toute
la période dans 8 départements). Les stades suivis vont du débourrement à la sénescence des
feuilles en passant par la floraison et la maturation des fruits mais tous les stades ne sont pas
nécessairement observés chez toutes les espèces. Plusieurs séries d’observations plus ou
moins complètes (jusqu’à plusieurs dizaines) existent par département.
Un deuxième type d’observation provient des observations réalisées par l’INRA du
débourrement dans des tests de provenances ou de descendances, ainsi que des observations
de la floraison lors de croisements, pour certaines essences forestières. De telles données ont
été compilées, pour certaines digitalisées, pour le Douglas, le noyer, le cèdre, et les chênes
sessile et pédonculé pour l’essentiel. Ces observations sont conséquentes puisque par espèces
plusieurs dizaines voire centaines de provenances, et plusieurs individus par provenance /
descendance sont observés. Les observations ont donc été moyennées par provenance ou par
descendance.
Un troisième type de d’observations provient des arboreta publics et des jardins ou parc
botaniques. Ces observations avaient été compilées tout d’abord par F. Lebourgeois et elles
ont été complétées par des observations réalisées au parc de St Maur (Parc de Versailles à
venir).
Enfin les observations Renecofor ont été incorporées également à la base.
Après discussion il a été décidé d’adopter le format suivant qui peut cependant encore
être modifié jusqu’à avril 2006. Merci de faire remonter vos commentaires à I. Chuine à ce
sujet (champ, modalité des champs etc).

Format adopté pour la BDD
Champ
Nom Vernaculaire
Nom scientifique en usage
Nom scientifique original
Famille
exemple
Chêne sessile
Quercus petraea Liebl.
Quercus petraea Liebl.
Fagaceae
Type d'espece
WW / WH / FT / FC (wild woody / wild herb / fruit tree / field crop)
INRA BIOGECO / INRA EEF / INRA AGPF / INRA URFM / RENECOFOR / Phenoclim / Meteo
France /
Provenance Données
Arboreta / CREA / Phenoflore / Jardins Botaniques / CESBIO
Source
Références bibliographiques éventuelles
Périodicité observation
jour / semaine / note
Niveau observation
individu / peuplement / NDVI / pollen
Site d'Observation
Petite Charnie
Caractéristique Site
naturel_forêt / naturel_ouvert / arboretum / plantation / jardin
Latitude (degré décimal) 48.08
Longitude (degré décimal) -0.17
Altitude (m a.s.l) 140
Prov. Observée
TelaviArménie
Latitude Prov (degré décimal) 41.88
Longitude Prov (degré décimal) 45.47
Altitude Prov (m a.s.l) 700
Année 1995
Débourrement
Date moyenne
Débourrement s.e.
Erreur standard
Débourrement nb obs
Nb individus observés
Débourrement flag
code BBCH du stade ou note moyenne par prov.(Test Prov) ou par famille(Test descendance)
Floraison
Date moyenne
Floraison s.e.
Erreur standard
Floraison nb obs
Nb individus observés
Floraison flag
code BBCH du stade ou note moyenne par prov.(Test Prov) ou par famille(Test descendance)
Maturation
Date moyenne
Maturation s.e.
Erreur standard
Maturation nb obs
Nb individus observés
Maturation flag
code BBCH du stade ou note moyenne par prov.(Test Prov) ou par famille(Test descendance)
Sénescence
Date moyenne
Sénescence s.e.
Erreur standard
Sénescence nb obs
Nb individus observés
Sénescence flag
code BBCH du stade ou note moyenne par prov.(Test Prov) ou par famille(Test descendance)
équivalence BBCH des notes + contexte des obs (croisement, tests descendance, tests prov,
Commentaire (hyper texte) in natura, …..)
Contact (nom et e-mail)
A. Ducousso (ducousso@inra.pierroton.fr)
Selon la source d’information tous les champs ne seront pas nécessairement renseignés.
Il a également été soulevé le fait que cette BDD n’a pas pour objectif de sauvegarder les BDD
de chaque fournisseur et n’a donc pas vocation à stocker nécessairement toutes les
informations que possèdent les fournisseurs, par exemple les données par individu des tests de
provenances de l’INRA Forêt. Le premier niveau d’observation de la BDD est la provenance
(=population= peuplement) c’est pourquoi toutes les données au niveau individu sont
moyennées par provenance. Les personnes ayant besoin des données originelles devront
contacter la personne indiquée dans le champ « contact » pour les obtenir. Il est a noter que le
site d’observation est découplé de la provenance observée pour pouvoir intégrer toutes les
observations réalisées dans les jardins expérimentaux et tests de provenance ou descendance.

- Format du site Web
Accord des personnes présentes sur le format du site Web présenté par Claire Fiastre (voir cidessus).
- Mémorandum d’agrément pour la mise en commun et l’utilisation des données.
Un mémorandum d’agrément sera diffusé courant février 2006 auprès de l’ensemble des
partenaires du GDR afin d’en définir les termes et sera présenté aux différentes instances pour
accord. La première version de ce mémorandum sera élaborée sur le modèle de la BDD
palynologique internationale gérée par MEDIAS-France.
• Réseau d’observation
- Quelles espèces observer sur les nouveaux sites d’observation ?
Le choix des espèces à observer sur les nouveaux sites d’observation a longuement été discuté
mais pas assez du fait d’un manque de temps. La liste des espèces ci-dessous établie lors de la
réunion doit être rediscutée. Les commentaires du plus grand nombre sont souhaités, sachant
que le nombre d’espèces qui pourront effectivement être observées dépendra des moyens
financiers, techniques te humains sur chaque site d’observation. Les listes ci-dessous sont
présentées par type de nouveau site d’observation. Il a notamment fait état de la nécessité
d’inclure des espèces thermophiles, ou en limite d’aire de répartition, dont la phénologie a de
fortes chances d’être sensiblement modifiée par le changement climat.
Arboreta publics
En ce qui concerne les essences forestières majeures déjà présentes dans RENECOFOR
(Quercus robur, Picea abies, Pinus sylvestris, Fagus sylvatica), il s’agira surtout de
renseigner la phénologie de la floraison et fructification. Quatorze (*) des trente espèces
listées font l’objet de recherches pour un programme en cours identifié.
espèces autochtones
*Quercus robur L.
*Larix decidua Mill.
*Betula pendula Roth
*Fagus sylvatica L.
*Fraxinus excelsior L.
*Fraxinus angustifolia
Corylus avellana
espèces alpines
*Alnus viridis
*Picea abies
*Pinus cembra
*Pinus sylvestris
*Pinus uncinata
*Sorbus aucuparia
espèces exotiques
Aesculus californica (Spach.) Nutt.
Cupressus dupreziana A. Camus
Quercus myrsinifolia Blume

Toona (Cedrela) sinensis (Juss.)
Roem.
espèces thermophiles
Fraxinus ornus L.
Pinus halepensis
Pinus pinea
Curpressus sempervirens
Abies méditerranéens (lesquels?)
Juniperus ? oxycedrus ? phoenica?
*Quercus ilex L.
Sorbus aria
Sorbus torminalis
*Quercus pubescens Willd.
Castanea sativa Mill.
Arbutus unedo L.
Ostrya carpinifolia Scop.
Jardins botaniques
Les jardins botaniques seront les lieux privilégiés des observations sur des espèces herbacées
ou les ligneux bas ou les espèces ornementales. Cependant si des espèces ligneuses observées
dans les arboreta publics sont présentes dans les jardins en au moins deux exemplaires, cellesci
feront l’objet des mêmes observations réalisées dans les arboreta. La liste est encore en
cours d’élaboration, les espèces listées ci-dessous sont principalement des espèces à pollen
allergisant ou des espèces potentiellement indicatrices du changement climatique. Des
propositions des jardins botaniques sont sollicitées.
Arbres ornementaux
Synringa vulgaris
Herbacées
Anemone nemorosa
Primula veris L.
Primula elatior L. Hill.
Colchicum automnale
Lilium candidum
Narcis pseudonarcissus
Tussilago farfara
Ambrosia artemisifolia
Artemisia vulgaris
Rumex thyrsiflorus ? scutatus? sanguineus? pulcher? palustris? obtusifolium? maritimus?
intermedius? bucephalophorus?
Plantago xxxx ?
Parietaria judaica ? lusitanica? officinalis ?
Urticaca xxx ?
Gramineae ?

Unités expérimentales INRA Forêt
Bordeaux-Pierroton
Nombreuses observations sont déjà en cours ou prévue via le projet SYNCHRO et le projet
ORPHEE. Un projet de suivi par télédétection de la phénologie de massifs entiers est
également à la recherche de financements.
Espèces SYNCHRO
Fraxinus excelsior
Abies alba
Acer pseudoplatanus
Fagus sylvatica
Quercus petraea
Ilex aquifolium
Espèces ORPHEE
Betula pendula
Quercus robur
Quercus petraea
Quercus pyrenaica
Quercus ilex
Pinus pinaster
Orléans-Olivet
Existent des collections de clones de pin, mélèze, douglas, Prunus avium sur lesquels des
observations peuvent être entreprises immédiatement.
Avignon
Proposition (post-réunion) d’établir un arboretum dans lequel un certain nombre d’espèces
seraient suivies. La liste des espèces est en cours de discussion
Nancy
Pas de proposition précise à ce jour. Est-ce que l’INRA Nancy souhaite s’investir uniquement
via les observations réalisées par les arboreta publics via l’Arboretum d’Amance ?
- Quel protocole d’observation ?
Un protocole et des fiches d’observation seront réalisés au cours du premier semestre 2006. Il
a été décidé de suivre pour toute nouvelle observation qui se mettra en place la notation
BBCH (voir pdf joint) qui a été adoptée au niveau européen dans le domaine (Action COST
725). Des planches identifiant pour chaque espèce le stade recherché seront élaborées et
distribuées aux observateurs (et mises en ligne sur le site Web). Des fiches d’observation
modèle seront proposées et pourront être adaptées en fonction de la situation de chaque site et
observateur.
Les observations seront faites par individu même si les données consignées dans la
BDD seront des moyennes avec erreur standard et nombre d’individu par provenance. Les
observateurs devront envoyer sous format électronique à la fois les valeurs moyennes, erreur
standard et nb d’individus observés ; et à la fois les relevés individuels qui seront sauvegardés
séparément mais non intégrés comme tels dans la BDD.
Le nombre idéal d’individus à observer par espèce/provenance est fixé à 10.
Cependant à partir de trois individus les observations pourront être consignées. Le nombre
d’individus observés devra être obligatoirement consigné.

En ce qui concerne les espèces ligneuses l’ensemble du cycle sera suivi et 4 phases
clés seront notées : débourrement, floraison, fructification, coloration des feuilles. En ce qui
concerne les espèces herbacées, seule la floraison sera observée dans un premier temps.
La périodicité d’observation devra au minimum être d’une semaine, et idéalement tous
les deux jours.
• Données météorologiques
Le problème de l’accès aux données météorologique a été soulevé. Bien que partenaire des
projets, Meteo France demande pour l’utilisation de toute donnée météorologique 9.5€ par
série annuelle de deux variables journalières. Ainsi, il faudrait 40k€ pour acheter les données
météorologiques correspondant aux observations phénologiques historiques de Meteo France
saisies par le CEFE en vue de leur intégration dans la BDD.
Il a été suggéré qu’en ce qui concerne les nouveaux sites d’observation il serait sans
doute plus simple et moins coûteux d’installer nos propres mini-stations météorologiques.
Le problème de l’accès aux données météorologiques pour les laboratoires et projets
travaillant sur la problématique du changement climatique devient pénalisant pour la
recherche. Ce problème reste entier. Toute idée lumineuse pour le résoudre sera la bien venue.
• Demandes extérieures
- Quelle politique suivre vis-à-vis de l’action COST 725 ?
L’action COST 725 vise à créer une BDD phénologique européenne. La France est
représentée dans cette action par B. Seguin et I. Chuine. Seules les données INRA Avignon
Phenoclim et le RNSA se sont déclarés auprès de l’Action COST 725. Il a été décidé que
seule pour le moment la métabase de données qui sera créée courant 2006 pour la France sera
communiquée à l’Action COST 725.
- Quelle réponse apporter à l’ONERC (Obs Nat Effets Réchauffement Climatique) ?
L’ONERC a mandaté MEDIAS-France pour créer une BDD d’indicateurs du changement
climatique en France. Le GDR a été sollicité pour fournir des indicateurs. Accord des
personnes présentes sur le principe. Reste à proposer des indicateurs pertinents pour lesquels
nous avons des données. Toute proposition est la bien venue.
- Quelle réponse apporter au CRPF (centre Régional prop. For. Nord-Pas de Calais-
Picardie) ?
Le GDR a été sollicité par le CRPF Nord-Pas de Calais-Picardie qui souhaite réaliser des
observations dans ses peuplements pour documenter l’impact du changement climatique. Il a
été décidé que le GDR pouvait apporter son expertise au CRPF et proposer des protocoles
d’observations. Il est envisagé de demander peut-être à terme au CRPF de rejoindre le GDR.
- Projet pédagogique: comment le positionner par rapport au réseau scientifique?
Le GDR comportait un volet pédagogique qui n’a pas encore été lancé. Après quelques
infructueux essais de sollicitations des instances à l’interface recherche-pédagogie, il a été
décidé de lancer le projet sous la forme d’action citoyenne via le site Web du GDR. Le projet
est à l’étude.