Séparation des protéines par électrophorèse sur gel de ...

Rapport Exercice 2 Naomi Anderegg & Atsushi Kamada
Donc, en prenant une solution à 20 % la concentration est plus élevée et la
polymérisation est plus dense, c’est-à-dire les mailles plus petites, plus fines.
4. Que pouvez-vous dire sur la structure et le poids du TfR ?
Le TFR est une protéine d’environ 190 kDa et il est constitué de deux sousunités
d’environ 90kDa comme nous pouvons le constater sur le western blot.
5. Quelle est l’utilité du marquage contre l’actine ? Quelle
information vous apporte ce marquage sur votre
manipulation ?
L’actine est une protéine de 50 kDa dont la structure ne change pas que l’on
soit en condition non-dénaturée (-bêta mercapto éthanol) ou dénaturée (+bêta
mercapto éthanol) et est présente dans toutes les cellules de l’organisme. Ainsi
la révélation est proportionnelle à la quantité d’actines dans les deux
conditions, et est donc utile pour contrôler la quantité des protéines cibles
effectivement contenu dans les solutions que nous avons fait migrer. En effet,
nous ne pouvons jamais être totalement sûr de la parité des quantités de
protéines dans chacune des solutions (une erreur est toujours possible…).
Le contrôle à l’actine permet d’éviter de tirer de mauvaises conclusions à
partir d’une révélation d’intensités différentes dues à une erreur de
manipulation.
6. Quelles sont les limites de ce protocole ?
Avec ce type de révélation, il est nécessaire de travailler avec de grandes
quantités de protéines et surtout des anticorps de haute affinité pour la protéine
cible afin d’éviter qu’il ne se lie à d’autres protéines si nous voulons avoir des
résultats précis et diminuer le bruit de fond (éventuellement engendré par des
liaisons à d’autres protéines).
Ce type de protocole nous permet uniquement de détecter la présence de la
protéine et si elle est constituée de une ou plusieurs (sous-)unités et
accessoirement son poids moléculaire. Mais il ne nous permet pas de connaître
sa structure tridimensionnelle, ni sa composition globale en acides aminés (ce
qui est faisable en séparation 2D).
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