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Lactobacillus panis L-_ Lactobacillus oris Lactobacillus pontis Lactobacillus reuteri Lactobacillus jèrmentum Cam273 Cam282 Lactobacillus helveticus Lactobacillus amylovorus '-------- Lactobacillus delbrueckii Lactobacillus acetolerans Lactobacillus acidophi/us Lactobacillus gasse ri Lactobacillus am ylophi/us ,----- Cam266 Lactobacillus curvatus Lactobacillus sake Cam286 Pediococcus acidilactici Pediococcus pentosaceus Cam267b Cam272 Pediococcus damnosus Pediococcus parvulus Lactobacillus sanfrancisco Lactobacillus lindneri Lactobacillus homohiochii Lactobacillus fructivorans Lactobacillus kejr Lactobacillus buchneri Lactobacillus vermiforme Lactobacillus hi/gardii Lactobacillus brevis CamBl Lactobacillus plantarum Cam234 Cam277 Cam206 Cam285j Lactococcus plantarum Figure 48 : Arbre phylogénétique des souches des genres Lactobacillus et Pediococcus sur la base des séquences de la région de 1'hélice 6 du gène ARNr 16S. 87
On remarque donc, comme d'autres auteurs qui ont travaillé avec des séqunces complètes (Staeckbrand et al. , 1988; Schleifer et al., 1989), que les genres lactobacillus et Pediococcus ne sont pas génétiquement aussi distincts. -Chez Leuconostoc et Weissella L'ancien genre Leuconostoc a été recemment divisé en trois lignées génétiques distinctes comme l'ont suggéré certains auteurs (Collins et al., 1993; Thunel, 1995). On aura leuconostoc sensu stricto, le groupe leuconostoc paramesenteroides constitué des lactobacillus atypiques (Lactobacillus confusus, Lactobacillus minor, Lactobacillus kandleri, Lactobacillus halotolerante, et Lactobacillus viridescens) et Leuconostoc oenos qui à elle seule forme un groupe distinct. L'étude des séquences 16S et la détermination d'autres caractères a permis de reclasser les lactobacillus atypiques dans le nouveau genre Weissella et Leuconostoc oenos dans un autre genre dénommé Oenococcus (Schleifer et al., 1995). La comparaison des séquences 16S chez les leuconostocs sensu stricto laisse paraître que ce genre est relativement hétérogène. Les leuconostocs sensu stricto isolés de nos échantillons peuvent être répartis dans trois lignées distinctes. La première lignée est constituée des souches proches de Leuconostoc mesenteroides et de Leuconostoc pseudomesenteroides. Les souches de cette lignée ne différent que sur deux bases au maximum dans la région de 1'hélice 6 et elles ne sont pas non plus identiques en ce qui concerne les caractères biochimiques et les traits morphologiques. Des investigations plus poussées à savoir une comparaison des séquences complètes 16S et 23S et 1'hybridation avec les sondes génétiques spécifiques à LeuconoSIOC mesenteroides méritent d'être menées sur cette 1ignée. La seconde lignée est constituée par les espèces référence Leuconostoc amelibiosum, Leuconostoc citreum, Leuconostoc lactis, Leuconostoc gelidum, Leuconostoc carnosum et les souches 209a, 202 et 260. La troisième lignée est constituée par Leuconostoc fructosus (ex Lactobacillus fructosus) et les souches 227, 250 et 251. Ces souches, identiques au niveau de la région de l'hélice 6 présentent des séquences complètes 16S avec un nombre important de nucléotides différents (quinze nucléotides). L'arbre phylogénétique dressé à partir des séquences de l'hélice 6 du gène ARNr 16S des leuconostocs de nos échantillons et des souches de référence montre, tout comme la comparaison directe de ces séquences, que Leuconostoc fallax aussi constitue un groupe à part dans cette lignée et devrait faire l'objet d'une reclassification comme ce fut le cas avec Leuconostoc oenos (figure 49). ./ ./ 88
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