THS-6596.pdf

2. IDENTIFICATION ET CARACTERISATION DES BACTERIENNES
2.1 Utilisation de sondes génétiques
Cette méthode nous a permis d'identifier jusqu'au niveau de l'espèce une partie des
souches. Le temps requis pour ces déterminations ne dépasse pas quarante huit heures et il est
possible de tester en même temps un nombre important de souches et de sondes. Trente deux
souches ont été testées sur huit sondes dans cette étude.
Il existe plusieurs préalables pour l'application de cette méthode.
Il faut une hybridation de l'ADN à tester avec une sonde universelle déduite de régions
conservées des gènes d'ARNr 16S et 23S. Ces techniques d'hybridation utilisées dans cette
étude nécessitent des quantités d'ADN relativement importantes. Il faut environ 700 Ilg
d'ADN pour obtenir une hybridation avec 2 Ilg d'une sonde homologue (Delay et al., 1970).
Les sondes utilisées doivent être hautement spécifiques et la recherche de ces sondes
passe nécessairement par une comparaison des séquences complètes des gènes d'ARNr 16S
et 23S. Les sondes existantes ne permettent pas de distinguer Lactobacillus plantarum et
Lactobacillus pentosus. Selon certains auteurs (Collins et al., 1991), les gènes d'ARNr 16S
de ces deux souches, d'où est déduite la sonde Lbpe, ont au moins 99% de similarité. Et du
point de vue caractéristiques biochimiques seule la fermentation du glycérol permet
d'identifier ces deux espèces.
L'hybridation avec les sondes génétiques est surtout utilisée conune moyen de
diagnostic des produits alimentaires et biologiques en général.
2.2 Analyse des séquences du gène ARNr 16S
Dans cette étude nous avons opté pour une approche faisant appel à l'étude de
caractéristiques biochimiques comme la production de bactériocine, la formation
d'exopolysaccharides au cours de la croissance, l'étude du spectre fermentaire, des profils
plasmidiques et la comparaison des séquences des gènes ARNr 16S.
Ce sont ces séquences des gènes ARNr 16S et 23S qui sont également à la base de la
taxonomie moléculaire. La comparaison de ces gènes chez différentes espèces a permis de
dresser des arbres phylogénétiques
Nous avons constaté dans cette étude qu'une comparaison des séquences de la région de
l'hélice numéro 6 (figure 46) permet une identification de nos souches. D'ailleurs la grande
majorité des sondes génétiques utilisées pour la détection des bactéries lactiques est conçue à
partir de séquences de cette région.
Ce résultat est important à souligner car il permet d'éviter le séquençage complet des
gènes 16S ARNr donc d'économiser du temps et des réactifs. Par exemple une seule amorce
est utilisée au lieu de huit amorces ou plus.
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