THS-6596.pdf
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2. IDENTIFICATION ET CARACTERISATION DES BACTERIENNES<br />
2.1 Utilisation de sondes génétiques<br />
Cette méthode nous a permis d'identifier jusqu'au niveau de l'espèce une partie des<br />
souches. Le temps requis pour ces déterminations ne dépasse pas quarante huit heures et il est<br />
possible de tester en même temps un nombre important de souches et de sondes. Trente deux<br />
souches ont été testées sur huit sondes dans cette étude.<br />
Il existe plusieurs préalables pour l'application de cette méthode.<br />
Il faut une hybridation de l'ADN à tester avec une sonde universelle déduite de régions<br />
conservées des gènes d'ARNr 16S et 23S. Ces techniques d'hybridation utilisées dans cette<br />
étude nécessitent des quantités d'ADN relativement importantes. Il faut environ 700 Ilg<br />
d'ADN pour obtenir une hybridation avec 2 Ilg d'une sonde homologue (Delay et al., 1970).<br />
Les sondes utilisées doivent être hautement spécifiques et la recherche de ces sondes<br />
passe nécessairement par une comparaison des séquences complètes des gènes d'ARNr 16S<br />
et 23S. Les sondes existantes ne permettent pas de distinguer Lactobacillus plantarum et<br />
Lactobacillus pentosus. Selon certains auteurs (Collins et al., 1991), les gènes d'ARNr 16S<br />
de ces deux souches, d'où est déduite la sonde Lbpe, ont au moins 99% de similarité. Et du<br />
point de vue caractéristiques biochimiques seule la fermentation du glycérol permet<br />
d'identifier ces deux espèces.<br />
L'hybridation avec les sondes génétiques est surtout utilisée conune moyen de<br />
diagnostic des produits alimentaires et biologiques en général.<br />
2.2 Analyse des séquences du gène ARNr 16S<br />
Dans cette étude nous avons opté pour une approche faisant appel à l'étude de<br />
caractéristiques biochimiques comme la production de bactériocine, la formation<br />
d'exopolysaccharides au cours de la croissance, l'étude du spectre fermentaire, des profils<br />
plasmidiques et la comparaison des séquences des gènes ARNr 16S.<br />
Ce sont ces séquences des gènes ARNr 16S et 23S qui sont également à la base de la<br />
taxonomie moléculaire. La comparaison de ces gènes chez différentes espèces a permis de<br />
dresser des arbres phylogénétiques<br />
Nous avons constaté dans cette étude qu'une comparaison des séquences de la région de<br />
l'hélice numéro 6 (figure 46) permet une identification de nos souches. D'ailleurs la grande<br />
majorité des sondes génétiques utilisées pour la détection des bactéries lactiques est conçue à<br />
partir de séquences de cette région.<br />
Ce résultat est important à souligner car il permet d'éviter le séquençage complet des<br />
gènes 16S ARNr donc d'économiser du temps et des réactifs. Par exemple une seule amorce<br />
est utilisée au lieu de huit amorces ou plus.<br />
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