THS-6596.pdf
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Tableau 11 : Amorces<br />
pour 1e<br />
sequençage comp1et du<br />
gene d'ARNr<br />
16S<br />
Sonde 5'-Séquence-3' *Position<br />
622RII -RAC(CT)(CT)ACCAACTAAGCTAAT-<br />
97K -CTGCTGCCTCCCGTA- 342<br />
607R -ACGTGTGTAGCCC- 1220<br />
610RII -ACCGC(GT)(AG)CTGCTGGCAC- 514<br />
609RII -ACTAC(CT)AGCGGGTATCTAAGT(GT)CC- 784<br />
612RII -GTAAGGTT(CT)T(AGCT)CGCGT- 968<br />
607V -GGGCTACACACGTGC- 1220<br />
606RII -T(AG)ACGG(GC)C(AG)GTGTGTACA-<br />
..<br />
*PosltlOn chez E.coli (Brosius et al., 1981).<br />
1390<br />
Pour la majorité des souches nous nous sommes limités au séquençage des 200 premières<br />
bases. Ce qui permet, dans bien des cas, d'identifier la souche en utilisant seulement<br />
l'amorce 622RlI.<br />
ADNà séquencer<br />
La concentration de la solution d'ADN doit être comprise entre 0,5 et 21lg/1l1.<br />
Les solutions de ddNTP<br />
Les quatre solutions de didésoxyribonuclétides-triphosphates (ddATP, ddCTP, ddGTP, et<br />
ddTTP) sont fournies dans le Kit Amersham mélangés avec la polymèrase.<br />
Huile minérale<br />
L'huile minérale est utilisée pour la réaction de PCR à la place de la paraffine<br />
Solution de formamide<br />
Une solution de formamide permet de stopper les réactions du PCR.<br />
Gel pour électrophorèse<br />
Composition du gel<br />
Solution d'urée* à 4%<br />
Solution 30% polyacrylamide (GATC)<br />
*Composition de la solution d'urée à 4%<br />
Urée ultra pure<br />
10 x TEE*<br />
Eau bidistillée<br />
-Solution TEE dix fois concentrée (l0 x TEE)<br />
Tris lOM<br />
Acide borique lOM<br />
EDTA lOM<br />
./<br />
22 ml<br />
3ml<br />
21 g<br />
4,5 g<br />
18,5 g<br />
./<br />
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