CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

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Figure 28 : Cycles d’amplification de la RT-PCR : a) pour eae et les sérogroupes ; b) pour stx 1 et 2. a) b) Step 1 : 10 min à 95°C puis lecture de fluorescence. Step 2 : 40 cycles de 10s à 95°C suivie de 30s à 60°C avec une lecture de fluorescence à chaque fin de cycle. Step 1 : 10 min à 95°C puis lecture de fluorescence. Step 2 : 45 cycles de 10s à 95°C suivie de 5s à 55°C et 25s à 60°C avec une lecture de fluorescence à chaque fin de cycle. 98
Tableau 13 : Les séquences des amorces et des sondes utilisées pour la RT-PCR (Nielsen and Andersen, 2003 ; Perelle et al., 2004) Cible : eae Amorces de chez MWG, séquence de 5’ à 3’ et Sondes (soit de MWG, soit d’Applied Biosystems) : RT - EAE 1 CAT TGA TCA GGA TTT TTC TGG TGA TA RT - EAE 2 CTC ATG CGG AAA TAG CCG TTA RT - Eae MGB (Applied) FAM - TCGCCAGTATTCGC - NFQMGB RT - wbdI (O111) 1 CGA GGC AAC ACA TTA TAT AGT GCT TT RT - wbdI (O111) 2 TTT TTG AAT AGT TAT GAA CAT CTT GTT TAG C O111 RT - wbdI (O111) (de FAM - TTG AAT CTC CCA GAT GAT CAA CAT CGT GAA - O26 O145 O103 O157 Stx1 et stx2 MWG) TAM RT - wzx (O26) 1 CGC GAC GGC AGA GAA AAT T RT - wzx (O26) 2 AGC AGG CTT TTA TAT TCT CCA ACT TT RT - wzx O26 MGB (Applied) NED - TCAATACTATTTCACGAGGTTG - NFQMGB RT - ihp1 (O145) 1 CGA TAA TAT TTA CCC CAC CAG TAC AG RT - ihp1 (O145) 2 GCC GCC GCA ATG CTT RT - ihpI O145 MGB (Applied) NED - ATTCAGAATGCACACAAT - NFQMGB RT - wzx (O103) 1 CAA GGT GAT TAC GAA AAT GCA TGT RT - wzx (O103) 2 GAA AAA AGC ACC CCC GTA CTT AT RT - wzx O103 MGB (Applied) FAM- CATAGCCTGTTGTTTTAT -NFQMGB RT- rfbE (O157) 1 TTT CAC ACT TAT TGG ATG GTC TCA A RT- rfbE (O157) 2 CGA TGA GTT TAT CTG CAA GGT GAT RT- rfbE FAM- ATTCCTCTCTTTCCTCTGC –NFQMGB (brin complémentaire) RT - STX12 1 TTT GTY ACT GTS ACA GCW GAA GCY TTA CG RT - STX12 2 CCC CAG TTC ARW GTR AGR TCM ACR TC RT - STX 2 (Applied) FAM- TCGTCAGGCACTGTC -NFQMGB RT- STX 1 (Applied) NED- AGAACGCCCACTGAGA -NFQMGB (brin complémentaire) 99
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UNIVERSITE DE BOURGOGNE THÈSE Pour
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Je remercie… Monsieur Vincent Atr
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Résumé Les Escherichia coli produ
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Les E. coli Entéroaggrégatifs (EA
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Barwick, R.S., Levy, D.A., Craun, G
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Bosilevac, J.M., Guerini, M.N., Bri
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Chapman, P.A., Siddons, C.A., Cerda
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Grau, F. H., and Vanderline P.B. (1
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Jarvis, K. G., and Kaper J. B.. (19
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Levine, M. (1987) Escherichia coli
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Meyer-Broseta, S., Bastian, S.N., A
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Ogden, I.D., Hepburn, N.F., MacRae,
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Reid, S. D., Herbelin C. J., Bumbau
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Trabulsi. (1998) Characterization o
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Wieler, L. H., McDaniel T. K., Whit
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