CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

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1. Les matrices alimentaires .......................................................................................... 50 1.1. Les produits laitiers ............................................................................................... 50 1.2. La viande de bœuf ................................................................................................. 51 2. L’échantillonnage....................................................................................................... 52 3. L’enrichissement des matrices alimentaire.............................................................. 56 3.1. Généralités............................................................................................................. 56 3.2. Le volume du bouillon d’enrichissement .............................................................. 56 3.3. Les différents milieux utilisés ............................................................................... 57 3.4. Les températures et la durée d’incubation............................................................. 58 4. Les différentes méthodes de détection...................................................................... 59 4.1. La détection des E. coli O157 :H7 ........................................................................ 59 4.2. La détection des autres STEC ............................................................................... 73 5. L’étape de confirmation............................................................................................. 77 5.1. L’immuno-séparation magnétique (IMS).............................................................. 77 5.2. L’immuno-concentration E. coli (ICE) ................................................................. 78 5.3. Les différents milieux d’isolement........................................................................ 78 6. Les méthodes validées ................................................................................................ 82 6.1. Pour O157 ............................................................................................................. 82 6.2. Les autres............................................................................................................... 84 Mémoire expérimental...............................................86 CHAPITRE 1 : Matériel et méthodes...............................................88 1. Les souches.................................................................................................................. 89 2. Les matrices alimentaires utilisées au cours de l’étude .......................................... 91 2.1. Les produits laitiers ............................................................................................... 91 2.2. Les produits carnés................................................................................................ 92 2.3. Ensemencement expérimental des matrices.......................................................... 92 3. Les milieux sélectifs.................................................................................................... 94 4. Les différents kits VIDAS utilisés............................................................................. 94 5. La Real Time PCR (RT-PCR)................................................................................... 95 6. L’IMS ........................................................................................................................ 100 Résultats..........................................................................................101 8
CHAPITRE 2: Optimisation de la phase d’enrichissement pour la détection des E. coli O26 et O157 dans les fromages au lait cru français............................................................................................102 1. Introduction .............................................................................................................. 102 2. Résumé ...................................................................................................................... 103 3. Publication n°1.......................................................................................................... 104 4. Conclusion................................................................................................................. 112 CHAPITRE 3 : Evaluation des performances du VIDAS ECPT UP pour la recherche des E. coli O157 dans la viande de boeuf .........114 1. Introduction .............................................................................................................. 114 2. Résumé ...................................................................................................................... 115 3. Publication n°2.......................................................................................................... 116 4. Conclusion................................................................................................................. 124 CHAPITRE 4 : Mise au point d’un test permettant l’immuno- concentration de 5 sérogroupes de E. coli (VIDAS ESPT) ...........126 1. Introduction .............................................................................................................. 126 2. Etude préalable à l’élaboration des cônes 5 sérogroupes ..................................... 127 2.1. La technologie : des protéines de phage.............................................................. 127 2.2. Détermination des concentrations nécessaires dans le cône ............................... 128 2.3. Performances des cônes coatés avec les phages par rapport à ceux avec les anticorps et choix des concentrations optimales. ....................................................... 129 3. Evaluation du nouveau test d’immuno-concentration.......................................... 130 3.1. Résumé ................................................................................................................ 130 3.2. Publication n°3 .................................................................................................... 131 3.3. Conclusion........................................................................................................... 132 Discussion et perspectives........................................147 Annexes .....................................................................159 Références bibliographiques ...................................171 Liste des abréviations 9
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Donnenberg, M. S., Tzipori S., McKe
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Grau, F. H., and Vanderline P.B. (1
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Jarvis, K. G., and Kaper J. B.. (19
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Levine, M. (1987) Escherichia coli
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Meyer-Broseta, S., Bastian, S.N., A
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Ogden, I.D., Hepburn, N.F., MacRae,
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Reid, S. D., Herbelin C. J., Bumbau
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Shukla, R., Slack, R., George, A.,
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Trabulsi. (1998) Characterization o
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Wieler, L. H., McDaniel T. K., Whit
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