CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

1. Les souches
Des souches de diverses origines ont été utilisées au cours des études qui seront présentées par
la suite (Tableau 1). La plupart sont d’origine alimentaire et ont été isolées au laboratoire dans
le cadre d’autocontrôles demandés par des industriels. Les autres souches ont été retrouvées
dans des échantillons d’environnement, de fèces de bovins ou encore chez des patients
malades.
Parmi ces souches, un grand nombre sont des E. coli appartenant à l’un des cinq sérogroupes
considérés comme pathogènes par l’AFSSA : E. coli O26, O103, O111, O145 et O157 (AVIS
N°2008-SA-0122).
- Pour l’étude développée dans le chapitre II : « Mise au point d’un enrichissement pour la
recherche d’E. coli O26 dans les fromages au lait cru », trois souches d’E. coli O26 provenant
de fèces de bovins ont été utilisées. A l’heure actuelle, il n’existe pas de gélose permettant de
différencier les E. coli O26 des autres STEC ; c’est pourquoi dans cette étude ces souches ont
été marquées. Elles ont été éléctroporées par un plasmide (pGFPuv) portant un gène de
résistance à l’ampicilline ainsi qu’un gène codant une protéine fluorescente verte (Green
Fluorescent Protein). Par ailleurs, 0.25µg d’ampicilline ont été ajoutés aux suspensions de
bactéries afin de ne conserver que les cellules contenant le plasmide (pression de sélection).
Les bactéries transformées ont ensuite été étalées sur des géloses LBA (Luria-Bertani Agar)
contenant 150µg/ml d’ampicilline. Après incubation 18 à 24h à 37°C, les colonies
caractéristiques étaient fluorescentes et vertes sous lumière ultra-violette.
Notons qu’une étude préalable avait montré que la transformation des souches n’avait pas
d’impact sur leur croissance (Fremaux et al. 2006, et Vimont et al. 2007). En effet les souches
transformées et les souches parentales présentaient les mêmes cinétiques de croissance. Par
ailleurs, la même étude avait montré la stabilité du plasmide dans les souches dans des
conditions sélectives (apport d’antibiotique).
La figure ci-dessous présente le plasmide utilisé ainsi que les colonies transformées
visualisées sous lumière ultra violette.
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