CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne
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1. Les souches<br />
Des souches <strong>de</strong> diverses origines ont été utilisées au cours <strong>de</strong>s étu<strong>de</strong>s qui seront présentées par<br />
la suite (Tableau 1). La plupart sont d’origine alimentaire et ont été isolées au laboratoire dans<br />
le cadre d’autocontrôles <strong>de</strong>mandés par <strong>de</strong>s industriels. Les autres souches ont été retrouvées<br />
dans <strong>de</strong>s échantillons d’environnement, <strong>de</strong> fèces <strong>de</strong> bovins ou encore chez <strong>de</strong>s patients<br />
mala<strong>de</strong>s.<br />
Parmi ces souches, un grand nombre sont <strong>de</strong>s E. coli appartenant à l’un <strong>de</strong>s cinq sérogroupes<br />
considérés comme pathogènes par l’AFSSA : E. coli O26, O103, O111, O145 et O157 (AVIS<br />
N°2008-SA-0122).<br />
- Pour l’étu<strong>de</strong> développée dans le chapitre II : « Mise au point d’un enrichissement pour la<br />
recherche d’E. coli O26 dans les fromages au lait cru », trois souches d’E. coli O26 provenant<br />
<strong>de</strong> fèces <strong>de</strong> bovins ont été utilisées. A l’heure actuelle, il n’existe pas <strong>de</strong> gélose permettant <strong>de</strong><br />
différencier les E. coli O26 <strong>de</strong>s autres STEC ; c’est pourquoi dans cette étu<strong>de</strong> ces souches ont<br />
été marquées. Elles ont été éléctroporées par un plasmi<strong>de</strong> (pGFPuv) portant un gène <strong>de</strong><br />
résistance à l’ampicilline ainsi qu’un gène codant une protéine fluorescente verte (Green<br />
Fluorescent Protein). Par ailleurs, 0.25µg d’ampicilline ont été ajoutés aux suspensions <strong>de</strong><br />
bactéries afin <strong>de</strong> ne conserver que les cellules contenant le plasmi<strong>de</strong> (pression <strong>de</strong> sélection).<br />
Les bactéries transformées ont ensuite été étalées sur <strong>de</strong>s géloses LBA (Luria-Bertani Agar)<br />
contenant 150µg/ml d’ampicilline. Après incubation 18 à 24h à 37°C, les colonies<br />
caractéristiques étaient fluorescentes et vertes sous lumière ultra-violette.<br />
Notons qu’une étu<strong>de</strong> préalable avait montré que la transformation <strong>de</strong>s souches n’avait pas<br />
d’impact sur leur croissance (Fremaux et al. 2006, et Vimont et al. 2007). En effet les souches<br />
transformées et les souches parentales présentaient les mêmes cinétiques <strong>de</strong> croissance. Par<br />
ailleurs, la même étu<strong>de</strong> avait montré la stabilité du plasmi<strong>de</strong> dans les souches dans <strong>de</strong>s<br />
conditions sélectives (apport d’antibiotique).<br />
La figure ci-<strong>de</strong>ssous présente le plasmi<strong>de</strong> utilisé ainsi que les colonies transformées<br />
visualisées sous lumière ultra violette.<br />
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