CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

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Abstract Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) are an important subset of Shiga toxin– producing E. coli (STEC) associated with foodborne infections. These bacteria can cause hemorrhagic diarrhoeal disease and Haemolytic and Uremic Syndrome which are associated with some predominant serotypes defined by AFSSA institute: O26, O103, O111, O145 and O157. Cattle are the primary reservoir of STEC. Although STEC transmission to humans is frequently associated with consumption of meat, dairy products have also been implicated in human cases. Sensitive and rapid detection methods for STEC are essential for the food industry to ensure a safe food supply. However, the detection of STEC in foods is problematic because it’s an heterogeneous group which displays a broad range of both genotypic and phenotypic differences. The aim of this PhD work was to optimize the research protocol of STEC strains in food in order to provide some protocols to the industries for improving risk management protocol. We choosen to study different steps of the protocol: The first one was the enrichment of E. coli O26 allowing their detection in raw milk cheeses after 24 h enrichment in EPT+ acriflavine + cefixime-tellurite. Then, we evaluated the VIDAS ECPT UP performances’ for the detection of E. coli O157: H7 in raw ground beef. Through this study, we showed the ability to reduce enrichment time for sample analysis of 25g (6h) and the feasibility of analyzing samples of 375g with a sample to broth ratio of ¼ after 24h enrichment. Thereafter we looked at the confirmation step. We developed and optimized automated VIDAS immuno- concentration of E. coli O157, O26, O103, O111 and O145 (VIDAS ESPT) with the use of recombinant phage proteins for capture. Keywords: STEC, food, detection, pathogenic. SOMMAIRE Liste des abréviations .........................................................................9 6
Liste des tableaux .............................................................................11 Liste des figures................................................................................12 Liste des annexes ..............................................................................14 INTRODUCTION......................................................15 Mémoire bibliographique..........................................19 CHAPITRE 1 : Généralités relatives aux Escherichia coli producteurs de shiga-toxines (STEC)...............................................20 1. Données taxonomiques............................................................................................... 20 1.1. L’espèce Escherichia coli ..................................................................................... 20 1.2. Classification des E. coli responsables des troubles intestinaux........................... 21 1.3. Phylogénie des STEC pathogènes......................................................................... 25 2. Facteurs de virulence des STEC pathogènes ........................................................... 27 2.1. Les Shiga-toxines .................................................................................................. 27 2.2. Les facteurs d’adhésion......................................................................................... 28 2.3. Les facteurs plasmidiques ..................................................................................... 30 2.4. Autres facteurs de virulence.................................................................................. 31 3. Pathologies associées aux EHEC............................................................................... 31 3.1. La colite hémorragique.......................................................................................... 31 3.2. Le SHU (Syndrome Hémolytique et Urémique)................................................... 32 3.3. Le PTT (Purpura Thrombotique Thrombocytopénique)....................................... 32 4. Physiologie des STEC................................................................................................. 33 4.1. Facteurs influençant la multiplication des STEC.................................................. 33 4.2. Différence entre E. coli O157 :H7 et les STEC .................................................... 36 5. Epidémiologie humaine.............................................................................................. 36 5.1. Epidémiologie descriptive..................................................................................... 36 5.2. Sources et réservoirs.............................................................................................. 37 5.3. Les modes de transmission.................................................................................... 42 6. Principales épidémies................................................................................................. 45 CHAPITRE 2 : Recherche de E. coli O157 :H7 et des STEC dans les aliments .............................................................................48 7
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Levine, M. (1987) Escherichia coli
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