CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

actériennes autres que E. coli existent lors de l’analyse de certaines matrices (e.g. viande).
En effet, l’antisérum polyclonal O157 réagit également avec Brucella abortus, Brucella
melitensis, Yersinia enterocolitica sérogroupe O9, Salmonella groupe N et Pseudomonas
maltophilia 555. A noter que l’épitope commun à toutes ces bactéries responsables des
réactions croisées est le sucre 4-amino-4,6 didésoxy-D-mannose présent sur le
lipopolysaccharide.
Ainsi, dans le cas d’un résultat positif, il y a nécessité de confirmer la présence du pathogène
dans l’échantillon en isolant et identifiant la bactérie à l’origine du signal positif.
Les méthodes génétiques
Les tests génétiques sont basés sur l’amplification de l’ADN ou de l’ARN bactérien. En
conséquence, avant amplification, une étape de préparation des acides nucléiques est
essentielle.
□ Préparation des acides nucléiques
Dans la littérature, de nombreuses méthodes d’extraction des acides nucléiques (ADN et
ARN) existent, mais beaucoup d’entre elles sont longues et laborieuses. La préparation des
acides nucléiques nécessite plusieurs étapes successives :
-La lyse des micro-organismes
-L’extraction des acides nucléiques
-La purification des acides nucléiques
-La concentration des acides nucléiques
Toutes ces étapes ne sont pas indispensables et parfois, le protocole se réduit à une seule
étape, la lyse bactérienne qu’elle soit physique, chimique ou les deux.
L’étape de lyse peut être physique, chimique ou les deux. Rappelons que E. coli est une
bactérie à Gram négatif, nécessitant des méthodes de lyses moins rigoureuses que celle
destinées à lyser les bactéries à Gram positif. De nombreux protocoles de lyse des E. coli
emploient la sonication ou le chauffage (Min et Baeumner, 2002). Lorsque la lyse chimique
est employée, des détergents tels que le SDS ou le triton peuvent être utilisés (Uyttendaele et
al., 1995, 1997). D’autres auteurs ont également employé la protéinase K (Uyttendaele et al.,
1997 ; Min et Baeumner, 2002).
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