CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne
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actériennes autres que E. coli existent lors <strong>de</strong> l’analyse <strong>de</strong> certaines matrices (e.g. vian<strong>de</strong>).<br />
En effet, l’antisérum polyclonal O157 réagit également avec Brucella abortus, Brucella<br />
melitensis, Yersinia enterocolitica sérogroupe O9, Salmonella groupe N et Pseudomonas<br />
maltophilia 555. A noter que l’épitope commun à toutes ces bactéries responsables <strong>de</strong>s<br />
réactions croisées est le sucre 4-amino-4,6 didésoxy-D-mannose présent sur le<br />
lipopolysacchari<strong>de</strong>.<br />
Ainsi, dans le cas d’un résultat positif, il y a nécessité <strong>de</strong> confirmer la présence du pathogène<br />
dans l’échantillon en isolant et i<strong>de</strong>ntifiant la bactérie à l’origine du signal positif.<br />
Les métho<strong>de</strong>s génétiques<br />
Les tests génétiques sont basés sur l’amplification <strong>de</strong> l’ADN ou <strong>de</strong> l’ARN bactérien. En<br />
conséquence, avant amplification, une étape <strong>de</strong> préparation <strong>de</strong>s aci<strong>de</strong>s nucléiques est<br />
essentielle.<br />
□ Préparation <strong>de</strong>s aci<strong>de</strong>s nucléiques<br />
Dans la littérature, <strong>de</strong> nombreuses métho<strong>de</strong>s d’extraction <strong>de</strong>s aci<strong>de</strong>s nucléiques (ADN et<br />
ARN) existent, mais beaucoup d’entre elles sont longues et laborieuses. La préparation <strong>de</strong>s<br />
aci<strong>de</strong>s nucléiques nécessite plusieurs étapes successives :<br />
-La lyse <strong>de</strong>s micro-organismes<br />
-L’extraction <strong>de</strong>s aci<strong>de</strong>s nucléiques<br />
-La purification <strong>de</strong>s aci<strong>de</strong>s nucléiques<br />
-La concentration <strong>de</strong>s aci<strong>de</strong>s nucléiques<br />
Toutes ces étapes ne sont pas indispensables et parfois, le protocole se réduit à une seule<br />
étape, la lyse bactérienne qu’elle soit physique, chimique ou les <strong>de</strong>ux.<br />
L’étape <strong>de</strong> lyse peut être physique, chimique ou les <strong>de</strong>ux. Rappelons que E. coli est une<br />
bactérie à Gram négatif, nécessitant <strong>de</strong>s métho<strong>de</strong>s <strong>de</strong> lyses moins rigoureuses que celle<br />
<strong>de</strong>stinées à lyser les bactéries à Gram positif. De nombreux protocoles <strong>de</strong> lyse <strong>de</strong>s E. coli<br />
emploient la sonication ou le chauffage (Min et Baeumner, 2002). Lorsque la lyse chimique<br />
est employée, <strong>de</strong>s détergents tels que le SDS ou le triton peuvent être utilisés (Uyttendaele et<br />
al., 1995, 1997). D’autres auteurs ont également employé la protéinase K (Uyttendaele et al.,<br />
1997 ; Min et Baeumner, 2002).<br />
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