CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

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Une pensée particulière pour… Mes Parents, sans qui, je n’en serais pas là aujourd’hui. Merci pour tout leur amour et leur soutien depuis toujours. Ils ont su me donner toutes les chances pour réussir. Qu’ils trouvent, dans la réalisation de ce travail, l’aboutissement de leurs efforts ainsi que l’expression de ma plus affectueuse gratitude. Mes Soeurs, Cindy, Marjory et Lucy pour leur soutien et toute la complicité qui nous unit. Thomas, qui depuis des années partage ma vie, mes doutes et mes joies. Je le remercie de sa présence à mes côtés dans les bons comme dans les moments plus difficiles, ses encouragements, sa compréhension et, tout simplement son amour. Toute ma Famille et tous mes Amis qui me sont chers… 4
Résumé Les Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) sont des agents pathogènes importants émergents en santé publique. Ces bactéries sont à l’origine des épidémies de colites hémorragiques et de syndrome hémolytique et urémique (SHU). La grande majorité des cas est liée à la consommation d’aliments contaminés par un type particulier de STEC appelés E. coli entérohémorragiques (EHEC) parmi lesquels on trouve les sérogroupes définis comme pathogènes par l’AFSSA : O26, O103, O111, O145 et O157. Les bovins ont depuis longtemps été identifiés comme un important réservoir de STEC. Bien que la transmission des STEC à l'homme soit fréquemment associée à la consommation de viande, les produits laitiers ont également été impliqués dans les cas humains. Le développement de méthodes rapides pour la détection des STEC les plus impliqués en pathologie humaine est donc essentiel pour assurer la sécurité des produits alimentaires. Cependant, la détection des STEC dans les aliments est problématique principalement en raison de la diversité des sérogroupes de STEC et de l'absence de caractéristiques biochimiques communes permettant de les distinguer des autres E. coli. L'objectif de cette thèse était d’optimiser le protocole de détection des STEC dans les aliments de manière à pouvoir proposer aux industriels des protocoles leur permettant une réelle maîtrise du « danger STEC » dans leur filière. Pour se faire, nous sommes intervenus à différentes étapes du protocole. Nous avons notamment sélectionné un milieu d’enrichissement permettant la détection des E. coli O26 dans les fromages au lait cru : EPT+ acriflavine + CT. Nous avons également évalué les performances d’une méthode de détection des E. coli O157 :H7 (VIDAS ECPT UP) dans la viande de boeuf. Cette nouvelle technique est basée sur l’utilisation de protéines recombinante de phage qui ciblent spécifiquement les E. coli O157. A travers cette étude, nous avons démontré la possibilité d’avoir des temps d’enrichissement minimes pour l’analyse d’échantillon de 25g (6h) et la faisabilité d’analyser des échantillons de 375g avec un ratio de dilution de ¼ et un enrichissement de 24h. Enfin nous nous sommes intéressés à l’étape de confirmation en mettant au point un test d’immuno-concentration automatisé (utilisant des protéines de phages spécifiques de nos bactéries cibles) permettant d’immuno-concentrer les 5 sérogroupes les plus connus de STEC (O26, O103, O111, O145 et O157) en une seule fois. Mots-clés : STEC, aliments, détection, pathogène. 5
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For analysis, 800µL of enrichment
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DuPont Lateral Flow System E. coli
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Références bibliographiques 171
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Barwick, R.S., Levy, D.A., Craun, G
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Bosilevac, J.M., Guerini, M.N., Bri
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Grau, F. H., and Vanderline P.B. (1
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Jarvis, K. G., and Kaper J. B.. (19
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Meyer-Broseta, S., Bastian, S.N., A
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Ogden, I.D., Hepburn, N.F., MacRae,
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Reid, S. D., Herbelin C. J., Bumbau
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Shukla, R., Slack, R., George, A.,
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Trabulsi. (1998) Characterization o
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Wieler, L. H., McDaniel T. K., Whit
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