CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

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CHAPITRE 1 : Généralités relatives aux Escherichia coli producteurs de shiga-toxines (STEC) 1. Données taxonomiques 1.1. L’espèce Escherichia coli La bactérie Escherichia coli a été décrite pour la première fois en 1885 après avoir été isolée dans des selles de nourrissons par l’allemand Theodor Escherich. Son nom actuel lui est ensuite donné en 1919 par Castellani et Chambers (Grimont, 1987). Le genre Escherichia appartient à la famille des Enterobacteriacae. Salmonella ou encore Shigella appartiennent également à cette famille. Ce sont des bacilles à Gram négatif, aéro- anaérobies facultatifs qui peuvent fermenter les nitrates et qui ne possèdent pas d’oxydase (Le Minor et al., 1990). Le genre Escherichia regroupe cinq espèces : E. blattae, E. coli, E. fergusonii, E. hermanii et E. vulneris. Chaque espèce d’Escherichia possède des caractéristiques biochimiques particulières, permettant de les différencier (Grimont, 1987) (Tableau 1). Tableau 1 : Principaux caractères permettant la différenciation des espèces du genre Escherichia (E. coli, E. hermanii, E. vulneris, E. fergusonii). Caractéristiques E. coli non O157 :H7 E. coli O157 :H7 E. hermanii E. vulneris E. fergusonii Indole + + + - + Pigment jaune - - + (+) - LDC (+) (+) - + + ODC +/- +/- + - + β-xylosidase - - - + - β-glucuronidase (+) - - - - Sorbitol + - - - - Malonate - - - + - Adonitol - - - - + 20
(+), positif pour la majorité des souches ; +/-, positif ou négatif selon les souches; LDC, Lysine Décarboxylase ; ODC, Ornithine Décarboxylase. Escherichia coli fait partie de la microflore commensale intestinale de l’homme et de nombreux animaux à sang chaud. Il représente près de 80% de la microflore aérobie (Ghebru, 1988). A ce titre Escherichia coli, et plus largement les coliformes thermotolérants, sont recherchés dans les aliments comme indicateurs de contamination fécale ; leur présence fournit ainsi une indication sur une éventuelle contamination de l’aliment par des bactéries pathogènes d’origine digestive (e.g. Salmonella typhimurium, E. coli O157 :H7…). Bien que la majorité des souches d’E. coli soient commensales, certaines d’entre elles sont associées à des pathologies intestinales (Levine, 1987) ou extra-intestinales (Pohl., 1993) bien connues des médecins. Différents pathotypes intestinaux ont été mis en évidence en fonction des facteurs de pathogénicité et des signes cliniques engendrés. Ils seront décrits dans le paragraphe qui suit. 1.2. Classification des E. coli responsables des troubles intestinaux A l’heure actuelle, il n’existe pas de classification standardisée des souches appartenant à l’espèce E. coli. Les médecins utilisent une classification basée sur la pathogénie des syndromes diarrhéiques comprenant 6 groupes (Figure 1): 21
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Levine, M. (1987) Escherichia coli
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