CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

- une troisième étape d’isolement des bactéries mise en oeuvre uniquement si les résultats
obtenus précédemment sont positifs.
- une quatrième étape de caractérisation phénotypique et génotypique des souches d’E. coli
isolées dans l’étape précédente.
Toutefois, l’utilisation de méthodes PCR directement dans les aliments peut, elle aussi, être
problématique en raison de la présence d’inhibiteurs de l’ADN polymérase (lipides, protéases,
agents chélateurs, etc…). Aussi, l’étape d’extraction des ADN à partir des bouillons
d’enrichissement doit être choisie avec soin afin d’obtenir des ADN de qualité. La détection
d’un contrôle interne d’amplification est conseillée afin de vérifier l’absence d’inhibition de la
PCR. De plus, de nombreuses techniques de PCR sont à disposition et autant de réactifs
différents. Il est donc difficile pour les industriels de faire un choix dans la mesure où les
seules techniques de PCR validées concernent la recherche du sérogroupe O157. Aucune des
méthodes concernant les autres sérogroupes n’a fait l’objet d’une normalisation à ce jour.
Il faut également noter que les techniques de PCR sont difficilement applicables dans les
laboratoires de contrôle des industriels pour des raisons de coûts, la nécessité d’avoir un
environnement de travail spécifique et contrôlé mais aussi du fait que l’exploitation des
résultats demande une certaine expertise que tous les laboratoires n’ont pas.
La recherche des facteurs de virulence en première intention risque également d’entraîner la
multiplication de résultats faux positifs que les industriels devront faire confirmer par le LNR,
ce qui pourra entraîner un surcoût au niveau des analyses. En effet, des études ont montré la
présence des gènes stx dans les bouillons liés à la présence de bactériophages dans les
aliments testés (la viande par exemple) (Creuzburg et Schmidt, 2007) En effet, les gènes stx
des Escherichia coli sont localisées dans des séquences de bactériophages lambdoïdes
intégrés dans le chromosome. Les EHEC auraient donc émergé par conversion lysogénique.
Les bactériophages jouent donc un rôle dans le pouvoir pathogène des souches EHEC mais
aussi dans la dissémination de facteurs de virulence au sein de la population des E. coli et
dans l’émergence de nouvelles souches EHEC. En effet, plusieurs études ont montré que les
gènes stx pouvaient être transmis horizontalement au sein de la population des E. coli.
L’induction du cycle lytique des phages porteurs des gènes stx et la conversion de souches
d’E. coli ont été démontrées in vitro (Herold et al., 2004 ; Muniesa et al., 2000,2004; Watarai
et al., 1998) mais aussi in vivo, dans le tractus gastro-intestinal de souris (Acheson et al.,
1998) ou de ruminants (Cornick et al., 2006).
Ces résultats faux positifs, peuvent avoir des conséquences économiques pour les industriels
dans la mesure où ces derniers doivent « bloquer » leur marchandise en attendant les résultats
154