CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne
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- une troisième étape d’isolement <strong>de</strong>s bactéries mise en oeuvre uniquement si les résultats<br />
obtenus précé<strong>de</strong>mment sont positifs.<br />
- une quatrième étape <strong>de</strong> caractérisation phénotypique et génotypique <strong>de</strong>s souches d’E. coli<br />
isolées dans l’étape précé<strong>de</strong>nte.<br />
Toutefois, l’utilisation <strong>de</strong> métho<strong>de</strong>s PCR directement dans les aliments peut, elle aussi, être<br />
problématique en raison <strong>de</strong> la présence d’inhibiteurs <strong>de</strong> l’ADN polymérase (lipi<strong>de</strong>s, protéases,<br />
agents chélateurs, etc…). Aussi, l’étape d’extraction <strong>de</strong>s ADN à partir <strong>de</strong>s bouillons<br />
d’enrichissement doit être choisie avec soin afin d’obtenir <strong>de</strong>s ADN <strong>de</strong> qualité. La détection<br />
d’un contrôle interne d’amplification est conseillée afin <strong>de</strong> vérifier l’absence d’inhibition <strong>de</strong> la<br />
PCR. De plus, <strong>de</strong> nombreuses techniques <strong>de</strong> PCR sont à disposition et autant <strong>de</strong> réactifs<br />
différents. Il est donc difficile pour les industriels <strong>de</strong> faire un choix dans la mesure où les<br />
seules techniques <strong>de</strong> PCR validées concernent la recherche du sérogroupe O157. Aucune <strong>de</strong>s<br />
métho<strong>de</strong>s concernant les autres sérogroupes n’a fait l’objet d’une normalisation à ce jour.<br />
Il faut également noter que les techniques <strong>de</strong> PCR sont difficilement applicables dans les<br />
laboratoires <strong>de</strong> contrôle <strong>de</strong>s industriels pour <strong>de</strong>s raisons <strong>de</strong> coûts, la nécessité d’avoir un<br />
environnement <strong>de</strong> travail spécifique et contrôlé mais aussi du fait que l’exploitation <strong>de</strong>s<br />
résultats <strong>de</strong>man<strong>de</strong> une certaine expertise que tous les laboratoires n’ont pas.<br />
La recherche <strong>de</strong>s facteurs <strong>de</strong> virulence en première intention risque également d’entraîner la<br />
multiplication <strong>de</strong> résultats faux positifs que les industriels <strong>de</strong>vront faire confirmer par le LNR,<br />
ce qui pourra entraîner un surcoût au niveau <strong>de</strong>s analyses. En effet, <strong>de</strong>s étu<strong>de</strong>s ont montré la<br />
présence <strong>de</strong>s gènes stx dans les bouillons liés à la présence <strong>de</strong> bactériophages dans les<br />
aliments testés (la vian<strong>de</strong> par exemple) (Creuzburg et Schmidt, 2007) En effet, les gènes stx<br />
<strong>de</strong>s Escherichia coli sont localisées dans <strong>de</strong>s séquences <strong>de</strong> bactériophages lambdoï<strong>de</strong>s<br />
intégrés dans le chromosome. Les EHEC auraient donc émergé par conversion lysogénique.<br />
Les bactériophages jouent donc un rôle dans le pouvoir pathogène <strong>de</strong>s souches EHEC mais<br />
aussi dans la dissémination <strong>de</strong> facteurs <strong>de</strong> virulence au sein <strong>de</strong> la population <strong>de</strong>s E. coli et<br />
dans l’émergence <strong>de</strong> nouvelles souches EHEC. En effet, plusieurs étu<strong>de</strong>s ont montré que les<br />
gènes stx pouvaient être transmis horizontalement au sein <strong>de</strong> la population <strong>de</strong>s E. coli.<br />
L’induction du cycle lytique <strong>de</strong>s phages porteurs <strong>de</strong>s gènes stx et la conversion <strong>de</strong> souches<br />
d’E. coli ont été démontrées in vitro (Herold et al., 2004 ; Muniesa et al., 2000,2004; Watarai<br />
et al., 1998) mais aussi in vivo, dans le tractus gastro-intestinal <strong>de</strong> souris (Acheson et al.,<br />
1998) ou <strong>de</strong> ruminants (Cornick et al., 2006).<br />
Ces résultats faux positifs, peuvent avoir <strong>de</strong>s conséquences économiques pour les industriels<br />
dans la mesure où ces <strong>de</strong>rniers doivent « bloquer » leur marchandise en attendant les résultats<br />
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