CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

Tout au long de ce mémoire, nous nous sommes efforcés de montrer l’importance de la
détection des STEC pathogènes dans les aliments pour les industriels désireux de mettre sur le
marché des produits sains, mais également pour les gestionnaires du risque. La forte
implication du sérotype O157:H7 dans les cas graves et les épidémies a conduit au
développement de méthodes validées pour faciliter sa détection et son isolement à partir de
matrices alimentaires. Pourtant, l’avis de l’AFSSA du 11 janvier 2011 recommande la
recherche de quatre autres sérogroupes de STEC définis comme pathogènes : O26, O103,
O111 et O145. Les sérogroupes de STEC non-O157 sont de plus en plus impliqués dans les
cas humains. En l’absence de méthodes validées, différents types d’approches sont
généralement utilisés pour les détecter. La plus souvent employée consiste à rechercher les
souches porteuses des gènes eae et stx puis d’isoler les souches directement ou indirectement
(en passant par l’IMS) sur des géloses plus ou moins spécifiques.
Les travaux réalisés au cours de cette thèse avaient pour objectif l’optimisation du protocole
de recherche des cinq sérogroupes majeurs de STEC. Ce protocole repose sur quatre grandes
étapes : la prise d’essai, l’enrichissement, la détection et la confirmation. Le travail réalisé à
différents niveaux de ce protocole nous a permis de soulever certains points importants
comme par exemple la difficulté de mettre en œuvre des enrichissements appropriés,
l’utilisation de la PCR en temps réel pour cribler des échantillons alimentaires et les
problèmes liés à l’isolement des souches non-O157 pour confirmer les résultats.
L’enrichissement des STEC
Nous avons souligné l’importance de différents facteurs lors de l’étape d’enrichissement.
Ainsi, cette étape nécessite des bouillons appropriés, des températures favorisant le
développement des STEC et une durée minimale permettant de réduire la durée de l’analyse.
• Les bouillons employés :
De nombreuses études ont été menées sur l’EPT (Ogden et al., 2001; Drysdale et al., 2004;
Hussein et Bollinger, 2008). Nous avons confirmé au cours de notre étude sur le VIDAS
ECPT UP que ce bouillon utilisé avec une prise d’essai de l’échantillon de 25g ou
complémenté par de la vancomycine pour un échantillon de 375g convenait parfaitement pour
la détection des E. coli O157 :H7 dans la viande de bœuf. Pourtant, la méthode normalisée de
référence pour l'isolement d’E. coli O157 (ISO 16654) à partir de l'aliment préconise un
enrichissement en milieu mTSB additionné de novobiocine. D’autres milieux peuvent donc
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