CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne
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Tout au long <strong>de</strong> ce mémoire, nous nous sommes efforcés <strong>de</strong> montrer l’importance <strong>de</strong> la<br />
détection <strong>de</strong>s STEC pathogènes dans les aliments pour les industriels désireux <strong>de</strong> mettre sur le<br />
marché <strong>de</strong>s produits sains, mais également pour les gestionnaires du risque. La forte<br />
implication du sérotype O157:H7 dans les cas graves et les épidémies a conduit au<br />
développement <strong>de</strong> métho<strong>de</strong>s validées pour faciliter sa détection et son isolement à partir <strong>de</strong><br />
matrices alimentaires. Pourtant, l’avis <strong>de</strong> l’AFSSA du 11 janvier 2011 recomman<strong>de</strong> la<br />
recherche <strong>de</strong> quatre autres sérogroupes <strong>de</strong> STEC définis comme pathogènes : O26, O103,<br />
O111 et O145. Les sérogroupes <strong>de</strong> STEC non-O157 sont <strong>de</strong> plus en plus impliqués dans les<br />
cas humains. En l’absence <strong>de</strong> métho<strong>de</strong>s validées, différents types d’approches sont<br />
généralement utilisés pour les détecter. La plus souvent employée consiste à rechercher les<br />
souches porteuses <strong>de</strong>s gènes eae et stx puis d’isoler les souches directement ou indirectement<br />
(en passant par l’IMS) sur <strong>de</strong>s géloses plus ou moins spécifiques.<br />
Les travaux réalisés au cours <strong>de</strong> cette thèse avaient pour objectif l’optimisation du protocole<br />
<strong>de</strong> recherche <strong>de</strong>s cinq sérogroupes majeurs <strong>de</strong> STEC. Ce protocole repose sur quatre gran<strong>de</strong>s<br />
étapes : la prise d’essai, l’enrichissement, la détection et la confirmation. Le travail réalisé à<br />
différents niveaux <strong>de</strong> ce protocole nous a permis <strong>de</strong> soulever certains points importants<br />
comme par exemple la difficulté <strong>de</strong> mettre en œuvre <strong>de</strong>s enrichissements appropriés,<br />
l’utilisation <strong>de</strong> la PCR en temps réel pour cribler <strong>de</strong>s échantillons alimentaires et les<br />
problèmes liés à l’isolement <strong>de</strong>s souches non-O157 pour confirmer les résultats.<br />
L’enrichissement <strong>de</strong>s STEC<br />
Nous avons souligné l’importance <strong>de</strong> différents facteurs lors <strong>de</strong> l’étape d’enrichissement.<br />
Ainsi, cette étape nécessite <strong>de</strong>s bouillons appropriés, <strong>de</strong>s températures favorisant le<br />
développement <strong>de</strong>s STEC et une durée minimale permettant <strong>de</strong> réduire la durée <strong>de</strong> l’analyse.<br />
• Les bouillons employés :<br />
De nombreuses étu<strong>de</strong>s ont été menées sur l’EPT (Og<strong>de</strong>n et al., 2001; Drysdale et al., 2004;<br />
Hussein et Bollinger, 2008). Nous avons confirmé au cours <strong>de</strong> notre étu<strong>de</strong> sur le VIDAS<br />
ECPT UP que ce bouillon utilisé avec une prise d’essai <strong>de</strong> l’échantillon <strong>de</strong> 25g ou<br />
complémenté par <strong>de</strong> la vancomycine pour un échantillon <strong>de</strong> 375g convenait parfaitement pour<br />
la détection <strong>de</strong>s E. coli O157 :H7 dans la vian<strong>de</strong> <strong>de</strong> bœuf. Pourtant, la métho<strong>de</strong> normalisée <strong>de</strong><br />
référence pour l'isolement d’E. coli O157 (ISO 16654) à partir <strong>de</strong> l'aliment préconise un<br />
enrichissement en milieu mTSB additionné <strong>de</strong> novobiocine. D’autres milieux peuvent donc<br />
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