CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

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Schmidt H., Geitz C., Tarr P.I., Frosch M. and Karch H. (1999) Non-O157:H7 pathogenic Shiga toxin-producing Escherichia coli: phenotypic and genetic profiling of virulence traits and evidence for clonality. J. Infect. Dis. 179, 115-123. Upton, P. and Coia, J.E. (1994) Outbreak of Escherichia coli O157 infection associated with pasteurised milk supply. Lancet 344: 1015. Urdahl A.M., Cudjoe K., Wahl E., Heir E., Wasteson Y. (2002) Isolation of Shiga toxin- producing Escherichia coli O103 from sheep using automated immunomagnetic separation (AIMS) and AIMS-ELISA: sheep as the source of a clinical E. coli O103 case? Lett Appl Microbiol. 35(3):218-222. Vimont A., Vernozy-Rozand C., Montet M.P., Lazizzera C., Bavai C. and Delignette-Muller M.L. (2006) Modeling and predicting the simultaneous growth of Escherichia coli O157:H7 and ground beef background Microflora for various enrichment protocols. Appl. Environ. Microbiol. 72(1): 261-268. Willshaw G.A., Smith H.R., Cheasty T., O’Brien S.J. (2001) Use of strain typing to provide evidence for specific interventions in the transmission of VTEC O157 infections. Int. J. Food Microbiol. 66: 39-46. 3.3. Conclusion Escherichia coli O157 :H7 est le sérotype prédominant et le plus virulent des STEC. Néanmoins, d’autres sérogroupes comme O26, O111, O103, O145 ont été associées à des épisodes occasionnels ou sporadiques de maladies humaines. La mise au point de méthodes de détection sensibles et rapides pour ces 5 sérogroupes est donc essentielle pour l’industrie agro-alimentaire afin d’assurer aux consommateurs des produits sains. Le VIDAS ESPT est une nouvelle méthode, permettant la concentration du « gang des 5 » en une seule fois et utilisant une nouvelle technologie : les protéines de phage. Les protéines de phage ont montré dans de précédentes études de très bonnes performances notamment en terme de spécificité et sensibilité du phage ciblant le sérogroupe O157 (Rozand and Feng, 2009). 144
Cette nouvelle méthode de concentration peut être comparée à celle de l’IMS parce qu’elle repose sur le même principe. Toutefois, l’IMS n’immuno-concentre qu’un sérogroupe à la fois alors que le VIDAS ESPT permet la concentration des 5 sérogroupes en même temps. Cette nouvelle technique présente également l’avantage d’être automatisée. Cette étude avait pour but de comparer les performances en termes de sensibilité et spécificité du VIDAS ESPT et de l’IMS pour la recherche de faibles niveaux de STEC dans les aliments. Pour la spécificité, le VIDAS ESPT et l’IMS ont montré des résultats semblables. Toutefois après un VIDAS ESPT les géloses obtenues présentaient moins de flore annexe que celle réalisées après un IMS. Néanmoins, notre étude a montré que la spécificité de ces méthodes pourrait être améliorée par l’utilisation de géloses d’isolement plus sélectives et spécifiques. Pourtant, à ce jour, il n’existe aucun milieu spécifique disponible pour les STEC non-O157. La difficulté d’élaboration d’un tel milieu réside dans le fait que ces sérogroupes ont des caractéristiques biochimiques et des besoins différents. Possé et al. (2008) a mis au point une gélose permettant le développement et la différenciation des sérogroupes O26, O103, O111, O145 et O157 à partir d’échantillons d’aliments ou de matières fécales. Cette étude a également permis d’établir le seuil de sensibilité du VIDAS ESPT pour la recherche des 5 sérogroupes de STEC. Celui-ci se situe aux environs de 10 3 UFC/mL dans les bouillons de souches pures et 10 4 UFC/mL dans les échantillons de viandes de bœuf. Une certaine variabilité des résultats a été observée entre les sérogroupes. De multiples facteurs pourraient expliquer ce phénomène : d’une part, la composition des échantillons (molécules de gras, flore annexe importante…) pourrait avoir un impact sur la liaison entre la protéine de phage et la bactérie cible en la bloquant ; d’autre part, la liaison entre la protéine de phage et la bactérie cible pourrait ne pas être suffisamment forte pour résister aux différentes étapes du protocole du VIDAS ESPT. En effet, en dépit de la spécificité de ces protéines de phage, il n’y a que peu ou pas d’informations concernant leur stabilité dans le temps et leur résistance aux différents protocoles qui peuvent leur être appliqués. De la même façon, la sensibilité de l’IMS pourrait être affectée par le taux de dilution de l’enrichissement, mais aussi sa nature, et par les problèmes de spécificité des billes magnétiques utilisées. L’AFSSA préconise la recherche de 5 sérogroupes majeurs : O26, O103, O111, O145 et O157. Le VIDAS ESPT et l’IMS permettent toutes deux la recherche de ces 5 sérogroupes. Toutefois, le VIDAS ESPT permet de réaliser cette analyse en une fois alors que l’IMS nécessite 5 tests. De plus, l’utilisation d’une méthode automatisée, type VIDAS, minimise les 145
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UNIVERSITE DE BOURGOGNE THÈSE Pour
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Je remercie… Monsieur Vincent Atr
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Résumé Les Escherichia coli produ
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diverses origines (toxique, auto-im
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Plusieurs études ont également ra
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• Populations sensibles Les perso
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non-O157 n’est validée à ce jou
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actéries. En l’absence de flore
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Dans notre étude, nous nous sommes
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augmente à hauteur de 95% avec une
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Néanmoins, quelques études ont mi
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la bactérie recherchée. Enfin, il
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Systèmes immuno-chromatographiques
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sur les E. coli cibles, eux mêmes
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Notons toutefois qu’une préparat
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Révélation lors de la RT-PCR : Il
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Un grand nombre de tests de PCR en
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Ltd, Norvège). Toutefois, les souc
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Wieler, L. H., McDaniel T. K., Whit
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