CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

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La comparaison des deux formats de cône a permis de mettre en évidence que les protéines de phage ont une sensibilité meilleure ou égale à celle des anticorps. De plus, les expériences ont permis de déterminer les concentrations optimales d’utilisation en protéines de phage de chaque sérogroupe : de 0.3 à 1.25 µg/ml. A ces concentrations, les limites de détection par concentration des bactéries sont comprises de 10 2 -10 3 UFC/ml en fonction du sérogroupe (Tableau 14). Concernant la spécificité de ces protéines de phage, elle est assez bonne puisque seulement le Citrobacter en petite quantité est apparu sur les géloses et une des souches de E. coli non spécifiques testées. Ces résultats se sont répétés pour toutes les protéines de phage testées sauf celles ciblant les E. coli O157. Ce phénomène peut s’expliquer par le fait que ces souches étaient extrêmement concentrées (≥ 10 8 UFC/mL). Une fois les concentrations optimales définies et les tests de spécificité terminés, une nouvelle série de cônes coatés avec les 5 types de phage a été fabriquée et évaluée au cours de mes travaux. 3. Evaluation du nouveau test de concentration 3.1. Résumé Escherichia coli O26, O103, O111, O145 et O157 sont les cinq sérogroupes majeurs définis par l’AFSSA comme étant les plus souvent associés aux infections d’origine alimentaire. Les contaminations par les E. coli entérohémorragiques (EHEC) sont la première cause d’insuffisance rénale chez l’enfant. A l’origine des épidémies les plus connues, la viande de bœuf hachée peu cuite est le plus souvent incriminée. Il est donc essentiel pour les industriels de la filière d’avoir à leur disposition un protocole de détection efficace des 5 sérogroupes de E. coli pointés du doigt. L’objectif de cette étude était l’évaluation d’un nouveau test de concentration automatisé (VIDAS ESPT). L’originalité de ce test repose sur l’utilisation de protéines recombinantes de phage. Dans un premier temps, la spécificité du cône au format 5 sérogroupes a été évaluée sur un panel de 50 bouillons de cultures pures de E. coli O26, O103, O111, O145, O157, STEC et non-STEC. La sensibilité des cônes a également été évaluée sur des cultures pures ou non de E. coli. Puis ce nouveau test a été employé sur des matrices de viandes bovines 130
expérimentalement ensemencées avant ou après enrichissement. Durant cette étude, les performances du VIDAS ESPT ont été comparées à celles de l’IMS. Les dénombrements des solutions concentrées obtenus après un VIDAS ESPT sont comparables à ceux obtenus avec l’IMS. Cependant, les géloses obtenues avec le test VIDAS présentent une concentration moins importante en flore annexe par rapport à celles de l’ IMS. Le VIDAS ESPT semblerait avoir une meilleure spécificité que l’IMS. L’étude sur les gammes de dilution de cultures pures des E. coli spécifiques a mis en évidence un seuil de sensibilité du test avoisinant 10 2 -10 3 UFC/mL. Lorsque la même étude a été faite sur les dilutions de E. coli spécifiques réalisées dans des bouillons de souches non spécifiques, le seuil de sensibilité est de 10 2 à 10 4 UFC/mL selon les sérogroupes. Concernant les évaluations réalisées sur matrices expérimentalement ensemencées, le test s’est révélé être assez sensible pour l’isolement de très faibles niveaux de contamination (1 à 5 UFC/25g). Le VIDAS ESPT s’est de plus révélé avoir des performances semblables ou meilleures à celle de l’IMS lors de l’étude sur les matrices naturellement contaminées. Le VIDAS ESPT semble être un outil rapide et simple d’utilisation pour la concentration simultanée des E. coli appartenant au « gang des 5 » présents initialement à un faible niveau dans les aliments. Utilisé pour la confirmation d’un résultat de détection positif, il facilitera grandement l’isolement et l’identification des souches suspectes. Notons que contrairement à l’IMS, ce test présente l’avantage de pouvoir concentrer les 5 sérogroupes en une fois. Il permet ainsi d’améliorer la gestion du risque pathogène, ce qui représente un avantage évident pour les industriels. 3.2. Publication n°3 Cette étude a fait l’objet d’un article qui sera soumis prochainement dans « Journal of Food Protection » et de deux posters présentés à l’IAFP (International Association for Food Protection) en août 2010 à Anaheim (Californie) (annexe 9) et au congrès Food Micro en Août 2010 à Copenhague (Danemark) (annexe 10). 131
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Je remercie… Monsieur Vincent Atr
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Résumé Les Escherichia coli produ
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• Populations sensibles Les perso
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Dans notre étude, nous nous sommes
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Néanmoins, quelques études ont mi
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la bactérie recherchée. Enfin, il
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Systèmes immuno-chromatographiques
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sur les E. coli cibles, eux mêmes
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Notons toutefois qu’une préparat
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Un grand nombre de tests de PCR en
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L’automate Genesystems: L’autom
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Jarvis, K. G., and Kaper J. B.. (19
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Levine, M. (1987) Escherichia coli
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Trabulsi. (1998) Characterization o
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Wieler, L. H., McDaniel T. K., Whit
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