CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

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Liste des figures Figure 1 : Pathogénie associée aux six classes de E. coli responsables de diarrhées (d’après Nataro et Kaper, 1998). ............................................................................................................ 22 Figure 2 : Définition des STEC et EHEC au sein des E. coli. ................................................ 24 Figure 3 : Modèle hypothétique de l’émergence de E. coli O157 :H7 basé sur les mutations dans le gène uidA, la production de Shiga-toxines, ainsi que les phénotypes : acidification du sorbitol et production de β-glucuronidase (Feng et al., 1998). ................................................ 27 Figure 4 : Mécanisme d’action des Shiga-toxines (Extrait de Vernozy-Rozand et Montet, 2001)......................................................................................................................................... 28 Figure 5 : Flux potentiels de STEC. Les flèches indiquent les flux potentiels de STEC entre le réservoir animal que peuvent représenter les animaux d’élevages et l’homme (AFSSA, 2003). .................................................................................................................................................. 43 Figure 6 : Protocole simplifié de recherche des STEC ........................................................... 49 Figure 7 : Test VIP EHEC ...................................................................................................... 61 Figure 8 : L’automate VIDAS avec des cônes et des barrettes............................................... 62 Figure 9 : Principe du VIDAS................................................................................................. 63 Figure 10 : Les automates d’extraction d’acides nucléiques EASYMAG de bioMérieux (à gauche) et EZ1 d’Applied Biosystems (à droite). .................................................................... 66 Figure 11 : Schéma du mécanisme d’action des sondes Taqman ........................................... 67 Figure 12 : Automate BAX® system Q7 ................................................................................ 70 Figure 13 : Automate et disque Genesytems........................................................................... 71 Figure 14 : Automate chromo4 à gauche et automate Miniopticon à droite........................... 72 Figure 15 : Kit HQS E. coli O157:H7 commercialisé par la société ADNucleis ................... 73 Figure 16 : Projet de normalisation d’une méthode de recherche des STEC appartenant aux sérogroupes O157, O111, O26, O103 et O145. ....................................................................... 76 Figure 17 : Projet de normalisation : protocole de recherche des STEC appartenant aux sérogroupes O157, O111, O26, O103 et O145. ....................................................................... 77 Figure 18 : Colonie d’E. coli sur milieu Coli ID (bioMérieux) .............................................. 79 Figure 19 : Colonie d’E. coli sur le milieu Rapid’E. coli 2 (BIO-RAD) ................................ 79 Figure 20 : Colonie d’E. coli O157:H7 sur milieu MacCONKEY ......................................... 79 Figure 21 : Colonie d’E. coli O157:H7 sur milieu ChromID O157:H7.................................. 80 Figure 22 : Colonie d’E. coli O157:H7 sur milieu BBL CHROMagar O157......................... 80 12
Figure 23 : Protocole de recherche des E. coli O157 dans les aliments suivant la norme NF EN ISO 16654. ......................................................................................................................... 83 Figure 24 : A gauche schéma du plasmide utilisé, à droite, apparence des colonies sur gélose PCA supplémentée en ampiciline. ........................................................................................... 90 Figure 25 : Protocole d’inoculation des matrices.................................................................... 93 Figure 26 : Colonies O26, O103, O111 et O145 sur la gélose B. Possé................................. 94 Figure 27 : Protocole d’utilisation du VIDAS ECPT.............................................................. 95 Figure 28 : Cycle d’amplification de la RT-PCR : a) pour eae et les sérogroupes ; b) pour stx 1 et 2. ........................................................................................................................................ 98 Figure 29 : Schéma de la réaction d’immuno séparation magnétique. ................................. 100 Figure 30 : Les différentes parties d’un bactériophage......................................................... 128 Figure 31 : Protocole d’évaluation de la sensibilité .............................................................. 129 Figure 32 : Protocole d’évaluation de la spécificité.............................................................. 129 13
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être utilisés en fonction de la m
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DuPont Lateral Flow System E. coli
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Chapman, P.A., Siddons, C.A., Cerda
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Grau, F. H., and Vanderline P.B. (1
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Jarvis, K. G., and Kaper J. B.. (19
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Levine, M. (1987) Escherichia coli
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Meyer-Broseta, S., Bastian, S.N., A
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Ogden, I.D., Hepburn, N.F., MacRae,
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Reid, S. D., Herbelin C. J., Bumbau
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Shukla, R., Slack, R., George, A.,
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Trabulsi. (1998) Characterization o
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Wieler, L. H., McDaniel T. K., Whit
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