CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne
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<strong>CHAPITRE</strong> 4 : Mise au point d’un test<br />
permettant <strong>de</strong> concentrer les 5 sérogroupes <strong>de</strong><br />
E. coli majeurs selon l’AFSSA (VIDAS ESPT)<br />
1. Introduction<br />
Nous avons souligné que E. coli O157 :H7 est i<strong>de</strong>ntifié comme le chef <strong>de</strong> file <strong>de</strong>s STEC<br />
puisqu’il est à l’origine <strong>de</strong> nombreuses épidémies. L’EFSA recomman<strong>de</strong> donc aux industriels<br />
<strong>de</strong> l’agro alimentaire d’axer principalement leurs analyses sur ce sérotype. Néanmoins,<br />
d’autres épidémies ont été liées à la consommation d’aliments contaminés par <strong>de</strong>s souches <strong>de</strong><br />
E. coli appartenant à d’autres sérotypes. Ainsi, l’AFSSA a défini 5 sérotypes considérés<br />
comme pathogènes, et l’EFSA indique que la recherche <strong>de</strong>s STEC pathogènes pourrait être<br />
étendue aux sérogroupes O26, O103, O91, O145 et O111.<br />
Un projet <strong>de</strong> norme du groupe <strong>de</strong> travail CEN TC275/WG6 a ainsi vu le jour. Il est<br />
actuellement soumis à l’ISO pour évaluation. Il s’agit d’une métho<strong>de</strong> horizontale basée dans<br />
un premier temps sur une PCR en temps réel <strong>de</strong>stinée à rechercher les facteurs <strong>de</strong> virulence<br />
eae et stx puis les gènes codant les antigènes somatiques <strong>de</strong>s 5 sérogroupes O157, O26, O103,<br />
O145 et O111 dans les bouillons d’enrichissement <strong>de</strong>s matrices alimentaires. Cette étape est<br />
suivie, si les PCR se révèlent positives par une étape <strong>de</strong> confirmation visant à isoler les<br />
souches suspectées d’être présentes. Cette étape emploie une technique difficile à mettre en<br />
œuvre par les industriels ou laboratoires <strong>de</strong> routine : l’IMS. Cette technique qui est lour<strong>de</strong>,<br />
fastidieuse et peut générer <strong>de</strong>s contaminations croisées ne permet un isolement <strong>de</strong>s STEC que<br />
sérogroupe par sérogroupe.<br />
La technique présentée ci-<strong>de</strong>ssous est une métho<strong>de</strong> automatisée utilisant le VIDAS, et qui<br />
permettrait <strong>de</strong> détecter et d’isoler par concentration <strong>de</strong>s 5 sérogroupes en même temps.<br />
Une étu<strong>de</strong> préalable a été nécessaire afin d’évaluer individuellement les nouvelles protéines<br />
<strong>de</strong> phage que BioMérieux souhaitait utiliser pour la mise au point <strong>de</strong> son nouveau kit VIDAS.<br />
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