CHAPITRE 1 - Université de Bourgogne

CHAPITRE 4 : Mise au point d’un test
permettant de concentrer les 5 sérogroupes de
E. coli majeurs selon l’AFSSA (VIDAS ESPT)
1. Introduction
Nous avons souligné que E. coli O157 :H7 est identifié comme le chef de file des STEC
puisqu’il est à l’origine de nombreuses épidémies. L’EFSA recommande donc aux industriels
de l’agro alimentaire d’axer principalement leurs analyses sur ce sérotype. Néanmoins,
d’autres épidémies ont été liées à la consommation d’aliments contaminés par des souches de
E. coli appartenant à d’autres sérotypes. Ainsi, l’AFSSA a défini 5 sérotypes considérés
comme pathogènes, et l’EFSA indique que la recherche des STEC pathogènes pourrait être
étendue aux sérogroupes O26, O103, O91, O145 et O111.
Un projet de norme du groupe de travail CEN TC275/WG6 a ainsi vu le jour. Il est
actuellement soumis à l’ISO pour évaluation. Il s’agit d’une méthode horizontale basée dans
un premier temps sur une PCR en temps réel destinée à rechercher les facteurs de virulence
eae et stx puis les gènes codant les antigènes somatiques des 5 sérogroupes O157, O26, O103,
O145 et O111 dans les bouillons d’enrichissement des matrices alimentaires. Cette étape est
suivie, si les PCR se révèlent positives par une étape de confirmation visant à isoler les
souches suspectées d’être présentes. Cette étape emploie une technique difficile à mettre en
œuvre par les industriels ou laboratoires de routine : l’IMS. Cette technique qui est lourde,
fastidieuse et peut générer des contaminations croisées ne permet un isolement des STEC que
sérogroupe par sérogroupe.
La technique présentée ci-dessous est une méthode automatisée utilisant le VIDAS, et qui
permettrait de détecter et d’isoler par concentration des 5 sérogroupes en même temps.
Une étude préalable a été nécessaire afin d’évaluer individuellement les nouvelles protéines
de phage que BioMérieux souhaitait utiliser pour la mise au point de son nouveau kit VIDAS.
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