caractérisation des enzymes bovines et étude préliminaire du rôle ...
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Résultats-Discussion : Résultats complémentaires de la publication 1 __________________________________________________________________________________________ pour les nématodes Caenorhabditis sp. et Strongyloides ratti, pour l’Insecte Homalodisca coagulata et pour le cnidaire Acropora millepora (pour ces trois dernières espèces, les séquences de Pofut1 sont partielles). La portion d’alignement des séquences de Pofut1 chez les Animaux où sont situés les sites de N-glycosylation conservés chez les Mammifères, est présentée dans la publication 2. En ce qui concerne Pofut2, les deux premiers sites potentiels de N-glycosylation sont retrouvés à des positions conservées chez les Ostéichthyens. Le site 2 est aussi présent chez les Urochordés (Ciona) et chez Caenorhabditis sp.. Le site 3 semble moins conservé puisque à l’heure actuelle, il n’est présent que chez les Mammifères, les Téléostéens et l’Insecte, Anopheles gambiae. Grâce au logiciel smart (http://smart.embl-heidelberg.de/), nous avons identifié les peptides signaux potentiels des protéines Pofut1 et Pofut2 de toutes les espèces choisies (Voir annexes I et II). Le fait que ces peptides soient présents à l’extrémité N-terminale de pratiquemment toutes les séquences analysées (sauf pour Pofut1 et Pofut2 du poisson zèbre Danio rerio) ainsi que la démonstration faite de la localisation des enzymes Pofut1 et Pofut2 humaines (Luo et Haltiwanger, 2005; Luo, Nita-Lazar et al., 2006), suggèrent une localisation réticulaire des O-fucosyltransférases chez toutes les espèces. Ceci est appuyé par les résultats obtenus par le logiciel Predotar (http://urgi.infobiogen.fr/predotar/french.html) qui prédit une localisation réticulaire pour l’ensemble des protéines étudiées ici. L’analyse et la comparaison de toutes ces séquences nous ont amené à établir les organisations génomiques de Pofut1 et Pofut2 dans la majorité des espèces étudiées. Certaines de ces organisations sont déjà présentées dans la figure 7 de la publication 1. Les figures 49 et 50 incluent, en plus des organisations génomiques présentées dans l’article, celles des gènes Pofut1 et Pofut2 d’autres organismes pour lesquels nous possédons des informations sur les CDS et sur les séquences génomiques. Ces représentations tiennent compte uniquement des exons codant la forme potentiellement active des enzymes; seuls les CDS sont indiqués. 144
Résultats-Discussion : Résultats complémentaires de la publication 1 __________________________________________________________________________________________ Ciona intestinalis Bombyx mori (partielle) Anopheles gambiae Drosophila melanogaster Drosophila yakuba Drosophila pseudoobscura Caenorhabditis elegans Caenorhabditis brigssae Apis mellifera (partielle) Strongylocentrotus purpuratus Danio rerio Takifugu rubripes Tetraodon nigroviridis Xenopus tropicalis Xenopus laevis Gallus gallus Canis familiaris Bos taurus Homo sapiens Pan troglodytes Mus musculus Rattus norvegicus 1158 100 453 286 ? 97 1103 118 1091 115 110 99 387 138 102 195 124 110 99 387 138 102 195 106 116 124 305 237 ? 223 95 178 133 196 225 165 Espèces D. rerio T. rubripes T. nigroviridis X. laevis X. tropicalis G. gallus C. familiaris B. taurus H. sapiens P. troglodytes M. musculus R. norvegicus 1 139 106 106 100 100 100 133 133 124 124 139 145 2 122 122 122 122 122 122 122 122 122 122 122 122 Exons et tailles en pb 3 183 183 183 183 183 183 183 183 183 183 183 183 4 5 6 113 193 243 195 113 193 243 195 113 193 243 195 113 193 243 189 113 193 243 189 113 193 243 189 113 193 243 189 113 193 243 189 113 193 243 189 113 193 243 189 113 193 243 189 113 193 243 189 Figure 49 : Organisations exon/intron des CDS des gènes Pofut1 chez différentes espèces animales. Pour les Vertébrés, les tailles des exons homologues sont indiquées dans le tableau. Celles des invertébrés sont indiquées au dessus de chaque structure. • Pour Pofut1, les organisations génomiques en sept exons codants sont retrouvées chez tous les Vertébrés. La position des six introns est strictement conservée. > Six introns sont également présents chez l’Echinoderme Strongylocentrotus purpuratus. Néanmoins, la position de l’intron 3 est décalée de 3pb par rapport à celle de l’intron 3 des Vertébrés. > Chez les deux espèces de nématode Caenorhabditis, bien que six introns existent, seules les positions des introns 1 et 5 des Vertébrés sont conservées. 145 7
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Résultats-Discussion : Résultats complémentaires de la publication 1<br />
__________________________________________________________________________________________<br />
Ciona intestinalis<br />
Bombyx mori (partielle)<br />
Anopheles gambiae<br />
Drosophila melanogaster<br />
Drosophila yakuba<br />
Drosophila pseudoobscura<br />
Caenorhabditis elegans<br />
Caenorhabditis brigssae<br />
Apis mellifera (partielle)<br />
Strongylocentrotus purpuratus<br />
Danio rerio<br />
Takifugu rubripes<br />
T<strong>et</strong>raodon nigroviridis<br />
Xenopus tropicalis<br />
Xenopus laevis<br />
Gallus gallus<br />
Canis familiaris<br />
Bos taurus<br />
Homo sapiens<br />
Pan troglodytes<br />
Mus musculus<br />
Rattus norvegicus<br />
1158<br />
100 453 286 ?<br />
97 1103<br />
118 1091<br />
115 110 99 387 138 102 195<br />
124<br />
110 99 387 138 102 195<br />
106 116 124 305 237 ?<br />
223 95 178 133 196 225 165<br />
Espèces<br />
D. rerio<br />
T. rubripes<br />
T. nigroviridis<br />
X. laevis<br />
X. tropicalis<br />
G. gallus<br />
C. familiaris<br />
B. taurus<br />
H. sapiens<br />
P. troglodytes<br />
M. musculus<br />
R. norvegicus<br />
1<br />
139<br />
106<br />
106<br />
100<br />
100<br />
100<br />
133<br />
133<br />
124<br />
124<br />
139<br />
145<br />
2<br />
122<br />
122<br />
122<br />
122<br />
122<br />
122<br />
122<br />
122<br />
122<br />
122<br />
122<br />
122<br />
Exons <strong>et</strong> tailles en pb<br />
3<br />
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183<br />
183<br />
183<br />
183<br />
183<br />
183<br />
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4<br />
5<br />
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113 193 243 195<br />
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113 193 243 189<br />
113 193 243 189<br />
113 193 243 189<br />
113 193 243 189<br />
Figure 49 : Organisations exon/intron <strong>des</strong> CDS <strong>des</strong> gènes Pofut1 chez différentes espèces<br />
animales.<br />
Pour les Vertébrés, les tailles <strong>des</strong> exons homologues sont indiquées dans le tableau. Celles <strong>des</strong> invertébrés sont<br />
indiquées au <strong>des</strong>sus de chaque structure.<br />
• Pour Pofut1, les organisations génomiques en sept exons codants sont<br />
r<strong>et</strong>rouvées chez tous les Vertébrés. La position <strong>des</strong> six introns est strictement conservée.<br />
> Six introns sont également présents chez l’Echinoderme Strongylocentrotus purpuratus.<br />
Néanmoins, la position de l’intron 3 est décalée de 3pb par rapport à celle de l’intron 3 <strong>des</strong><br />
Vertébrés.<br />
> Chez les deux espèces de nématode Caenorhabditis, bien que six introns existent, seules les<br />
positions <strong>des</strong> introns 1 <strong>et</strong> 5 <strong>des</strong> Vertébrés sont conservées.<br />
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