mise à jour n° 1 année 2009

sous la direction de
Jean FRENEY, François RENAUD, Roland LECLERCQ, Philippe RIEGEL,
André PAUGAM, Renée GRILLOT, Loïc FAVENNEC et Bruno POZZETTO
MISE À JOUR N° 1
ANNÉE 2009 - VOLUME VIII
ISBN 978-2-7472-1614-2

EDITÉ PAR
les Editions ESKA
et les Editions A. LACASSAGNE
12, rue du Quatre-Septembre
75002 PARIS
Tél. : 01 42 86 55 73
Fax : 01 42 60 45 35
DIRECTEUR DE LA PUBLICATION
Serge KEBABTCHIEFF
ACTUALITÉS
PERMANENTES
EN BACTÉRIOLOGIE
CLINIQUE
MISE À JOUR NUMÉRO 1 - ANNÉE 2009 - VOLUME VIII
ANNULER ET REMPLACER AJOUTER SUPPRIMER
Sommaire Sommaire
au 16/03/09 au 16/09/09
DÉPÔT LÉGAL
ISBN 978-2-7472-1614-2
NOTE AU LECTEUR
« Actualités permanentes en
Bactériologie clinique » est une
publication trimestrielle destinée
à être mise à jour et à compléter
l’ouvrage de base : « Actualités
permanentes en Bactériologie
clinique » (ISBN 2-7472-0332-8)
Section III - page I Section III - page I
septembre 2009 février 2009
Section III - chapitre 16
septembre 2009
Section XII - page I Section XII - page I
septembre 2009 septembre 2008
Section XII - chapitre 2
septembre 2009
Section XIII - page I Section XIII - page I
septembre 2009 mars 2009
Section XIII - chapitre 2
septembre 2009
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SOMMAIRE
TOME I
SECTION I LE DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
1 Prélèvements en bactériologie clinique
2 Métabolisme des micro-organismes d’intérêt médical
3 Diagnostic phénotypique
4 Identification conventionnelle
5 Identification antigénique et anticorps monoclonaux
6 Sérologie bactérienne
7 Les systèmes automatiques d’identification bactérienne
8 Diagnostic moléculaire en bactériologie
9 Conservation des bactéries
10 Les collections de souches bactériennes
11 Sécurité au laboratoire de bactériologie clinique
12 Assurance qualité au laboratoire de bactériologie
13 Fiches techniques de bactériologie pratique
14 Les tests rapides en bactériologie
15 Les milieux chromogéniques en microbiologie clinique
16 Méthodes de détection rapide des agents du bioterrorisme
17 Diagnostic moléculaire en bactériologie : méthodes,intérêts et applications
18 Gestion des bactéries multi-résistantes
SECTION II TAXONOMIE,ÉPIDÉMIOLOGIE
1 Taxonomie bactérienne
2 Microbiologie et internet
3 Chimiotaxonomie
4 Marqueurs épidémiologiques
5 Lysotypie,bactériocinotypie,ribotypie
6 L’électrophorèse en champ pulsé
7 Électrophorèse des protéines bactériennes
8 L’amplification génique appliquée au marquage épidémiologique
9 Génétique des populations et phylogénie bactérienne
© ESKA septembre 2009 – M.A.J. n° 1 III
Les articles en gras
sont disponibles
au 16/09/2009

SOMMAIRE AU 16/09/09
SECTION III ÉCOLOGIE ET POUVOIR PATHOGÈNE DES BACTÉRIES
1 Stratégies des bactéries pathogènes pour survivre dans l’organisme humain
2 Toxines bactériennes
3 Une stratégie bactérienne : la gestion de la perméabilité membranaire
4 Mécanismes d’échappement des bactéries pathogènes
à la réponse immunitaire
5 Biofilms bactériens
6 Bactériologie buccale
7 Écologie microbienne du tube digestif
8 Étude de quelques bactéries pathogènes pour le cheval
et/ou les carnivores domestiques
9 Risque microbiologique environnemental
10 Infections bactériennes nosocomiales en réanimation :
le point de vue du clinicien
11 Bases de la microbiologie alimentaire pratique
12 Flore microbienne de la peau saine
13 La flore vaginale : composition,propriétés,perspectives
14 Rôle du laboratoire de microbiologie en cas de risque bioterroriste
15 Établissement du microbiote intestinal
16 La vaginose
TOME II
SECTION IV COQUES À GRAM POSITIF (CG+)
1 Staphylococcus
2 Rothia mucilaginosa
3 Streptococcaceae
4 Streptococcus pneumoniae
5 Leuconostoc,bactéries apparentées et Vagococcus
6 Arthrobacter
SECTION V BACILLES À GRAM POSITIF (BG+)
1 Listeria et listériose
2 Erysipelothrix
3 Bactéries aérobies sporulées
4 Lactobacillus
5 Corynebacterium et bactéries apparentées
6 Nouveautés dans la Famille des Bifidobacteriaceae : Aeriscardovia,
Alloscardovia, Metascardovia, Parascardovia, Scardovia
et Bifidobacterium scardovii
SECTION VI ACTINOMYCETES ET MYCOBACTÉRIES
1 Nocardia et actinomycètes aérobies apparentés
2 Streptomyces
3 Mycobactéries : bacille de la tuberculose
4 Mycobactéries autres que M. tuberculosis
5 Mycobacterium leprae
6 Mycobactéries et antibiotiques
7 Apport de la biologie moléculaire en mycobactériologie
8 Tropheryma whipplei,agent de la maladie de Whipple
IV © ESKA septembre 2009

SECTION VII ENTÉROBACTÉRIES
SOMMAIRE AU 16/09/09
1 Enterobacteriaceae : généralités
2 Escherichia et Shigella
3 Salmonella
4 Yersinia pestis
5 Yersinia autres que Y. pestis
6 Klebsiella
7 Enterobacter
8 Serratia
9 Citrobacter
10 Proteae
11 Autres entérobactéries
12 Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) et la maladie de Hamburger
SECTION VIII BACTÉRIES À GRAM NÉGATIF AUTRES QUE LES ENTÉROBACTÉRIES : (AUTRES BG-)
1 Neisseria gonorrhoeae et Neisseria meningitidis
1bis Moraxella (Branhamella) catarrhalis
2 Moraxella
3 Acinetobacter
4 Pseudomonas et Burkholderia
5 Les bacilles à Gram négatif non fermentants autres que Pseudomonas
6 Caulobacter
7 Francisella
8 Bacilles à Gram négatif inhabituels
9 Vibrio
10 Aeromonas
11 Plesiomonas shigelloides
12 Campylobacter
13 Helicobacter pylori
14 Legionella et légionellose
15 Bactéries intracellulaires d’amibes
16 Brucella
17 Pasteurella
18 Haemophilus
19 Bordetella
20 Kingella
21 Neisseria spp (à l’exclusion de N. meningitidis et N. gonorrhoeae)
TOME III
SECTION IX BACTÉRIES D’IDENTIFICATION DIFFICILE ET/OU INHABITUELLES
1 Mycoplasmes
2 Gardnerella vaginalis
3 Streptobacillus moniliformis
4 Tréponèmes pathogènes pour l’homme
5 Borrelia
6 Leptospira
7 Rickettsia
8 Coxiella burnettii
9 Bartonella
10 Afipia
11 Ehrlichia
© ESKA septembre 2009 V

SECTION X ANAÉROBIES
1 Généralités sur les bactéries anaérobies
2 Clostridium difficile
3 Clostridium autres que C. difficile
4 Anaérobies à Gram positif non sporulés
5 Anaérobies à Gram négatif
6 Cocci anaérobies à Gram positif (GPAC)
7 Les cocci à Gram négatif anaérobies
SECTION XI AGENTS ANTIBACTÉRIENS
1 Antiseptiques et antisepsie
2 Antibiotiques : généralités
3 Mécanismes d’action des antibiotiques
4 Mécanismes de résistance aux antibiotiques
5 Staphylococcus et antibiotiques
6 Pneumocoques,autres streptocoques et antibiotiques
7 Entérocoques et antibiotiques
8 Neisseria meningitidis et antibiotiques
9 Neisseria gonorrhoeae et antibiotiques
10 Entérobactéries et bêta-lactamines
11 Entérobactéries et aminosides
12 Pseudomonas aeruginosa et bêta-lactamines
13 Antibiotiques et bacilles à Gram négatif non fermentaires autres que P. aeruginosa
14 Haemophilus influenzae et antibiotiques
15 Détection rapide de la résistance aux antibiotiques
16 Pharmacocinétique,pharmacodynamie clinique des antibiotiques
17 Antibiotiques en agriculture et résistances bactériennes
18 Légionelles et désinfectants
19 La stérilisation des dispositifs médicaux à l’hôpital
20 Les textiles antibactériens
21 Résistances bactériennes et biocides (1re partie)
22 Support génétique de la résistance
23 Résistances bactériennes et biocides (2e partie)
24 Biocides : principes actifs,caractéristiques générales
25 L’antibiogramme en pratique courante
SECTION XII MYCOLOGIE
1 Candida dubliniensis
2 Mycétomes fongiques
SOMMAIRE AU 16/09/09
SECTION XIII PARASITOLOGIE
1 La Giardiose
2 Les leishmanioses viscérales
SECTION XIV VIROLOGIE
1 Pathologies virales réémergentes dans le monde en 2008
VI © ESKA septembre 2009

SECTION III :
ÉCOLOGIE ET POUVOIR
PATHOGÈNE DES BACTÉRIES
1 Stratégies des bactéries pathogène pour survivre
dans l’organisme humain
2 Toxines bactériennes
3 Une stratégie bactérienne : la gestion de la perméabilité
membranaire
4 Mécanismes d’échappement des bactéries pathogènes
à la réponse immunitaire
5 Biofilms bactériens
6 Bactériologie buccale
7 Écologie microbienne du tube digestif
8 Étude de quelques bactéries pathogènes pour le cheval
et/ou les carnivores domestiques
9Risque microbiologique environnemental
10 Infections bactériennes nosocomiales en réanimation :
le point de vue du clinicien
11 Bases de la microbiologie alimentaire pratique
12 Flore microbienne de la peau saine
13 La flore vaginale : composition, propriétés, perspectives
14 Rôle du laboratoire de microbiologie en cas de risque
bioterroriste
15 Établissement du microbiote intestinal
16 La vaginose
© ESKA septembre 2009 I

SECTION III : ÉCOLOGIE ET POUVOIR PATHOGÈNE DES BACTÉRIES
LA VAGINOSE N° 16
Jean-Pierre LEPARGNEUR
Cette infection a d’abord été appelée vaginite non
spécifique associée à la présence d’Haemophilus vaginalis
par Gardner et Dukes (1955), puis au gré des
changements de la nomenclature, Corynebacterium
vaginale (Zinneman et Turner, 1963) et enfin
Gardnerella vaginalis en hommage à H. L. Gardner
(Greenwood et Pickett, 1980). Aujourd’hui la vaginose
bactérienne (BV) désigne un syndrome caractérisé
par un déséquilibre qualitatif et quantitatif de la
flore microbienne qui constitue l’écosystème normal
de la muqueuse vaginale (Verstraelen et al., 2008)
avec la quasi disparition des lactobacilles producteurs
de peroxyde d’hydrogène (H 2O 2) accompagnée
d’une multiplication (par x 100, voire par x
1000) d’une flore anaérobie. Ce dérèglement de
l’écosystème bactérien souvent récurrent s’accompagne
d’une subversion de l’immunité locale qui
semble paralysée. Tout cela montre l’extrême complexité
de cette pathologie qui en ce début de nouveau
millénaire reste à bien des égards encore
énigmatique (Forsum et al., 2005).
ÉPIDÉMIOLOGIE
La prévalence est très différente suivant les populations
et les cohortes auxquelles on s’adresse
(patientes consultantes en centres spécialisés pour les
infections sexuellement transmises ou en gynécologie
de ville). Elle est d’environ 50 % en Ouganda
(Sewamkambo et al., 1997), de 4,9 à 15,6 % en
Europe (Cristiano et al., 1996 ; Jacobsson et al.,
2002), et de 6,5 % à Toulouse (données personnelles
sur 28 075 prélèvements effectués depuis 2007). Les
facteurs de risque communément décrits sont le
tabagisme (Ryckman et al., 2009), le statut socioéconomique,
le stress psychologique (Paul et al.,
2008 ; Culhane et al., 2006), la race noire (Cherpes
et al., 2008), la pratique de la douche vaginale
(Brotman et al., 2008), les relations lesbiennes
(Bailey et al., 2004), la pose d’un dispositif intra-uté-
rin (Meirik, 2007), le nombre de partenaires, un
nouveau partenaire, un déficit hormonal, et depuis
peu un polymorphisme génétique de l’immunité
innée. A l’inverse l’utilisation de préservatifs, de
même que la prise de contraceptifs auraient un certain
effet protecteur (Rifkin et al., 2009).
Il est par ailleurs très surprenant de constater que
la vaginose survient tout autant chez les adolescentes
vierges (Tabrizi et al., 2006) ce qui sous-entend
qu’une relation sexuelle n’est pas forcément nécessaire
à l’acquisition de ce syndrome (Yen et al.,
2003), d’autant que plusieurs études dont celle de
Colli et al. (1997) ont démontré chez les hétérosexuels
la récidive en dépit du traitement du partenaire.
Cependant il semble plus plausible que les
facteurs associés aux rapports sexuels eux-mêmes
soient responsables. Chez les vierges par exemple des
contacts intimes sans pénétration qu’ils soient oraux
ou manuels suffisent pour assurer le portage des bactéries
responsables de la vaginose. L’élévation du pH
vaginal dans les heures suivant le coït augmenterait
également l’adhésion de Gardnerella vaginalis aux
cellules épithéliales de la muqueuse tout en déplaçant
parallèlement les lactobacilles de leurs sites de
fixation sur cette même muqueuse.
Le principal signe de la vaginose est la classique
odeur « de poisson pourri » qui est due à l’importante
production à partir de l’arginine d’amines tertiaires
(putréscine, cadavérine, triméthylamine) par
les bactéries anaérobies. Ces amines participent fortement
à l’alcalinisation du milieu. Il est à noter que
dans près de la moitié des cas les patientes sont
asymptomatiques. Quand elles se plaignent, elles
signalent l’importance des pertes (peu spécifiques),
des sensations d’irritation dont brûlures, douleurs,
démangeaisons qui si elles sont plus spécifiques peuvent
malheureusement être confondues avec celles
de vaginites, d’où l’importance de l’examen microbiologique
avec rendu du score de Nugent pour
confirmer le diagnostic.
© ESKA septembre 2009 – M.A.J. n° 1 1/10 Section III – Chapitre 16

MICROBIOLOGIE
DE LA VAGINOSE
La flore vaginale normale est majoritairement
constituée de lactobacilles : L. crispatus, L. gasseri, L.
jensenii, L.vaginalis et de L. iners (ce dernier plus
récemment décrit à un rôle encore mal défini) et
aussi de bifidobactéries. Ces bactéries forment un
biofilm protecteur (Lepargneur et al., 2002) qui, en
tapissant l’épithélium vaginal, constitue avec ce dernier
un écosystème symbiotique formant une protection
naturelle du tractus génital féminin qui
s’oppose à toute tentative d’invasion ascendante
d’un micro-organisme infectieux. Cette protection
est complétée par une panoplie sophistiquée de
mécanismes tels que la production d’acide lactique
qui maintient le pH entre 3,8 et 4,5, pH très inhospitalier
pour de nombreuses bactéries et virus, production
de peroxyde d’hydrogène dont l’activité
antiseptique est puissante vis-à-vis des bactéries catalase
négatives, des anaérobies et des virus, production
de bactériocines (protéines antimicrobiennes)
ou encore production de biosurfactants (qui détergent
les bactéries non autochtones qui se seraient
fixées sur l’épithélium vaginal).
Au cours de la vaginose, ce microbiote (en particulier
les lactobacilles producteurs de peroxyde d’hydrogène)
est remplacé quantitativement et
qualitativement par une flore majoritairement anaérobie
dont Atopobium vaginae, des bactéries des
genres Leptotrichia, Sneathia, Eggerthella-like,
Megasphaera, Mobiluncus et de trois nouvelles bactéries
de l’ordre des Clostridiales (Fredricks et al.,
2005). La présence de cet ensemble bactérien associé
à Gardnerella vaginalis est maintenant considéré
comme spécifique de la vaginose. Gardnerella vaginalis
isolée seule ne permet pas d’affirmer l’infection
car elle fait partie de la flore vaginale commensale et
est isolée chez 50 % des femmes saines. Cependant
selon Aroutcheva et al. (2001), les Gardnerella isolées
dans la vaginose appartiennent surtout aux biotypes
7 et 8 alors que le biotype 5 est prédominant chez la
LA VAGINOSE
femme saine. L. iners, à l’inverse des autres lactobacilles,
est toujours présente (Verstraelen et al., 2009)
ce qui pourrait signifier que cette bactérie pourrait
constituer un marqueur du changement de la flore
(Jakobsson et al., 2007). Pour Tamrakar et al.
(2007), la présence de L. iners est corrélée avec l’apparition
des bactéries associées à la vaginose. Pour ce
qui concerne les Mycoplasma spp., ils accompagnent
cette flore anormale deux fois sur trois ; leur rôle
demeure cependant peu clair (Livengood, 2009). De
plus, ils n’ont, semble-t’il, aucun lien avec un quelconque
risque de prématurité lors d’une grossesse à
l’inverse de la vaginose (Lee et al., 2009). Cf. tableau
I.
Rôle particulier d’Atopobium vaginae
Cette bactérie anaérobie, de culture longue et difficile,
et récemment décrite semble un élément particulièrement
important de la flore de la vaginose
(Verstraelen et al., 2004) et aussi de celle dite intermédiaire
(score de Nugent 4 à 6). Les premières
études la montraient résistante au métronidazole
(Ferris et al., 2004), information qui a été un peu
tempérée par d’autres travaux (De Backer et al.,
2006). Il apparaît cependant que les échecs de l’antibiothérapie
par le métronidazole lui sont dus.
Actuellement même si certaines bactéries contribuent
à l’écosystème de la vaginose et à sa pathogenèse,
un consensus lui attribue, associé à Gardnerella
vaginalis, le rôle pathogène majeur de la vaginose
bactérienne.
Le biofilm
Tableau I : Comparaison des flores vaginales
Si depuis les années 1980, on sait que G. vaginalis
se fixe aux cellules épithéliales vaginales par un
système d’exopolysaccharides fibrillaires, il appartient
à l’équipe de Swidsinski et al. (2005) d’avoir
montré que si chez les femmes saines, la paroi vaginale
était tapissée de lactobacilles, dans la vaginose
ces derniers étaient remplacés par un biofilm dense
Section III – Chapitre 16 2/10 © ESKA septembre 2009

et adhérant à la surface de l’épithélium vaginal
constitué pour 60 à 95 % par G. vaginalis et par 1 à
40 % par A. vaginae. De plus les fameuses « cluecells
» ne sont que des éléments desquamatifs de ce
biofilm. En réalité ce dernier augmente de 5 à 6 fois
la résistance au peroxyde d’hydrogène et à l’acide lactique
des bactéries qui le composent compliquant
d’autant la tâche des lactobacilles.
IMMUNITÉ
Différentes anomalies de l’immunité innée lors
de la vaginose ont été mises en évidence par plusieurs
auteurs (Witkin et al., 2007).
En étudiant 9 gènes de « Toll-like receptors
» dont la fonction est de constituer les récepteurs
de l’immunité innée, Verstraelen et al. (2009)
ont noté un certain degré de susceptibilité génétique
pour la vaginose en particulier que la présence d’un
CD14 intron, d’un TLR1 exon et CARD15 exon
était significativement associée à celle d’A. vaginae.
Le polymorphisme de la « mannose-binding lectin
2 codon 54 » (MBL) serait associé aux récurrences
à la fois de la vaginose ou des vaginites à
Candida (Giraldo et al., 2007). Ce MBL constitue le
récepteur spécifique des carbohydrates bactériens
qui active via des protéases la voie du complément
(Medzhitov et al., 2000).
La concentration du fluide vaginal en interleukine-4
est très abaissée ce qui explique une susceptibilité
plus grande à la vaginose (Fan et al., 2008). Par
contre, les mêmes auteurs observent dans ce même
liquide une augmentation significative des défensines
HBD-2 et HD-5, lesquelles participent aux
mécanismes de défense contre les bactéries associées
àlaBV.
AUTRES FACTEURS
Taux d’œstradiol
Une possible influence hormonale a été décrite
par des auteurs anglais (Wilson et al., 2007) ; ces
derniers en effet ont constaté que si les femmes
saines avaient un taux sérique moyen de 176,41
ng/L d’œstradiol, les femmes souffrant de vaginose
présentaient un taux bien plus bas de 39,07 ng/L. Il
est aussi noté que les femmes qui fument ont un
taux d’œstradiol plus faible que la normale (118,67
ng/L) ce qui là aussi pourrait expliquer la plus
grande fréquence de la vaginose chez ces patientes.
Ces mêmes auteurs remarquent qu’une augmenta-
LA VAGINOSE
tion de ce paramètre hormonal était parallèle à un
retour à une microflore vaginale normale.
Rôle de la vitamine D
Pour Bodnar et al. (2009), il y aurait association
d’un déficit en vitamine D et vaginose chez les
femmes enceintes au cours du premier semestre de
grossesse ; le taux moyen sérique serait de 29,5
nmol/L pour celles ayant une vaginose contre 40,1
nmol/L pour les femmes saines. Une décroissance
sensible apparaîtrait pour des taux supérieurs à 80
nmol/L pour atteindre un plateau.
CARACTÉRISATION CLINIQUE
Souvent asymptomatique, la vaginose bactérienne
est découverte à l’occasion d’une consultation
pour leucorrhées abondantes et malodorantes. Le
diagnostic clinique repose sur le score de Amsel
(Amsel et al., 1983) pour lequel la vaginose est avérée
si trois paramètres au moins sont positifs parmi
quatre :
a) pH vaginal> 4,5 ;
b) présence de cellules indicatrices « clue cells » ;
il s’agit de cellules desquamées (Figure 1) de l’épithélium
vaginal apparaissant à l’état frais, granuleuses
à bords flous recouvertes de bacilles et de cocci
(20 % des cellules épithéliales doivent être de ce type
sur le frottis) ;
c) odeur aminée de poisson après addition d’une
goutte d’une solution de potasse à 10 % sur des
pertes vaginales ;
d) pertes blanc grisâtre homogènes caractéristiques.
Ces critères ne sont pas de valeur identique :
• la constatation de leucorrhées n’est ni sensible
ni spécifique ;
• si l’odeur de poisson liée à la production
d’amines tertiaires par les bactéries anaérobies
est spécifique, elle est cependant peu sensible ;
• l’élévation du pH qui peut aussi être observée
au cours des règles, après des rapports ou lors
d’une infection à Trichomonas est elle sensible,
mais peu spécifique ;
• la présence de cellules indicatrices est, elle, très
évocatrice.
© ESKA septembre 2009 3/10 Section III – Chapitre 16

DIAGNOSTIC
MICROBIOLOGIQUE
L’examen microscopique d’un frottis vaginal
après coloration de Gram permet de réaliser le score
de Nugent-Krohn-Hillier (Nugent et al., 1991) qui
est actuellement le « gold standard » du diagnostic de
la vaginose. Cet examen du fait de son faible coût
présente l’avantage d’être réalisable dans pratiquement
tous les laboratoires avec une très bonne reproductibilité
de l’un à l’autre. Cf. tableau II.
Remarque : Les morphotypes sont gradués en
nombre moyen de bactéries par champ à l’immersion
grossissement x 1000. Additionner les 3 scores.
Par exemple : rares + Lactobacilles (3), 25 morphotypes
(3), et + Mobiluncus (1) = score de 7 donc vaginose.
Interprétation :
Score de 0 à 3 : normal.
Score de 4 à 6 : intermédiaire.
LA VAGINOSE
Figure 1 : Cellule indicatrice (clue-cell)
après coloration de Gram au grossissement
x 1000 (document personnel)
Score de 7 à 10 : vaginose bactérienne.
DIAGNOSTIC PAR
UNE TECHNIQUE DE BIOLOGIE
MOLÉCULAIRE
Une équipe de Seattle (Fredricks et al., 2005 ;
Srinivasan et al., 2008) utilisant un panel de 17
sondes 16S rRNA s’est employée à déterminer la
prévalence des bactéries spécifiques de la vaginose en
particulier en émettant l’hypothèse que certaines
souches non ou difficilement cultivables pouvaient
constituer d’excellents indicateurs. Le tableau III
donne, en ne retenant que les plus significatifs, un
résumé des résultats obtenus par PCR par rapport au
score de Nugent.
Ces auteurs confirment dans la même expérimentation
la quasi-disparition de Lactobacillus crispatus
important constituant du microbiote normal
et producteur d’H 2O 2 : détecté à 89,6 % dans la
cohorte de sujets sains et seulement chez 16 % des
Tableau III : Prévalence des bactéries rencontrées dans la vaginose
BVAB = Nouvelles clostridiales désignées par les auteurs comme « BV associated bacteria »
Section III – Chapitre 16 4/10 © ESKA septembre 2009

patientes BV+ ; ils considèrent à la vue de leurs résultats
que ce lactobacille est inversement associé à la
vaginose.
Une équipe belge (Verhelst et al 2004) utilisant
elle aussi une technique 16S rRNA mais ne prenant
en compte qu’Atopobium vaginae et Gardnerella
vaginalis conclue à une très forte co-association entre
ces deux bactéries et la vaginose. Dans une autre
étude cette fois ciblée sur les lactobacilles,
Verstraelen et al. (2009) arrivent à une conclusion
identique sur Lactobacillus crispatus et constatent
une relation inverse entre L. gasseri et L. iners. Cette
dernière espèce est abondante quand l’écosystème
est déséquilibré alors que L. gasseri a quasiment disparu.
Pour leur part, Menard et al. (2008) trouvant peu
satisfaisante la zone intermédiaire du score de
Nugent (entre 4 et 6) proposent de définir par
qPCR des valeurs « cutoff » pour la vaginose. Ces
auteurs arrivent à la conclusion que la combinaison
d’un taux d’ADN pour Atopobium vaginae supérieur
ou égal 10 8 copies/ml associé à 10 9 copies/ml de
Gardnerella vaginalis constitue la meilleure définition
du diagnostic de vaginose.
DIAGNOSTIC PAR RECHERCHE
ENZYMATIQUE
Recherche de sialidase (Ombrella et al.,
2006 ; Cauci et al., 2008).
La détection de l’activité de cette enzyme produite
par les anaérobies en quantité importante lors
LA VAGINOSE
Tableau II : Evaluation des flores vaginales au Gram : score de Nugent (0 à10)
de la vaginose semble très informative.
Comparativement aux scores de Amsel et de
Nugent, des résultats prometteurs en termes de spécificité,
sensibilité et valeur prédictive ont été validés.
Recherche d’une activité proline aminopeptidase
(Schoonmaker et al., 1991).
Cette recherche peut elle aussi être une piste à
retenir, cependant aucune étude n’a, à ce jour,
confirmé son intérêt.
AUTRES TECHNIQUES
PROPOSÉES
« Nez électronique »
L’utilisation des capteurs électroniques (Hay et
al., 2003) permettant de reconnaître l’odeur de
« poisson » due aux triméthylamines (TMA) lors
de la vaginose a été très étudiée. Malheureusement
les résultats obtenus sont, comme le « sniff-test »,
peu concluants par manque de sensibilité. En effet
une étude suédoise (Wolrath et al., 2005) réalisée
sur 37 patientes dont 20 présentaient une vaginose,
a montré qu’en moyenne la concentration en
TMA était de 22,4 mcg/g de fluide vaginal pour
les patientes BV+ et de 1,8 mcg/g chez les femmes
saines ; mais 2 patientes BV+ n’avaient pas de
TMA détectable alors que 3 femmes BV- présentaient
un taux > 15 mcg/g.
© ESKA septembre 2009 5/10 Section III – Chapitre 16

Agglutination
Bravo et al. (2009) ont décrit une technique
semi-quantitative d’agglutination par des particules
de latex de Gardnerella vaginalis avec un seuil de
1x10 6 CFU/ml qui éviterait de classer des « porteuses
saines » en vaginose. Ces auteurs revendiquent une
sensibilité supérieure à 80 % avec une spécificité
supérieure ou égale à 90 % par rapport aux scores de
Amsel et/ou de Nugent.
MORBIDITÉ, COMPLICATIONS
Augmentation des risques
d’acquisition de maladies sexuellement
transmissibles
Plusieurs auteurs (Fethers et al., 2008 ;
Schwebke et al., 2005) trouvent une prévalence
plus importante de patientes HIV+ chez celles
ayant une flore vaginale déséquilibrée (Shin et al.,
2008). Il en va de même pour la gonococcie et les
chlamydioses (Yoshimura et al., 2009) ainsi que
pour les infections à herpes virus type II (Cherpes
et al., 2003).
Augmentation des risques d’infection
après chirurgie pelvienne (Watts et al.,
1990).
La vaginose augmenterait le risque d’endométrite
par 6 après césarienne alors qu’un traitement
préalable au métronidazole réduirait par quatre
environ ce type de complications (Pitt et al.,
2001).
Risque d’infertilité
Sur 91 patientes consultant pour une fécondation
in vitro, Eckert et al. (2003) ont remarqué que
celles ayant une vaginose et un déficit de la microflore
vaginale en lactobacilles producteurs de peroxyde
d’hydrogène (H 2O 2) présentaient un taux
de conception plus faible avec un risque plus élevé
d’avortements spontanés. Pour leur part, Ralph et
al. (1999) estiment après une étude réalisée sur
867 patientes que la vaginose ne perturbait pas la
fécondation mais confirmait les risques plus élevés
de fausses couches au cours du premier trimestre
de la grossesse. Ces mêmes auteurs dans une autre
étude (Wilson et al 2002) ont observé que les
femmes souffrant d’infertilité tubaire le doivent
trois fois plus à une vaginose qu’à une endométrite,
un facteur dû au partenaire ou à une cause
inexpliquée.
LA VAGINOSE
Complications durant la grossesse
La vaginose est reconnue associée à la presque
totalité de ses complications majeures (Denney et
al., 2009) : prématurité, faible poids des nouveaux
nés, rupture prématurée des membranes, métrites du
post-partum (Jacobsson et al., 2002) et infections
intra-amniotiques. Un polymorphisme sur la région
promotrice de la cytokine inflammatoire « tumor
necrosis factor » serait retrouvé dans la prématurité
(Macones et al., 2004). La vaginose bactérienne
amplifierait ce risque démontrant ainsi une interaction
entre facteurs environnementaux et génétiques.
Les patientes ayant une vaginose sont plus fréquemment
que les autres susceptibles de présenter
une gingivite (Persson et al., 2009), pathologie
connue pour être elle aussi associée à une augmentation
des complications de la grossesse. Lorsque ces
deux pathologies co-existent les bactéries anaérobies
comme Prevotella bivia, P. disiens, Mobiluncus curtisii
et M. mulieris sont alors significativement plus
nombreuses dans l’écosystème vaginal que dans la
vaginose seule.
Nam et al. (2009) ont trouvé une corrélation
significative entre la vaginose et la présence de néoplasies
cervicales intra-épithéliales (CIN) cependant
sans rapport avec la gravité de ces atteintes tumorales.
Tavares-Murta et al. (2007) avaient auparavant
déjà remarqué une identité du profil immunologique
local dans ces deux pathologies (augmentation
des interleukines 8 et 10 et de la production d’oxyde
nitrique NO).
TRAITEMENT
En France, il est classique d’utiliser les 5 nitroimidazolés
per os, secnidazole ou métronidazole, leurs
activités (De Backer et al., 2009) étant semblables
(CMI de 4 à 128 mg/L pour le premier, de 4 à 64
mg/L pour le second). Pour certains auteurs, la voie
locale semble présenter la même efficacité (Mitchell
et al., 2009). Aux Etats-Unis, la clindamycine est
tout autant recommandée, elle présente l’avantage
d’avoir des CMI très basses aussi bien sur G. vaginalis
que sur A. vaginae ce qui n’est pas le cas des 5nitroimidazolés
(A. vaginae est souvent résistante).
Par contre les lactobacilles y sont malheureusement
eux aussi très sensibles ce qui rend la recolonisation
du vagin par ces derniers plus aléatoire. Cependant,
malgré un traitement bien conduit, un taux très
élevé de récurrences (Hay, 2009 ; Marazzo et al.,
2008) est constaté ce qui est le cas si l’antibiothérapie
n’ a pas réussi à réduire la concentration des bactéries
responsables de la vaginose de 3 à 4 log
(Fredricks et al., 2009). En effet si le biofilm constitué
de G. vaginalis et d’A. vaginae diminue dans un
Section III – Chapitre 16 6/10 © ESKA septembre 2009

premier temps sous l’effet du traitement, il se reconstitue
souvent dès l’arrêt de la prise d’antibiotiques
(Swidsinski et al., 2008). Aussi l’utilisation de probiotiques,
constitués de lactobacilles de préférence
d’origine humaine à propriétés complémentaires et à
des concentrations proches de celles des flores vaginales
saines (10 9 CFU/ml) comme adjuvants ou en
post cure des antibiotiques (Eriksson et al., 2005 ;
Cribby et al., 2008 ; Larsson et al., 2008 ; Martinez
et al., 2009), semble de plus en plus d’actualité. En
effet, ces derniers en plus des propriétés précédemment
décrites, sont capables d’altérer le biofilm
constitué de G. vaginalis et de A. vaginae (Saunders
et al., 2007). Ils vont alors constituer un écosystème
propice à la recolonisation du vagin par une flore
naturelle. Plusieurs études confirment l’intérêt de ces
probiotiques tout en mettant l’accent sur leur innocuité
(Hemmerling et al., 2009). Une possibilité
elle-aussi particulièrement intéressante consiste à
utiliser des prébiotiques constitués d’oligosaccharides
(polymères de sucres simples comme le glucose,
le lactose, le mannose, …de structure proche
du glycogène lequel est naturellement présent dans
le vagin) qui peuvent représenter des substrats spécifiques
favorables à la croissance de bactéries que l’on
veut promouvoir en l’occurrence ici les lactobacilles
(Rousseau et al., 2005). L’idéal serait certainement la
mise au point de composés symbiotiques, c’est-àdire
une association judicieuse de prébiotiques et de
probiotiques, les premiers aidant sélectivement au
développement des seconds. L’ajout d’œstrogènes au
traitement antibiotique peut être intéressant comme
cela est évoqué plus haut.
Enfin le traitement devrait être accompagné des
« classiques » recommandations d’hygiène avec en
premier lieu l’arrêt du tabac qui par l’intermédiaire
du benzo(a)pyrène que les patientes inhalent et
transforment au niveau du foie en benzo(a)pyrènediolépoxyde
active les prophages intégrés dans les
lactobacilles et les détruisent (Pavlova et al., 2000).
CONCLUSION
Notre connaissance microbiologique à la fois de
la flore vaginale normale tout comme celle de la
vaginose a considérablement progressée en ce début
de siècle grâce aux nombreux travaux utilisant les
techniques de biologie moléculaire. La composition
dynamique de ces écosystèmes microbiens avec la
constitution de biofilms tout comme le mutualisme
existant entre les bactéries les composant sont mieux
expliqués. Malgré cela, bien des interrogations subsistent
sur les causes du déséquilibre de l’écosystème
qui apparaît dans la vaginose (Pirotta et al., 2009).
Quant au futur de la thérapeutique, les voies de l’association
des probiotiques voire des symbiotiques
aux antibiotiques n’en sont qu’à leurs prémices et
LA VAGINOSE
sont bien loin d’avoir été explorées, tout comme
l’immunité innée et l’immunité adaptative.
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Adresse de l’auteur :
Centre de Diagnostic Biologique
Laboratoire des Carmes
9, avenue Etienne Billières
BP 3022
31024 Toulouse Cedex
jp.lepargneur@cedibio.fr
Section III – Chapitre 16 10 / 10 © ESKA septembre 2009

1 Candida dubliniensis
2 Mycétomes fongiques
SECTION XII :
MYCOLOGIE
© ESKA septembre 2009 I

S E C T I O N X I I : M Y C O L O G I E
MYCÉTOMES FONGIQUES N° 2
Michel DEVELOUX
Les mycétomes se définissent comme tout processus
au cours duquel des agents fongiques ou actinomycosiques
d’origine exogène produisent des
grains. On distingue les mycétomes fongiques
(eumycétomes) des mycétomes actinomycosiques
(actinomycétomes) dont les diagnostics biologiques
et les traitements sont radicalement différents alors
que leurs aspects cliniques sont très proches voir
similaires.
HISTORIQUE
Le « pied de Madura », terme historique encore
utilisé, a été décrit dans le sud de l’Inde par des
médecins anglais au XIX e siècle. C’est Carter en
1860, toujours en Inde qui établit la nature fongique
de l’affection et crée le mot « mycétome ». Les premiers
cas africains sont décrits par Le Dantec au
Sénégal. Celui-ci entrevoit l’importance du climat
dans la répartition de la maladie. Laveran au début
du vingtième siècle décrit Streptothrix mycetomi
(actuellement Madurella mycetomatis), principal
agent des mycétomes fongiques. Peu après sont
décrit, toujours en Afrique, trois des principaux actinomycètes
impliqués sur le continent : Streptothrix
madurae (actuellement Actinomadura madurae),
Streptomyces pelletieri (actuellement Actinomadura
pelletieri) responsable des mycétomes à grains rouges
et Streptomyces somaliensis. Le foyer américain est le
dernier décrit, son originalité est l’écrasante prédominance
de Nocardia brasiliensis, actinomycète, au
Mexique principal pays endémique.
Dans la seconde moitié du vingtième siècle de
nombreuses études sont réalisées. Au Sénégal sont
décrits les aspects cliniques [1], radiologiques [2],
microbiologiques [3], anatomopathologiques [4],
chirurgicaux des mycétomes [5]. Il faut souligner
l’importance des travaux des mycologues pasteuriens
: Segretain et Mariat. Ils décrivent de nouvelles
espèces fongiques responsables de mycétomes :
Leptosphaeria senegalensis, Neotestudina rosatii. Ils
présentent les aspects épidémiologiques de l’infection
dans différents pays africains de la zone d’endémie
: Tchad, Djibouti, Somalie. Ils réalisent des
recherches sur la présence d’agents des mycétomes
dans le sol et sur les épineux du Sénégal et de la
Mauritanie. Les résultats de leurs différentes études
sur la maladie sont résumés dans un article paru en
1977 [6]. Au Soudan, pays du monde où on été
décrit le plus grand nombre de cas, les mycologues,
dont le chef de file est El Sheik Mahgoub, s’intéressent
plus particulièrement aux méthodes de diagnostic
sérologique et aux traitements médicaux de
l’infection [7]. Au Mexique différents travaux ont
porté sur l’épidémiologie [8, 9] et traitement médical
des actinomycétomes [10, 11].
Depuis quelques années il y a un regain d’intérêt
pour les mycétomes comme en témoignent différentes
revues générales qui y ont été consacrées [12,
13, 14, 15, 16]. Plusieurs séries, provenant de divers
pays d’endémie, publiées depuis le début de ce siècle
témoignent de la persistance l’infection [17, 18, 19,
20, 21, 22, 23, 24]. Le regain d’intérêt s’est justifié
par l’amélioration de la prise en charge des mycétomes
vu les difficultés habituelles du diagnostic biologique
et la réponse jusqu’ici incertaine aux
traitements médicaux ne pouvant pas toujours éviter
une chirurgie mutilante. Les méthodes de biologie
moléculaire ont été appliquées au diagnostic des
mycétomes [25, 26, 27], elles permettent de plus
une meilleure connaissance de leur épidémiologie
[28]. Les méthodes modernes d’imagerie médicale
révèlent des aspects évocateurs et permettent un
meilleur bilan d’extension que les radiographies [29,
30, 31, 32]. De nouveaux schémas thérapeutiques
ont été proposés aussi bien dans le traitement des
actinomycétomes que celui des eumycétomes. Les
azolés peuvent parfois entraîner une guérison de
mycétomes fongiques, associés ou non à un geste
chirurgical [33].
© ESKA septembre 2009 – M.A.J. n° 1 1/10 Section XII – Chapitre 2

ÉPIDÉMIOLOGIE
Les mycétomes sont des infections des régions
tropicales arides. La zone endémique, « bande des
mycétomes » se situe de part et d’autre du quinzième
parallèle nord. Elle englobe l’Inde, foyer historique,
le Yémen et l’Arabie saoudite. En Afrique, la bande
intéresse principalement d’ouest en Est : le Sénégal,
la Mauritanie, le Mali, le Niger, le Tchad, le Soudan,
Djibouti, la Somalie. Sur le continent américain, le
principal foyer est le Mexique. De part et d’autre de
cette bande des petites séries ou des cas sporadiques
ont été décrit dans différents pays tropicaux ou tempérés
chauds : Thaïlande, Iran, Pakistan, Maghreb,
Kenya, Côte d’Ivoire, Congo, Madagascar,
Venezuela, Brésil, Argentine, Caraïbes [34, 35, 36].
En France métropolitaine les cas importés ne sont
pas exceptionnels s’observant principalement chez
des migrants originaires d’Afrique de l’ouest.
Les régions endémiques sont caractérisées par leur
faible pluviométrie annuelle, ne dépassant pas 1000
mm, avec une flore constituée d’épineux. La répartition
des agents étiologiques est très variable suivant les
pays [34]. Au Mexique la prédominance des actinomycètes
est écrasante : 90 % dont 71,9% cas dus à N.
brasiliensis. Au Sénégal les actinomycétomes représentent
58,5% des cas alors qu’en Mauritanie proche,
plus aride, se sont les mycétomes fongiques qui sont
les plus fréquents. Globalement ce sont les actinomycétomes
qui prédominent représentant environ 60 %
des cas mondiaux. Certains agents ont une répartition
très liée aux conditions climatiques comme par
exemple Streptomyces somaliensis actinomycète rencontré
uniquement dans les régions désertiques.
Pseudallescheria boydii/Scedosporium apiospermum est
un champignon agent de mycétomes à grains blancs
[37] en dehors de la zone endémique, dans les régions
tempérées (USA) ou chaudes et humides (Brésil, Côte
d’Ivoire). Certains agents ont une répartition géographique
plus ou moins limitée, c’est le cas de
Leptosphaeria senegalensis présent essentiellement dans
la vallée du fleuve Sénégal ou de Madurella grisea
principal agent de mycétomes à grains noirs en
Amérique du sud. Les agents étiologiques ont été isolés
du sol ou des végétaux des zones endémiques [6]
mais les études portant sur ce sujet ont été très peu
nombreuses.
FACTEURS FAVORISANT
Il existe une prédominance masculine marquée.
C’est une infection de l’adulte, les cas survenant
avant la puberté sont rares [38]. Les patients sont
avant tout des ruraux cultivateurs ou éleveurs.
L’infection fait suite à un ou plusieurs traumatismes
qui inoculent l’agent causal. Il s’agit le plus souvent
MYCÉTOMES FONGIQUES
de mini-traumatismes dont le patient n’a pas souvenir.
Le plus classique est la blessure par épine, parfois
retrouvée à l’examen anatomopathologique de la
pièce opératoire. Il y a eu très peu d’études sur le statut
immunologique des malades. Ces études sont
anciennes et leurs résultats sont contradictoires. Les
cas publiés concernant des immunodéprimés sont
rares [39]. Récemment pour la première fois, a été
montrée chez l’homme une prédisposition génétique
à cette infection [40].
SYMPTOMATOLOGIE
Après une période d’incubation de plusieurs mois
à plusieurs années les premiers signes apparaissent.
Le patient consulte souvent tardivement, à ce stade
le diagnostic est facilement évoqué sur la seule clinique.
Le siège principal est le pied réalisant une
tuméfaction fistulisée émettant du pus contenant
des grains parfois visibles à l’œil nu. La présence de
douleurs doit faire soupçonner une atteinte osseuse
principale complication de cette localisation.
L’évolution est chronique, les complications, en
dehors de l’atteinte osseuse, sont les surinfections
bactériennes, les métastases ganglionnaires, les envahissements
et les compressions (périnée, thorax et
cou). Ce n’est que dans les formes très évoluées du
membre inférieur que s’observe une impotence fonctionnelle.
Les formes extra-podales peuvent être atypiques,
il existe des formes non fistulisées à type de
nodule. On tend à opposer les actinomycétomes
plus agressifs, plus inflammatoires, plus ostéophiles,
d’évolution plus rapide aux mycétomes fongiques.
En fait la distinction sur ces seuls arguments est souvent
mise en défaut. Le diagnostic biologique se fait
par la recherche de grains à l’examen direct, à l’examen
anatomopathologique. La culture des grains ou
du pus permet l’identification de l’espèce mais elle
reste parfois négative. Lorsqu’il s’agit de champignon
une culture positive ne permet pas toujours
l’identification quand il n’y a pas de fructifications.
La biologie moléculaire appliquée depuis peu au diagnostic
des mycétomes permet une identification
plus précise et rapide à partir des cultures.
DIAGNOSTIC
Le diagnostic d’un mycétome doit comporter
trois étapes : examen direct des grains, examen anatomopathologique
à la recherche de grains, culture
des grains. La biologie moléculaire est une technique
prometteuse pour identifier avec précision les différentes
espèces. Nous n’envisagerons que les espèces
fongiques les plus communes. En vue d’un examen
direct et de cultures il faut recueillir un maximum de
grains dans du sérum physiologique stérile. Les
Section XII – Chapitre 2 2/10 © ESKA septembre 2009

mycétomes sont plus ou moins productifs selon les
espèces, ce n’est pas toujours vérifié. Ainsi généralement
les mycétomes à M. mycetomatis, espèce fongique
la plus fréquente, émettent de nombreux
grains. Les grains sont recueillis à l’aide de vaccinostyle
ou de scalpel qui nous semblent plus adaptés
que des écouvillons ou cotons porte-tige. Une sonde
cannelée permet d’explorer les fistules si l’émission
n’est pas spontanée. Cette étape peut être longue et
nécessite une certaine patience et de l’expérience.
Dans le cas où des grains ne sont pas retrouvés lors
de l’examen et qu’existe une forte suspicion certains
auteurs préconisent une aspiration à l’aiguille fine
[74] au besoin sous échographie. Les grains peuvent
être également recueillis lors d’une biopsie ou à partir
d’une pièce d’exérèse à condition que l’on ait
pensé à ne pas fixer une partie de celles-ci.
Examen direct des grains
L’examen direct est trop souvent négligé, pourtant
il permet presque toujours de distinguer les
grains fongiques des actinomycosiques. La couleur
est un indicateur important, les grains noirs sont
toujours fongiques, les grains rouges toujours actinomycosiques,
les grains blancs peuvent être soit
l’un soit l’autre. Les grains sont examinés entre lame
et lamelle après action d’un éclaircissant : chlorallactophénol
ou potasse à 30%. On appréciera la
consistance, la taille et la forme des grains. Le ciment
est une substance amorphe et anhyste de nature mal
connue présent avec certaine espèces : M. mycetomatis,
Leptopshaeria spp. Le diamètre de filaments est
supérieur à 3 µm en ce qui concerne les grains fongiques
avec parfois présence de vésicules. Dans le cas
des actinomycètes on observe des filaments plus fins,
de 1 µm de diamètre ou des éléments bacilliformes.
Les réactions autour du grain « en massue », correspondant
à une réaction hôte-parasite s’observent
surtout avec certains actinomycètes. Les produits
obtenus par aspiration incluent des fragments tissulaires,
des cellules inflammatoires, des filaments, des
grains complets ou fragmentés souvent identifiables.
Cet examen permettrait de distinguer les grains actinomycosiques
de ceux fongiques de manière aussi
fiable que l’histologie.
Anatomopathologie
L’examen anatomopathologique est indispensable
lorsqu’il n’y a pas d’émission spontanée de grains.
C’est lui qui fait le diagnostic des formes atypiques
comme, par exemple, les formes nodulaires non fistulisées.
La biopsie par emporte-pièce est parfois
insuffisante car ramenant un matériel moins important
que la biopsie cutanée chirurgicale et donc
ayant moins de chance de contenir des grains. La
coloration par hématoxyline-éosine est généralement
MYCÉTOMES FONGIQUES
suffisante pour l’étude des grains [75, 76]. On
pourra néanmoins s’aider de colorations spécifiques
comme le PAS ou le Gomori-Grocott en ce qui
concerne les grains fongiques ou de Ziehl-Gram
pour les actinomycètes. Les grains sont retrouvés au
sein d’une réaction tissulaire non spécifique : polynucléaires
entourés d’histiocytes et lymphocytes avec
des néovaisseaux [75, 77]. Une réaction à cellules
géantes s’observe parfois dans le cas de grains ayant
un ciment interstitiel (M. mycetomatis, N. rosatii,
dermatophytes). Le granulome est limité par une
fibrose plus ou moins cellulaire, plus ou moins
importante suivant l’agent causal.
Les aspects anatomopathologiques des grains des
principales espèces fongiques impliquées sont résumés
dans le tableau I. Classiquement on considérait que
l’examen anatomapathologique pouvait permettre de
poser un diagnostic d’espèce pour les grains de M.
mycetomatis, E. jeanselmei et N. rosatti. Il ne pouvait
porter qu’un diagnostic de genre dans le cas de
Leptosphaeria spp. Pour les grains de M. grisea et P.
romeroi, très proches, on parle de grains type M. grisea-P
romeroi. De même en ce qui concerne les grains
fongiques blancs on ne peut parler que de grains type
« S. apiospermum-Acremonium-Fusarium ». Ces descriptions
restent toujours valables et très utiles en pratique
courante. Il est difficile néanmoins de baser un
diagnostic d’espèce sur le seul examen anatomopathologique
puisque la biologie moléculaire a montré que
M. mycetomatis et N. rosatii par exemple étaient des
complexes d’espèces [51].
Cultures
Avant d’être cultivés les grains doivent être lavés,
débarrassés de leurs impuretés. La surinfection bactérienne
fréquente au niveau des lésions ouvertes
peut inhiber la croissance fongique. On utilisera du
sérum physiologique additionné d’antibiotiques. Les
grains sont en suite déposés à la surface des milieux
de cultures : Sabouraud - antibiotiques sans actidione.
Un maximum de grains doit être ensemencé,
en effet un certain nombre de grains ne sont pas
viables. Certains auteurs préconisent un broyage des
grains. Une partie des tubes sont incubés à 27-30°,
les autres à 37° C, le développement pouvant se faire
mieux à l’une ou l’autre de ses températures selon les
espèces. Leurs délais de développement sont aussi
très variables allant d’une dizaine de jours à plusieurs
semaines. En cas d’absence de développement on
rend les cultures négatives qu’après deux mois.
L’identification des cultures repose sur leur aspect
macroscopique recto-verso, la présence ou non de
pigment diffusible, l’aspect microscopique, éventuellement
des caractères biochimiques [78, 79]. Les
cultures sur lame sont particulièrement utiles pour
étudier le mode de fructifications (Phialophora).
© ESKA septembre 2009 3/10 Section XII – Chapitre 2

Obtenir un diagnostic d’espèce sur ces critères est
difficile parfois impossible. L’utilisation de milieux
pauvres comme le milieu PC (pomme de terrecarotte)
ou au malt est alors indispensable pour
obtenir une sporulation sexuée ou asexuée.
L’identification peut demander plusieurs mois ou ne
pas aboutir. L’aide d’un laboratoire de mycologie est
souhaitable. Il faut noter que l’aspect macroscopique
d’une même espèce peut être très variable selon les
souches et au fur et à mesure des repiquages. De
même avec les repiquages la capacité de fructifier
diminue.
Agents fongiques
Les agents de mycétomes fongiques sont nombreux.
Ahmed et al. dans leur revue répertorient 27
agents de mycétomes fongiques [14], Welsh et al. en
identifient 29 [16]. Il est en fait très difficile de dresser
une liste exhaustive des espèces impliquées responsables
de mycétomes d’autant plus que, grâce à la
biologie moléculaire, leur taxonomie est en train
MYCÉTOMES FONGIQUES
Tableau I : Aspect à l’examen direct et anatomopathologique
des principaux grains de mycétomes fongiques
Espècefongique Examen direct du grain Aspect du grain à l’examen
anatomopathologique(H&E)
Madurella mycetomatis 0,5 à 1 mm – Grains filamenteux, bi ou multi-lobés,
Brun-rouille à brun-noir filaments en « négatifs » contenus dans du
Dur ciment brun
Grains vésiculeux, forme et taille régulière,
vésicules en périphérie dans ciment brun
Leptosphaeria spp 0,5 à 2 mm – Ronds à polylobés
Noir intense Ciment seulement en périphérie, noir,
Ferme à dur contenant de grosses vésicules
Filaments au centre sans ciment
Madurella grisea
Pyrenochaeta romeroi
0,3-0,6 mm
Mou à ferme
– Ovale, lobulé, réniforme
Filaments non pigmentés au centre et bruns à
brun-noir à la périphérie avec vésicules, ciment
brun périphérique en ce qui concerne
M. grisea
Exophiala jeanselmei 0,5-1 mm – Irréguliers, ronds, ovales ou vermiformes,
périphérie brune contenant vésicules et
hyphes, centre non pigmenté avec hyphes,
leucocytes et lymphocytes, pas de ciment
Grains type Scedosporium 0,5 à 1 mm – Curvilignes, réniformes ou ovales, pas de
apiopsermum-Acremonium- Blanc-jaunâtre ciment ni de pigment, réseau central
Fusarium Mou d’hyphes, vésicules périphériques, bande
éosinophilique marginale
d’être entièrement revue [51, 52]. A partir des
séquences des gènes codant pour les ARN ribosomaux,
Madurella mycetomatis a été repositionné dans
l’ordre des ascomycètes. Madurella grisea espèce supposée
jusqu’ici proche de la précédente a été montrée
comme appartenant en fait à l’ordre des pleosporales.
A partir de cultures identifiées initialement
comme M. grisea par les méthodes classiques, quatre
groupes génétiques distincts ont été mis en évidence.
Ceux du groupe I étaient identiques à Pyrenochaeta
romeroi correspondant à des isolats où la sporulation
n’avait pas pu être obtenue. Les groupes II et IV
étaient génétiquement différents de P. romeroi ainsi
qu’entre eux, n’ayant pas des séquences nucléidiques
reconnues par les bases de données. Les isolats des
groups III et IV appartiennent probablement aux
groupes des pléosporales et des sordariales quand à
ceux du groupe II ils semblent être des
Leptosphaeraecae. Les champignons du genre
Exophiala, levures noires, peuvent être à l’origine
d’infections sous-cutanées : phaeohyphomycoses et
mycétomes. Exophila jeanselmei est un agent assez
rare de mycétome à grains noirs [49]. Cent quatre
Section XII – Chapitre 2 4/10 © ESKA septembre 2009

vingt huit souches du genre Exophiala isolés au
Etats-Unis de prélèvements profonds sous-cutanés et
cutanés ont bénéficié d’une identification moléculaire
[53]. Elles incluaient 5 souches provenant de
mycétomes, ont été identifiés Exophiala oligosperma,
E. dermatitidis, E. xenobiotica, E. lecani-corni, E. spinifera
. P. boydii est l’agent le plus fréquent des mycétomes
fongiques à grains blancs. Il était considéré
comme le téléomorphe (stade sexué) de S apiopsermum.
Il s’agissait en fait de deux espèces différentes
et on a proposé de nommer Scedosporium boydii
l’anamorphe (stade asexué) de P. boydii [54, 55]. Ces
exemples montrent les modifications qu’a pu apporter
la biologie moléculaire dans la taxonomie des
agents fongiques de mycétomes. Parmi les champignons
responsables de mycétomes à grains blancs
sont inclus, par certains Microsporum spp et
Trichophyton spp qui sont des dermatophytes. Les
mycétomes à dermatophytes sont particuliers. Ils siégent
au niveau du cuir chevelu et ne se s’observent
que chez le sujet noir [56]. Ils donnent des tuméfactions
limitées avec parfois des fistules d’où s’écoulent
des grains. Certains auteurs préfèrent parler de
pseudo-mycétomes car ils sont dus à des champignons
qui ne sont pas d’origine exogène. L’aspect
histologique est néanmoins typique de mycétomes
avec des grains blancs à ciment contenant de grosses
vésicules associés une réaction périphérique à cellules
géantes. Le diagnostic est le plus souvent porté par
l’examen anatomopathologique de la pièce d’exérèse
mais parfois une culture des grains permet d’isoler
des agents de teignes comme Microsporum canis ou
Trichophyton faviforme
Dans le tableau II sont citées les espèces fongiques
impliquées dans les mycétomes chez
l’homme selon la couleur de leurs grains : noirs ou
blancs. Certains agents de mycétomes à grains
blancs [26, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66]
ou noirs [48, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73] sont
exceptionnels.
— Madurella mycetomatis
La température optimale de croissance est 37°
C. la culture débute généralement au bout d’une
dizaine de jours. Elle est plate puis se développe
avec des plis radiés. La colonie est poudreuse, granuleuse
ou veloutée. La couleur varie de jaune à
ocre, voire parfois noire. Un pigment noirâtre,
d’apparition précoce, diffuse dans la gélose. Ce
caractère disparaît avec les repiquages.
Microscopiquement on observe un mycélium stérile
composé de filaments septés de 1 à 10 µm de
diamètre et de chlamydopsores de 15 à 25 µm. ces
dernières sont de formes variables, rondes ou polygonales,
en position intercalaire ou terminale. Sur
milieux pauvres on peut obtenir des sclérotes,
amas de filaments, arrondis ou polygonaux qui
vont noircir en se développant. Leur taille est
MYCÉTOMES FONGIQUES
variable, ces amas peuvent être observés à l’œil nu
ou à la loupe. On peut quelquefois observer une
sporulation avec des phialides portant des bouquets
spores rondes de 2 µm de diamètre.
— Madurella grisea
La croissance est lente débutant au bout d’une
quinzaine de jours. Elle se fait au mieux à 30° C et
est inhibée à 37° C. Les colonies sont compactes,
surélevées au centre, planes à la périphérie. Elles sont
recouvertes d’un mycélium grisâtre qui va foncer
avec l’âge. Le verso est brun-noir. On observe parfois
un pigment brunâtre diffusible. En microscopie il
n’y a que des hyphes stériles, brunâtres, de diamètre
variable, allant de 1-3 à 3-5 µm. Des chlamydospores
intercalaires ou terminales sont parfois retrouvées.
Ce champignon n’assimile pas le lactose.
— Leptosphaeria senegalensis
et Leptosphaeria tompkinsii
Les cultures sont lentes : 2 à 3 semaines, la croissance
est possible aussi bien à 30 qu’à 37° C. Les
colonies sont compactes, en « hanneton », couvertes
d’un mycélium aérien, de couleur variable : blanc
grisâtre à brun. Le verso est noir. Un pigment diffusible
rougeâtre peut être obtenu sur milieux pauvres.
L’examen microscopique révèle des filaments brunâtres
semblables aux mailles d’un filet. Sur milieu
PC en un à un mois et demi apparaissent des périthèces
noirs de 100 à 300 µm de diamètre. Au
microscope, après écrasement entre lame et lamelle
on observe un bouquet d’asques en forme de massue,
allongés de 100 x 20 µm. Les asques contiennent
8 ascospores, allongés de 25 à 30 x 8 à 10 µm.
Les ascospores sont formés de 5 cellules. Dans le cas
de L. tompkinsii, très proche, les asques sont formés
de 6 à 7 cellules.
— Pyrenochaeta romeroi
La croissance se fait mieux à 30° qu’à 37° C, elle
est rapide : 10 à 15 jours. La colonie est compacte
grisâtre à noir, floconneuse, blanche à sa périphérie.
Le verso est noir. Microscopiquement on observe des
filaments bruns avec parfois des éléments bacilliformes.
Les pycnides, noires (50-160 x 40-300 µm),
apparaissent au bout d’une quinzaine de jours, à la
surface de la colonie. A l’intérieur se trouvent des
picniospores (0,8-1 µm x 1,5-2 µm), hyalins, jaunâtres
lorsqu’agrégés.
— Exophiala jeanselmei
La culture de cette espèce est lente (2 à 3
semaines), se faisant mieux à 27-30º mais reste
possible à 37º. Par contre il n‘y a plus de croissance
à 40º Les cultures sont initialement humides, luisantes,
levuriformes. Plus âgées elles se recouvrent
© ESKA septembre 2009 5/10 Section XII – Chapitre 2

d’un mycélium velouté. Le recto est gris-olive, le
verso noir. Il n’y a pas de pigment diffusible. Les
jeunes colonies sont constituées de nombreuses
cellules bourgeonnantes noires. Puis apparaissent
des hyphes brun foncés, septés, lisses. Des cellules
conidiogènes s’individualisent le long des
filaments ou à leur extrémité. Il s’agit d’annelides,
plus brunes que les hyphes porteurs, ayant
un sommet pointu avec un apex annelé difficilement
perceptible. Les conidies sont unicellulaires,
ellipsoïdales, (3,2-4,4 x 1,2-2,2 µm). Elles sont
MYCÉTOMES FONGIQUES
Tableau II : Agents de mycétomes fongiques selon la couleur des grains [10, 14]
Espèces Couleur des grains Fréquence Référence
Fusarium falciforme Blanc assez rare 57
Acremonium kiliense Blanc exceptionnel 58
Acremonium recifei Blanc exceptionnel 59
Aspergillus flavus Blanc exceptionnel 60
Aspergillus nidulans Blanc exceptionnel 61
Cylindroncarpon cyanescens Blanc exceptionnel 62
Cylindrocarpon destructans Blanc exceptionnel 63
Pseudallescheria boydii Blanc assez fréquent 78
Fusarium oxysporum Blanc exceptionnel 26
Fusarium solani Blanc très rare 26
Fusarium moniliforme Blanc très rare 64
Neotestudina rosatii Blanc exceptionnel 65
Phaeoacremonium krajdeni Blanc exceptionnel 66
Microsporum spp Blanc rares 78
Trichophyton spp Blanc rares 78
Cladophialophora bantiana Noir exceptionnel 48
Corynespora cassilicola Noir exceptionnel 67
Curvularia lunata Noir exceptionnel 68
Exophiala jeanselmei Noir assez rare 49
Leptosphaeria senegalensis Noir assez fréquent 78
Leptopshaeria tompkinsii Noir exceptionnel 69
Madurella grisea Noir assez rare 78
Madurella mycetomatis Noir fréquent 78
Phialophora verrucosa Noir exceptionnel 70
Pseudochaetosphaeronema larense Noir exceptionnel 71
Pyrenochaeta mackinnonii Noir exceptionnel 72
Pyrenochaeta romeroi Noir assez rare 78
Rhinocladiella atrovirans Noir exceptionnel 73
regroupées en amas autour des cellules conidiogènes.
— Pseudallescheria boydii
et son anamorphe Scedosporium
apiospermum
Etant donné que le problème de la taxonomie de
Pseudallescheria n’est pas encore complètement
résolu la description classique de P. boydii /S. apiospermum
sera conservée.
Section XII – Chapitre 2 6/10 © ESKA septembre 2009

La croissance est rapide, se faisant en 5 à 10 jours
à 30° C. La colonie est poudreuse, blanche au début
devenant beige à marron (P. boydii), duveteuse,
blanc à blanc-grisâtre (S. apiospermum). Le revers est
gris à noir.
Microscopiquement l’anamorphe de
Scedosporium se caractérise par des filaments hyalins
de 2 à 4 µm de diamètre avec des conidies
ovoïdes ou piriformes (6-10 µm x 4-9 µm). Elles
sont uniques ou multiples, produites sur des conidophores
en position latérale ou terminale, courts
ou allongés, simples ou ramifiés. Un stade
Graphium (synanamorphe) peut être présent, il est
constitué de groupes de conidiophores rectilignes,
cimentés entre eux. Ils s’évasent à leur extrémité apicale
d’où naissent des conidies hyalines.
Une reproduction sexuée peut parfois être obtenue
au bout de deux à trois semaines. Elle est caractérisée
par des cleistothèces noirâtres, arrondis de 50
à 200 µm de diamètre contenant des asques ovoïdes
(12-16 x 8-13 µm) ayant chacun 8 ascopsores en
forme de citron (7-8 µm x 4-5 µm). Ces derniers ont
deux pôles de germination terminaux.
Cette espèce n’utilise pas le maltose.
— Fusarium spp
Les Fusarium spp poussent rapidement à 25° C
sur milieu de Sabouraud sans actidione. Les caractéristiques
de leurs cultures et de leur physiologie sont
très variables et rendent donc le diagnostic d’espèce
très difficile. Les colonies sont pâles ou de couleurs
variées selon les espèces : jaunes, rouges, roses, violettes.
Les pigmentations sont obtenues sur milieu
pomme de terre-dextrose-agar à la lumière du jour.
Les Fusarium produisent des micro et macroconidies
à partir de courtes phialides. Les macroconides sont
hyalines, pluricelllulaires, ayant de deux à plusieurs
cloisons. Elles sont fusiformes, mesurant de 10 à 70
µm de long avec une cellule distale pointue. Les
microconidies sont uni ou bi-cellulaires, hyalines, de
4 à 8 µm de long, ovoïdes ou cylindriques, regroupées
en boules. Des chlamydospores peuvent être
présents.
— Acremonium spp
Acremonium spp (ex Cephalosporium spp) ont une
croissance relativement rapide à une température
optimale variant entre 27° et 37° C suivant les
espèces. Elles sont initialement compactes et
humides, plates ou plissées, avec parfois un centre
surélevé. Elles deviennent poudreuses ou cotonneuse
avec l’âge. Le recto est blanc, gris, rose ou orange. Le
revers est incolore ou rosé. Les hyphes sont fins, hyalins.
Ils produisent des phialides longs, rectilignes, le
plus souvent solitaires dont l’extrémité est plus étroit
MYCÉTOMES FONGIQUES
que la base. Les conidies sont généralement unicellulaires,
hyalines, cylindriques ou globuleuses. Elles
sont groupées en chaines ou en amas à l’extrémité
des phialides. Certaines souches de Fusarium ne produisant
pas de macroconides peuvent être confondues
avec Acremonium spp. Il faut noter que
Acremonium falciforme agent de mycétomes à grains
blancs a été reclassé comme Fusarium falciforme.
Biologie moléculaire
En raison de la difficulté d’identification des
agents de mycétomes fongiques par les méthodes
classiques, les méthodes de biologie moléculaires
sont d’un apport majeur pour obtenir un diagnostic
d’espèce. Elles ont déjà été appliquées plus particulièrement
dans le cas de mycétomes à grains noirs
[26, 27].
Les techniques d’identification moléculaire s’appuient
sur l’amplification d’ADN et les régions ITS
(Internal transcribed spacer) codant les gènes des
ARN ribosomaux 18S et 28S. La PCR amplifiant la
région ITS 1 avec les amorces ITS 4 et ITS 5 combinée
avec la RFLP (restriction fragment length
polymorphism) et/ou le séquençage des produits de
PCR obtenus avec les amorces, 26.1 et 28.3, spécifiques
d’espèce, ont été mises au point pour l’identification
de M. mycetomatis et ont permis de le
différencier de M. grisea [25]. Plus récemment, il a
été montré que l’amplification de la région ITS 1 -
5.8- ITS 2, utilisant des amorces V 9D et LS266 suivie
de séquençage, était une technique fiable pour
l’identification d’espèce des agents responsables à
grains noirs [80]. La biologie moléculaire a également
permis d’identifier des agents fongiques exceptionnels
comme le deuxième cas humain du à
Cladophialophora bantiana [48] ou le premier à
Phaeoacremonium krajdenii [66]. Il est probable que
de nouveaux champignons agents de mycétomes
seront décrits dans les prochaines années grâce à ces
méthodes. Malheureusement elles ne sont pratiquées
que par quelques laboratoires spécialisés se trouvant
en dehors des zones endémiques.
Les apports de la biologie moléculaires sont multiples
: marqueurs génétiques pouvant être utilisés
pour étudier la pathogénicité de M. mycetomatis [81],
mise en évidence des champignons responsables dans
le milieu extérieur [82], analyse phylogénétique des
agents des mycétomes à grains noirs [52].
Sérologie
La sérologie peut théoriquement présenter plusieurs
intérêts dans le cas des mycétomes. Tout
d’abord elle pourrait contribuer au diagnostic précoce
de l’infection, au diagnostic étiologique, à la
© ESKA septembre 2009 7/10 Section XII – Chapitre 2

surveillance post-thérapeutique qui doit être prolongée
en raison du risque élevé de récidive. Des auteurs
soudanais ont expérimentés diverses méthodes sérologiques
: immunodiffusion, contre-immunoelectrophorèse
[13]. Malgré des résultats intéressants ces
techniques ont été abandonnées car utilisant des
antigènes non standardisés, responsables de réactions
croisées, de faux négatifs ou de faux positifs.
Récemment une méthode ELISA expérimentale utilisant
le premier antigène cloné de M. mycetomatis a
été mise au point [83]. Avec cet antigène le taux
d’anticorps détecté s’est révélé corrélé à la taille de la
tumeur et la durée de son évolution. Ces résultats
prometteurs entraînent un regain d’intérêt pour le
diagnostic sérologique des mycétomes fongiques.
SENSIBILITÉ
AUX ANTIFONGIQUES
Jusqu’à il présent il n’y avait pratiquement pas de
données concernant la sensibilité in vitro des principaux
agents des eumycétomes aux différents antifongiques
[84], en particulier M. mycetomatis qui est
responsable de près de 70 % des cas. La détermination
in vitro de la sensibilité d’une espèce ne sporulant
pas comme M. mycetomatis est délicate. Une
équipe hollandaise travaillant avec les spécialistes de
la clinique des mycétomes de Khartoum a mis en
œuvre deux protocoles pour tester M. mycetomatis
vis-à-vis de l’itraconazole et de l’amphotericine B
[85]. Dans le premier protocole la concentration
minimale inhibitrice était déterminée visuellement
avec une procédure adaptée pour les champignons
filamenteux, approuvée par le NCCLS (National
Committee for Clinical Laboratory Standarts). Le
deuxième protocole utilisait le XTT assay, une
méthode colorimétrique quantitative basée sur la
réduction du sel de tetrazolium 2,3-bis (2-methoxy-
4-nitro-5-sulfophenyl)-5-[(phenylamino)carbonyl]-
2H tetrazolium hydroxyde (XTT). La croissance
était quantifiée par la mesure du métabolisme fongique.
Cette technique s’est révélée sensible et reproductible
pour les deux antifongiques testés. Cette
étude a révélé que l’itraconazole a un effet supérieur
à l’amphotericine B : environ 45% des 36 souches de
M. mycetomatis testées se révélaient sensibles à des
concentrations d’itraconazole de moins de 0,13 mg/l
alors que l’amphotericine B n’était pas efficace à ces
concentrations. Dans une deuxième étude présentée
par les mêmes auteurs [86] les 36 souches de M.
mycetomatis ont été testées vis-à-vis du kétoconazole,
itraconazole, fluconazole, voriconazole, amphotericine
B, 5 fluorocytosine par Sensititre system®
(Treck Diagnostic systems, Ltd, East Grinstead,
England). Cette méthode de microdilution est d’une
mise en oeuvre aisée et moins consommatrice de
temps. Utilisant des suspensions d’hyphes elle donne
des résultats comparables. Elle a montré que le cham-
MYCÉTOMES FONGIQUES
pignon est très sensible au kétoconazole, itraconazole
et voriconazole. En raison de la plus grande toxicité
potentielle du kétoconazole ce sont effectivement les
deux derniers qui sont actuellement utilisés dans le
traitement médical des eumycétomes. La sensibilité
in vitro s’est montré variable selon les souches de M.
mycetomatis testées ce qui plaide en faveur de la pratique
systématique d’un antifongigramme lorsque
l’agent fongique est isolé dans un pays où cet examen
peut être mis en œuvre. Malheureusement il est
apparu qu’il n’y avait pas toujours de réponse clinique
à un traitement antifongique prescrit d’après
les données de l’antifongigramme. Il y a probablement
plusieurs mécanismes impliqués. L’un d’entre
eux serait la mélanisation de M. mycetomatis, démontrée
in vitro. Elle entraîne une protection contre différents
antifongiques in vitro [87].
TRAITEMENT
Le traitement des mycétomes fongiques a des
résultats toujours décevants. Autrefois on considérait
qu’il relevait de la seule chirurgie. Avec l’apparition
des azolés on préfère débuter par le traitement médical.
Mais il s’agit d’un traitement au long cours, onéreux,
difficile à mettre en œuvre en zone endémique.
Des guérisons ont pu être obtenues par azolés (ketoconazole,
itraconazole, voriconazole, posaconazole)
utilisés seuls de manière prolongée [41, 42, 43, 44,
45, 46, 47, 48]. D’autres auteurs ont obtenu une
guérison en utilisant un traitement azolé suivi d’une
chirurgie [49, 50]. Ces nouvelles options thérapeutiques
constituent un progrès indiscutable puisque
que l’on observait jusqu’à 90 % de récidive après un
traitement faisant appel à la seule chirurgie [14].
Quant au traitement des actinomycétomes, il est
uniquement médical. Les actinomycétomes à
Nocardia spp répondent le mieux au traitement. Les
schémas utilisent le co-trimoxazole associé à des
cures d’amikacine en cas de mauvaise réponse.
D’autres faisant appel à l’amoxicilline-clavulanate
semblent les plus prometteurs [11].
CONCLUSION
Le diagnostic mycologique des eumycétomes est
long et difficile, il arrive que les cultures des grains
restent négatives dans ce cas l’apport de la biologie
moléculaire est essentiel. La taxonomie est en train
d’être revue et cette révision est loin d’être terminée.
De nombreuses inconnues persistent dans la physiopathologie
de cette infection tropicale. Les progrès
récents obtenus sont dus à une collaboration étroite
entre laboratoires de pays endémiques et de pays
industrialisés.
Section XII – Chapitre 2 8/10 © ESKA septembre 2009

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hydroxidz (XTT) assay
and a modified NCCLS method. Antimicrob Agents
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Adresse de l’auteur :
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
Hôpital Saint-Antoine
184 rue du Faubourg Saint-Antoine
75012 Paris
michel.develoux@stn.aphp.fr
Section XII – Chapitre 2 10 / 10 © ESKA septembre 2009

SECTION XIII :
PARASITOLOGIE
1 La Giardiose
2 Les leishmanioses viscérales
© ESKA septembre 2009 I

S E C T I O N X I I I : P A R A S I T O L O G I E
LES LEISHMANIOSES VISCÉRALES N° 2
Pierre MARTY
1. INTRODUCTION
Les leishmanioses sont des maladies parasitaires
dues à un protozoaire flagellé du genre Leishmania.
Ce parasite est transmis de mammifère à mammifère
par piqûre d’un arthropode vecteur: le phlébotome.
Les leishmanioses sont répandues à la surface de la
terre sous forme de foyers de plus ou moins grande
importance dans 88 pays sur tous les continents à
l’exception de l’Océanie. La population exposée au
risque de leishmanioses est estimée à 370 millions de
personnes. Actuellement, on recense dans le monde,
environ deux millions de nouveaux cas humains par
an d’expressions cliniques variées depuis la leishmaniose
cutanée localisée bénigne (se présentant sous
forme d’un petit « bouton» isolé siégeant sur une
partie découverte du corps et pouvant guérir spontanément)
jusqu’à la leishmaniose viscérale (LV) avec
dissémination du protozoaire dans tout l’organisme
pouvant, en l’absence de traitement, entraîner la
mort (Desjeux, 2004; Dedet, 2009).
2. LE PHLÉBOTOME VECTEUR
(figure 1)
Le phlébotome est un diptère de petite taille (de
1,5 mm à moins de 5 mm de long), jaune pâle, velu,
bossu avec des gros yeux noirs. Ce moucheron présente
des ailes lancéolées dressées en V en position de
repos. Sa faible dimension, sa pâleur et son vol silencieux
fait qu’il est rarement remarqué. Il se déplace
par vol sautillant et saccadé. Seule la femelle est
hématophage et plusieurs repas sanguins sont parfois
nécessaires à la maturation des œufs. La femelle
pond un par un une cinquantaine d’œufs qui mesurent
300 à 400 µm et sont déposés dans des microhabitats
riches en matières organiques (qui serviront
de nourriture aux larves) avecun bon degré d’hygrométrie
comme les terriers de rongeurs et les fissures
des murs et les trous dans les troncs d’arbre mais
aussi les poulaillers et les clapiers.
Figure 1
3. LE PARASITE
Le parasite est dimorphique, amastigotes intramacrophagiques
chez les hôtes vertébrés dont
l’homme et promastigotes libres dans l’intestin du
phlébotome.
3.1. Les formes amastigotes (figure 2)
Ovoïdes, ils mesurent seulement 2 à 6 µm et présentent
en microscopie optique après coloration
panoptique de routine (May Grünwald Giemsa)
deux inclusions pourpres juxtaposées caractéristiques
: le noyau, arrondi, et le kinétoplaste (mitochondrie
spécialisée) en bâtonnet plus sombre
auquel est accolée la partie non extériorisée du flagelle.
Ils se multiplient par scissiparité (division
binaire) dans la ou les vacuoles parasitophores du
cytoplasme des macrophages. Libérés par lyse du
macrophage, ils sont phagocytés et évoluent dans
d’autres macrophages.
© ESKA septembre 2009 – M.A.J. n° 1 1/6 Section XIII – Chapitre 2

3.2. Les formes promastigotes (figure 3)
En culture entre 24 à 28°C, sur milieu NNN
(Novy, McNeal, Nicolle) ou d’autres milieux, les
amastigotes se transforment en promastigotes, de 10
à 25 µm de long avecun flagelle extériorisé en avant,
comme dans l’intestin du phlébotome vecteur.
Pendant la phase de culture exponentielle les promastigotes
dits procycliques se multiplient par scissiparité
longitudinale. Quand la culture atteint son
plateau la majorité a évolué en promastigotes métacyliques
qui sont seuls infectieux pour les macrophages
mais qui ne se multiplient plus à moins qu’ils
ne soient phagocytés et n’évoluent en amastigotes.
(Anofel, 2007).
On décrit, à ce jour, une trentaine d’espèces distinctes
dans le genre Leishmania. A chacune d’entre
elles correspond une épidémiologie particulière. Les
espèces de leishmanies sont impossibles à différencier
par la morphologie. Malgré la percée des techniques
moléculaires, l’électrophorèse des isoenzymes
représente encore la technique d’identification de
référence pratiquée en France au Centre National de
Référence de Montpellier (Dedet, 2009).
4. ÉPIDÉMIOLOGIE
On décrit des cas de LV dans 61 pays sur 4 continents
où environ 200 millions de personnes sont
exposées au risque. Son incidence au niveau mondial
est de 500 000 cas par an dont 90 % sont recensés
dans seulement 5 pays (Inde, Népal, Bangladesh,
Soudan, Brésil). Des grandes épidémies meurtrières
sont survenues ces dernières années en Inde :
LES LEISHMANIOSES VISCÉRALES
Figure 2 : Formes amastigotes
intramacrophagiques moelle
osseuse
coloration MGG x 400
300 000 cas entre 1977 et 1980 dans l’état du Bihar
avec 2 % de mortalité. Actuellement 90 % des cas
mondiaux sont recensés en Inde et 90 % de ceux-ci
dans le seul état du Bihar. Au Soudan, la LV a fait
plus de 100 000 morts entre 1989 et 1994. Au
Brésil, essentiellement dans le Nordeste, 4000 à
5000 cas sont recensés par an surtout en relation
avecla malnutrition infantile. Dans les 3 pays du
Maghreb (Maroc, Algérie, Tunisie) quelques centaines
de cas par an sont notés dont 95 % des cas
chez des enfants de moins de 5 ans. En France,
où la leishmaniose est limitée à une vingtaine de
départements du sud, le Centre National de
Référence des Leishmania situé à Montpellier
(http://www.parasitologie.univ-montp1.fr/
cnrl.htm) recense les cas de leishmanioses viscérales
autochtones. La synthèse des publications sur ce
sujet permet de noter de 1999 à 2003, 118 cas de LV
acquis en France métropolitaine en 5 ans avecdes
variations de 18 à 30 cas par an. Parmi ces cas, 40 %
concernent des sujets co-infectés par le VIH et 22 %
des enfants de moins de 6 ans. (Basset et al., 2001;
Basset et al., 2003; Pratlong et al., 2004) Depuis les
années 1980, la LV est une maladie opportuniste
émergente dans le sud-ouest de l’Europe (Portugal,
Espagne, France, Italie) où plus de 1 500 cas de coinfections
VIH-Leishmania ont été rapportés.
L’incidence, dans cette population immunodéprimée,
a aujourd’hui nettement diminuée grâce à l’utilisation
de la trithérapie hautement active (Alvar et
al., 1997; Rosenthal et al., 2001; Del Giudice et al.,
2002; Alvar et al., 2008). Au cours des 20 dernières
années, l’augmentation des transplantations d’organes
associée à l’utilisation de thérapeutiques
immunosuppressives sont à l’origine de cas de LV
chez ces patients transplantés (Sirvent-von
Bueltzingsloewen et al., 2004; Basset et al., 2005).
Section XIII – Chapitre 2 2/6 © ESKA septembre 2009

Figure 3 : Formes
promastigotes en culture
coloration MGG x 1000
De plus, la question du portage asymptomatique
avec possible réactivation d’une infection latente
demeure (Albrecht et al., 1998; Kubar et al., 1998;
Le Fichoux et al., 1999; Riera et al., 2004,
Papadopoulou et al., 2005; Riera et al., 2008).
Enfin, la possibilité de contamination interhumaine
par l’échange de seringues chez les toxicomanes, a
été démontrée (Cruz et al., 2002).
En fait, il faut bien distinguer deux types de LV :
• la LV anthroponotique (LVA) avecl’homme
comme seul réservoir de Leishmania donovani.
Elle sévit sous forme d’épidémies au Soudan,
en Ethiopie, en Inde, au Népal et au
Bangladesh ;
• la LV zoonotique (LVZ) due à Leishmania
infantum (synonyme L. chagasi en Amérique
latine) avec le chien réservoir de parasite qui
peut développer une maladie mortelle. Elle est
décrite sous forme de cas sporadiques principalement
en Chine, au Pakistan, en Amérique
Latine et dans tout le Bassin Méditerranéen.
Pour favoriser le développement de la maladie
chez un homme contaminé après piqûre de phlébotome
plusieurs facteurs de risque liés à l’hôte ou au
parasite sont nécessaires, intervenant de façon isolée
ou concomitante: prédisposition génétique, immunodépression
acquise ou iatrogène, malnutrition,
quantité de parasites inoculée, virulence de la
souche, rôle de la salive du phlébotome…
Leishmania infantum est aussi responsable de
leishmanioses cutanées mais ces formes sont rarement
diagnostiquées peut-être parce qu’elles passent
LES LEISHMANIOSES VISCÉRALES
inaperçues lorsqu’elles siègent sur certaines parties
du corps (à l’exception du visage) et qu’elles guérissent
très souvent spontanément (Del Giudice et al.,
1998). Les formes viscérales patentes, mortelles si
non traitées, ne représentent en fait que la partie
émergée de l’iceberg. Comme nous l’avons démontré,
les sujets porteurs asymptomatiques de leishmanies
sont nombreux et la maladie peut survenir dès
la primo-infection ou à la suite de la réactivation
d’une forme latente plusieurs années après la contamination
par piqûre de phlébotome (Pampiglione et
al., 1975; Marty et al., 1992; Marty et al., 1994;
Kubar et al., 1998; Le Fichoux et al., 1999; Marty et
al., 2007).
5. CLINIQUE
La LVA atteint toutes les tranches d’âge de la vie.
La triade clinique (fièvre, pâleur, splénomégalie) est
fréquente. De plus, des adénopathies et des manifestations
cutanées sous forme de taches noirâtres ou
bistres sont souvent associées, d’où le nom de kala
azar (signifiant maladie noire en sanscrit) donné en
Inde à cette maladie.
Dans la LVZ méditerranéenne classique du
jeune enfant on observe la triade classique, dans
notre expérience dans quasiment tous les cas
(Marty et al., 2006). La splénomégalie homogène
fébrile évoluant depuis une semaine à un mois
constitue l’unique motif d’hospitalisation. Une
pâleur « vieille cire » témoin clinique de l’anémie y
est associée. Une hépatomégalie est présente dans
un cas sur deux, témoignant le plus souvent d’une
forme évoluée. Dans les LVZ de l’adulte, de plus en
© ESKA septembre 2009 3/6 Section XIII – Chapitre 2

plus fréquentes en Europe méditerranéenne (environ
2/3 de l’ensemble des cas humains), cette triade
est moins constante. Dans la moitié de ces cas de
l’adulte, on retrouve une immunodépression permanente
(co-infection avec le VIH ou thérapeutique
immunosuppressive). Des formes
paucisymptomatiques voire ganglionnaires isolées
sont régulièrement signalées (Paolini et al., 1993;
Vandenbos et al., 2004; Pomares-Estran et al.,
2009).
6. DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
Les signes biologiques d’orientation associent
anémie, leuconeutropénie et thrombopénie et un
syndrome inflammatoire : vitesse de sédimentation
globulaire très accélérée, élévation de la Proteine C
Reactive (CRP) hyperprotidémie et hypergammaglobulinémie
polyclonale. Dans notre expérience, la
pancytopénie est retrouvée dans 90 % des formes
pédiatriques (Marty et al., 2006).
Une très forte présomption diagnostique repose
sur la positivité de la sérologie. La technique de
référence reste l’immunofluorescence indirecte sur
formes promastigotes de culture, qui est de plus en
plus supplantée par les tests ELISA dont la spécificité
et la sensibilité varient beaucoup selon les antigènes
utilisés. Le DAT (test d’agglutination directe
de promastigotes formolés) qui est peu coûteux et
qui ne nécessite pas de matériel sophistiqué est de
plus en plus utilisé sur le terrain tout comme les
tests rapides immunochromatographiques (dipstick)
utilisant des bandelettes sensibilisées par une
protéine antigénique recombinante (Bern et al.,
2000; Marty et al., 2007). L’immunoempreinte ou
western blot, très sensible et très spécifique, permettant
de différencier les sujets malades et les porteurs
asymptomatiques est un test de confirmation
réservé à des laboratoires spécialisés (Marty et al.,
1995, Le Fichoux et al., 1999). Il est à noter que les
techniques sérologiques classiques manquent souvent
de sensibilité chez les individus très immunodéprimés
comme les malades du SIDA (Deniau et
al., 2003).
Classiquement dans les pays occidentaux, le diagnostic
de certitude nécessite un prélèvement de
moelle osseuse (sternum chez l’adulte, crête iliaque
chez l’enfant). Le prélèvement de sang périphérique
peut suffire pour le diagnosticde certitude avectoutefois
plus de chance de visualiser des parasites après
leucocytoconcentration si le malade est particulièrement
immunodéprimé (Izri et al., 1996). Enfin, des
biopsies digestives ou cutanées ainsi que des lavages
broncho-alvéolaires sont à l’origine d’un diagnostic
histologique fortuit ou de localisations inhabituelles
chez 30 % des malades séropositifs pour le VIH
LES LEISHMANIOSES VISCÉRALES
(Rosenthal et al., 2000). Le diagnostic moléculaire
(PCR) est basé sur la détection et l’analyse des acides
nucléiques du parasite dans le sang ou la moelle
osseuse. Il complète les approches parasitologiques
et sérologiques dans le cadre du diagnostic initial
mais est particulièrement utile pour le suivi postthérapeutique
et pour l’étude des sujets porteurs
asymptomatiques du parasite (Lachaud et al., 2000,
Lachaud et al., 2001, Fissore et al., 2004, Mary et al.,
2006).
7. TRAITEMENT
Dans le domaine de la prise en charge thérapeutique,
des progrès considérables ont été réalisés grâce
à l’utilisation en première ligne depuis 1994 de l’amphotéricine
B liposomale (AmBisome®). On peut
regretter le coût élevé de ce produit mais il est compensé
par la réduction des journées d’hospitalisation
comparé au traitement classique par le
Glucantime® .
Le posologie initiale de l’AmBisome® est de 6
perfusions de 3mg/kg/j de J1 à J5 et J10 avecune
efficacité remarquable (Davidson et al., 1994).
L’OMS a édicté des recommandations sur l’utilisation
de l’AmBisome® dans le traitement de la LV
à L.infantum (Bern et al., 2006). Une dose totale de
20mg/kg est suffisante pour traiter les enfants et les
adultes immunocompétents. Par contre, le schéma
de répartition des doses n’est pas établi. Le traitement
peut être administré à raison de 10mg/kg sur
deux jours consécutifs ou fractionné en doses plus
petites, mais la pharmacocinétique suggère qu’une
posologie initiale supérieure à 5mg/kg permet d’atteindre
des taux tissulaires plus élevés. Le schéma
thérapeutique pédiatrique à 10mg/kg/j sur deux
jours (Syriopoulou et al., 2003) doit être validé chez
l’adulte. Enfin,l’usage vétérinaire de l’amphotéricine
B liposomale, ainsi que celui d’autres nouveaux traitements
(paromomycine, miltefosine) devrait être
évité afin de prévenir le développement de résistances.
Pour la LV à L. donovani, en particulier en Inde,
les moyens financiers et le niveau d’observance sont
très éloignés des pays occidentaux et, de plus, associés
à de forts taux de résistance des parasites aux
médicaments dérivés de l’antimoine. On est toujours
à la recherche de schémas thérapeutiques
simples et peu coûteux. Il a été récemment proposé
avec succès une simple perfusion d’AmBisome de
5mg/kg suivie d’une cure courte de 10 jours à 100
mg/jour de miltefosine per os (Sundar et al., 2008)
ou bien des injections intramusculaires quotidiennes
de paromomycine pendant 14 à 21 jours (Sundar et
al., 2009).
Section XIII – Chapitre 2 4/6 © ESKA septembre 2009

8. PRÉVENTION
La prévention des LV repose essentiellement sur
les mesures de réduction de la densité des populations
de phlébotomes vecteurs. Dans la LVZ, dans
l’attente d’un vaccin non encore commercialisé,
l’utilisation d’insecticides dans les gîtes de reproduction
au voisinage des chiens réservoirs doit être associée
à la mise en place de colliers insectifuges. Ces
mesures individuelles auraient pour conséquence la
diminution de la proportion d’humains porteurs
asymptomatiques, candidats potentiels au développement
de formes patentes.
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Adresse de l’auteur :
Professeur des Universités – Praticien Hospitalier Service de
Parasitologie – Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire et
Faculté de Médecine de Nice, Hôpital de l’Archet, BP 3079,
062002 Nice Cedex 3
e-mail: marty.p@chu-nice.fr
Section XIII – Chapitre 2 6/6 © ESKA septembre 2009

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