Laboratoire de Ploufragan - Plouzané - Anses

Laboratoire de
Ploufragan - Plouzané
Rapport d’activité
2012
Le Laboratoire réunit sur ses deux sites de
Ploufragan et de Plouzané près de 200 personnes.
Il est spécialisé dans la santé des volailles, du lapin,
des porcs et des poissons d’élevage. Il concourt à
l’amélioration du bien-être des animaux ainsi qu’à
la qualité sanitaire des denrées d’origine avicoles,
cunicoles et porcines.

apport d’activité 2012
chiffres clés
14 mandats
de références nationaux
ou internationaux
59 publications
internationales en
anglais
Le LAboRAtoiRe
en qUeLqUes Mots
38 publications scientifiques
et professionnelles en langue
française
63
conventions
de recherche
Le laboratoire de Ploufragan - Plouzané étudie les agents
responsables des maladies ayant un fort impact sur l’économie
de ces productions ou sur le potentiel immunitaire des animaux,
ainsi que les maladies émergentes. Il analyse les nouvelles
méthodes d’élevage, leurs conséquences comportementales et
sanitaires sur les animaux, la qualité des produits qui en sont issus,
leur éventuel impact sur la santé des éleveurs. Il développe des
outils et méthodes de diagnostic et de prévention chez les animaux.
Il évalue également l’impact des polluants environnementaux
sur les animaux et les risques liés à la consommation des aliments
issus de ces filières. Il contribue à en prévenir la contamination
bactériologique. Enfin, il est laboratoire de référence pour les
maladies des porcs des volailles et des poissons.
Il fournit à l’État comme aux organismes internationaux un appui
scientifique et technique pour le contrôle vétérinaire (analyse
de prélèvements, fourniture de réactifs de référence, suivi de
la qualité des analyses des laboratoires de diagnostic…).
Les gRAndes ÉvoLUtions
en 2012
10 HDR
L’année 2012 a été marquée par le processus de rénovation de
nos installations expérimentales protégées porcs et volailles,
opération qui se terminera au cours de l’année 2013.
Un accord de coopération avec l’institut de recherches vétérinaires
d’Harbin (Chine) nous a permis d’accueillir deux étudiants chinois
en séjour de longue durée.
5 thèses en cours
2 soutenues
74 conférences,
invitations, posters dans
des congrès nationaux
Notre politique de conventionnement international nous
a conduits à participer au cours de l’année 2012 à neuf
programmes de recherche européens qui concourent au juste
équilibre entre une recherche de haut niveau et des activités
de référence nationales et internationales qui participent à
parts égales au rayonnement du laboratoire.
Les ActivitÉs en 2012
15 essais
inter-laboratoires
réalisés
189
laboratoires
encadrés
Unité Mycoplasmologie-bactériologie
Entre juin 2011 et août 2012, l’Unité Mycoplasmologiebactériologie
du laboratoire a mené une enquête sur le terrain,
afin d’évaluer l’impact de l’injection de céphalosporines de
3 e génération au couvoir (poussins d’un jour ou in ovo) sur la
sélection et la persistance des E. coli résistants au cours de
la vie des oiseaux en filières ponte et chair (label). Un suivi
longitudinal a été réalisé sur des lots de poussins ayant été
traités ou non par céphalosporines de 3 e génération. Dans
les deux filières, des E. coli résistants aux céphalosporines
de 3 e génération (E. coli C3G-R) ont été détectés dans tous
les lots à au moins une date de prélèvements. Cependant,
dans les deux filières, le pourcentage d’E. coli C3G-R
est significativement plus faible dans les lots non traités
que dans les lots traités. Ces fortes proportions d’E. coli
C3G-R peuvent être une source de contamination pour les
travailleurs de la filière ou les produits (œufs ou viande).
La diffusion et la persistance dans l’environnement de
ces bactéries résistantes ou multi-résistantes pourraient
expliquer la présence de souches résistantes dans des lots
non traités.

dates clés
18 janvier
Isolement d’un virus influenza porcin H3N2 dans un élevage
de porcs du nord de la France (1 er isolement depuis 12 ans
d’une telle souche).
2 février
Béatrice Grasland obtient le prix de la fondation
Boehringer-Ingelheim pour ses travaux sur la maladie
d’amaigrissement du porcelet.
Mars
Accueil de dix stagiaires Laosiens et Cambodgiens pour
une formation sur l’influenza aviaire hautement pathogène.
Unité Pathologie virale des poissons
Endémicité des Betadenovirus au niveau de la faune
aquatique algérienne
Pour la deuxième année consécutive, une épidémie de
betanodavirus a affecté des populations de poissons
sauvages sur la côte algérienne, principalement des
espèces emblématiques telles que les mérous. L’épidémie
de 2012 semble plus importante que celle de 2011, en
nombre d’animaux trouvés morts (plusieurs centaines, de 1
à 30 kg) et surtout en étendue (500 km de côte). Comme
en 2011, l’unité Pathologie virale des poissons a testé des
échantillons envoyés par l’université Badji Mokhtar d’Annaba
(Algérie) et prouvé l’implication du virus en utilisant un outil
moléculaire développé en interne. L’émergence du virus dans
la région est à la fois un problème écologique majeur, du fait
de certaines espèces sauvages en danger d’extinction, et
une inquiétude économique, étant donné le plan ambitieux
de développement en Algérie de l’élevage de poissons
sensibles au virus. Le ministre de la Pêche algérien a été
informé de nos résultats et souhaite impliquer son ministère
dans une campagne d’information à l’échelle nationale, avec
l’aide de la FAO, de l’université d’Annaba et de notre unité.
Nous avons déjà rédigé une notice d’informations qui a été
largement distribuée aux acteurs de la filière piscicole. L’unité
se positionne ainsi comme un partenaire dans un projet de
collaboration envisagé entre la filière piscicole bretonne et
l’Algérie.
Amélioration génétique des espèces piscicoles
commerciales et implication dans le GIS
« Piscicultures Demain »
La lutte contre les pathologies constitue une priorité pour
le développement durable de l’agriculture. Un projet intitulé
septembre
Démarrage du programme de recherche
grand emprunt MIHME sur le syndrome
dysgénésique respiratoire porcin.
16 novembre
Signature de la convention cadre
entre l’Anses et Zoopole Développement
décembre
Acceptation d’un programme de recherche
FUI ReSist sur la résistance génétique
des poissons d’élevage aux agents
pathogènes.
RE-SIST a été déposé en novembre 2012 au 15 e appel à
projets Fonds unique interministériel afin d’évaluer, chez
les quatre espèces piscicoles françaises majeures (truite,
bar, turbot, daurade), la faisabilité technique et économique
d’une nouvelle méthode de sélection assistée par empreintes
génétiques pour améliorer la résistance génétique à sept
pathogènes. RE-SIST regroupe huit entreprises (dont cinq
PME), l’Inra, l’Ifremer et l’Anses, au travers de son unité
Pathologie virale des poissons qui possède des installations
expérimentales agréées adaptées pour la réalisation
d’épreuves infectieuses. L’un des objectifs est d’initier la
création d’une plateforme technologique entre les entreprises
et l’Agence pour de futures épreuves pathologiques
contrôlées utiles à la sélection. Ce projet a été labellisé
par les pôles de compétitivité Aquimer, Agrimip innovation,
Qualimediterranée, Pôle Mer Bretagne et Pôle Mer PACA.
Dans le même esprit de soutien et de collaboration avec la
filière, l’Agence a été associée au directoire opérationnel du
Groupement d’intérêt scientifique « Piscicultures Demain »
afin d’apporter sa contribution et son aide à la mise en œuvre
des programmes de recherche les plus pertinents pour le
développement de la pisciculture française.
Discobiol : évaluation de l’impact des produits
dispersants utilisés pour lutter contre les pollutions
pétrolières maritimes en zones côtières ou estuariennes
Le projet de recherche appliquée Discobiol, a été conduit entre
janvier 2008 et juin 2012 avec la participation de deux grands
industriels français (Total Fluides et Innospec ltd), l’Université
de La Rochelle, l’Université de Bretagne occidentale et
l’unité Pathologie virale des poissons du Laboratoire, sous
la coordination du Centre de documentation, de recherche
et d’expérimentations sur les pollutions accidentelles des
eaux (Cedre). D’un montant d’environ 1 ME (dont 375 KE

financés par l’ANR Precodd), Discobiol visait à améliorer
les recommandations pratiques relatives à l’emploi des
dispersants en zones côtières, en apportant des données
robustes sur la toxicité d’un pétrole chimiquement dispersé
sur la santé de différents organismes marins (poissons et
bivalves). Ce programme a contribué au développement
de méthodes d’analyse et d’investigation permettant
d’évaluer l’impact de xénobiotiques sur les organismes
aquatiques (biomarqueurs immunologiques et indicateurs
physiologiques). Par ailleurs, il a généré une importante
production en termes de communications et articles
scientifiques. Les résultats obtenus ont confirmé l’intérêt de la
technique de dispersion pour réduire l’impact de la pollution
sur les organismes de pleine eau, mais également validé le
principe de limiter son emploi près des côtes pour éviter un
impact significatif et durable. Les conclusions du projet sont
actuellement utilisées pour améliorer les documents guides
internationaux portant sur l’utilisation des dispersants dont
les révisions sont en cours.
Unité virologie et immunologie porcines
Peste porcine classique
Après dix années de lutte contre la peste porcine classique
chez les sangliers, la zone infectée des Vosges du Nord
a été déclarée officiellement indemne le 1er janvier 2012.
La surveillance s’est poursuivie activement sur cette région
qualifiée de « Zone renforcée de surveillance » durant 2012
démontrant la perte régulière de l’immunité de la population
la rendant ainsi plus vulnérable à une éventuelle réémergence,
la surveillance se poursuit en 2013 pour confirmer l’éradication
du virus.
Influenza porcin
L’épidémiosurveillance de la grippe chez le porc, renforcée
depuis 2011 par un dispositif national de surveillance, a
confirmé la circulation du virus pandémique A/H1N1 (2009)
dans les élevages de porcs français, principalement dans les
régions les plus centrales du pays. A également été révélée
l’introduction de virus H3N2 dans le Nord, après plus de dix
ans d’absence sur le territoire. Ces virus se rajoutent aux virus
influenza porcins H1N1 et H1N2 déjà enzootiques dans les
élevages, contribuant à complexifier la diversité génétique
des virus grippaux en circulation et à augmenter le risque
d’émergence de nouveaux virus réassortants à potentiel
zoonotique.
Unité virologie, immunologie
et parasitologie aviaires et cunicoles
Le séquençage nucléotidique complet de trois virus aviaires
appartenant à la famille des Paramyxoviridae a été effectué
en 2012. Il s’agit de deux paramyxovirus atypiques isolés
durant la campagne de surveillance de l’influenza aviaire chez
les oiseaux sauvages, qui correspondent l’un à un nouveau
Laboratoire de pLoufragan - pLouzané
sérotype de paramyxovirus aviaire (APMV11) et l’autre à un
nouveau génotype au sein des paramyxovirus aviaires de
(séro)type 1 (APMV1) – lequel se compose de deux classes
dont une incluant les virus de la maladie de Newcastle. Le
troisième virus séquencé est le metapneumovirus aviaire
de type C isolé antérieurement chez le canard par l’unité et
pour lequel un système de génétique inverse est en cours
de développement. La détermination de ces génomes
complets a notamment été possible grâce à la mise au point
au laboratoire d’une technique de séquençage des extrémités
génomiques des virus à ARN négatif non segmenté. Les
séquences nouvellement déterminées (et leurs séquences
protéiques déduites) ont fait l’objet d’études phylogénétiques
approfondies afin de préciser les relations existant entre ces
agents et les autres virus pathogènes, aviaires ou non, des
mêmes familles. Notamment, en ce qui concerne les APMV1,
la détermination d’acides aminés spécifiques de chaque
classe, puis la comparaison des acides aminés présents à
ces positions sur le nouveau génotype APMV1 ainsi que sur
la séquence la plus probable de l’ancêtre commun des deux
classes des APMV1, ont été effectuées ou sont en cours de
finalisation afin de mieux comprendre l’évolution des virus de
la maladie de Newcastle. L’absence prolongée de disponibilité
des installations expérimentales pour cause de rénovation, n’a
cependant pas permis de pouvoir déterminer précisément,
au cours de l’année 2012, le pouvoir pathogène des deux
paramamyxovirus aviaires précités. Il est prévu d’établir ces
données courant 2013, en priorité pour le virus du nouveau
génotype APMV1 compte tenu d’observations préliminaires
(test standard de pathogénicité par voie intracérébrale)
suggérant une virulence intermédiaire de ce virus.
Ces travaux ont déjà fait l’objet de deux annonces publiées
dans des revues internationales et d’une publication soumise à
une autre revue internationale, ainsi que d’une communication
orale dans un congrès européen et de deux posters dans un
congrès francophone. De plus, deux résumés ont été soumis
pour communications dans un congrès international 2013.
Par ailleurs, sur demande de la Commission européenne,
l’unité a organisé un stage international de formation théorique
et pratique sur le diagnostic de laboratoire de l’influenza
aviaire hautement pathogène à l’intention de dix cadres
cambodgiens et laotiens pendant trois jours en avril 2012.
Unité génétique virale et biosécurité
En collaboration avec le Service de production de porcs
assainis et d’expérimentation du laboratoire, une étude
sur la transmission du PCV2 via la semence a été réalisée
par infection expérimentale de quatre verrats et suivit
longitudinale de la présence de PCV2 dans la semence
(et chez les descendants. Le PCV2 était retrouvé dans
la semence, mais à des titres relativement faibles (106
copies/ml). L’insémination de truies avec de la semence
contaminée n’a pas donné lieu a une transmission du

PCV2, ni chez les truies, ni chez les porcelets. Ces résultats
montrent que la transmission du PCV2 par voie intra-utérine
via la semence (démontré lors de travaux précédents) et
fortement dépendante de la dose infectieuse inoculée. Par
ailleurs des essais de vaccination ADN avec des plasmides
réplicatifs dans le modèle pseudorage porcine (PrV) ont mis
en évidence une diminution de l’efficacité vaccinale pour des
constructions porteuses de l’origine de réplication et de la
réplicase du PCV2.
Unité Épidémiologie et bien-être du porc
L’année 2012 a vu s’achever un vaste programme de
recherche inter-unités sur les maladies pulmonaires du porc.
Une importante valorisation scientifique ainsi qu’auprès des
professionnels est issue de ce projet. L’objectif était de fournir
des bases scientifiques actualisées pour l’élaboration de plans
d’action à visée préventive. Ce travail a été réalisé en étroite
collaboration avec les unités de recherche Mycoplasmologiebactériologie,
Virologie et immunologie porcines et Génétique
virale et biosécurité. Le financement du programme était
multiple : Anses, Région Bretagne, Comité régional porcin,
cinq entreprises de la pharmacie vétérinaire et sept petites
et moyennes entreprises du bâtiment d’élevage.
Dans la dernière partie du programme de recherche, une
enquête épidémiologique a été réalisée dans 143 élevages
du Grand-Ouest (Bretagne, Normandie, Pays de la Loire).
Elle avait pour objectif spécifique d’identifier et de quantifier
l’importance relative des facteurs associés à la pneumonie
et la pleurésie, les deux maladies pulmonaires les plus
fréquentes chez le porc en croissance.
Les résultats montrent qu’au-delà de Mycoplasma
hyopneumoniae, une combinaison de différents agents
intervient dans la sévérité de la pneumonie et de son
expression clinique en élevage, Pasteurella multocida, le
PCV2, le virus du syndrome dysgénésique et respiratoire
du porc (SDRP) et les virus Influenza de sous-type H1N1
enzootique étant les principaux déterminants infectieux
identifiés. Toutefois, l’importance du rôle joué par chacun
diffère selon les agents. L’infection par le virus du SDRP
présente la particularité d’intervenir tant sur la pneumonie que
la pleurésie. Actinobacillus pleuropneumoniae, en particulier
le sérotype 2, joue un rôle central dans le déterminisme
de la pleurésie. Au-delà des agents infectieux, certaines
conditions et pratiques d’élevage concernant tous les stades
de la vie du porc (maternité, post-sevrage et engraissement)
favorisent le développement des maladies pulmonaires
via une prolifération excessive des micro-organismes en
regard des capacités de réponse des animaux. Des actions
préventives concernant les pratiques d’élevage, l’hygiène, le
logement dont le dispositif de ventilation et les conditions
climatiques à l’intérieur des locaux, qui apparaissent être des
points critiques doivent prioritairement être menées dans des
plans d’intervention visant à réduire le nombre de facteurs
défavorables. Ces actions doivent en particulier porter sur
les conditions de logement du porc en post-sevrage et en
engraissement pour prévenir la pneumonie. Elles peuvent
nécessiter des aménagements des bâtiments d’élevage
(systèmes de ventilation, équipements facilitant les opérations
de nettoyage et désinfection) et des investissements sur le
long terme pour procurer une qualité d’air appropriée aux
animaux et des équipements minimisant l’exposition des
porcs aux micro-organismes pathogènes. Une amélioration
des mesures d’hygiène, des modifications relatives aux
interventions chirurgicales chez les porcelets dès la phase
d’allaitement et une amélioration des conditions climatiques à
l’intérieur des salles d’élevage tout au long de la vie des porcs
constituent les principales préconisations pour prévenir la
pleurésie. Les résultats de ces travaux ont été valorisés sous
forme de publications scientifiques (cinq articles scientifiques,
huit actes de congrès nationaux et internationaux, deux
articles de vulgarisation et une thèse de doctorat).
Unité Épidémiologie et bien-être
en aviculture et cuniculture
Le Réseau national d’observations épidémiologiques en
aviculture (RNOEA), animé par l’Unité du laboratoire de
Ploufragan - Plouzané, a fêté ses 25 ans en 2012 et a diffusé
son 200 e bulletin. Grâce à la participation active et volontaire de
plus de 50 correspondants fidèles, tant dans les laboratoires
que chez les vétérinaires du terrain, le RNOEA a traité 430 000
données depuis sa création et collecte annuellement plus de
25 000 signalements de maladies aviaires quelles que soient
les productions avicoles. Les filières avicoles disposent ainsi
d’un historique de l’évolution épidémiologique des maladies
aviaires en France depuis plus de 25 ans. Le RNOEA, le plus
ancien réseau d’épidémiosurveillance en France, poursuit
son activité grâce aux échanges entre les gestionnaires et
les correspondants basés sur une pérennité des acteurs et
une confiance indispensable à cette longévité.
Unité Hygiène et qualité des produits
avicoles et porcins
L’unité développe ses activités autour de trois axes, la
prévalence et l’épidémiologie moléculaire, la relation hôte -
pathogène et enfin les moyens de lutte avec pour objectif
la « Maîtrise des agents bactériens zoonotiques par une
approche pluridisciplinaire dans les filières avicole et
porcine ». Les principales bactéries zoonotiques étudiées
sont Salmonella, Campylobacter, Listeria et Yersinia.
En 2012, l’unité a également engagé des travaux sur le
botulisme aviaire dans le cadre du mandat de laboratoire
national de référence (LNR Botulisme aviaire). Pour cette
activité, elle collabore avec la plateforme Identypath au
laboratoire de la sécurité des aliments et l’unité Épidémiologie
et bien-être en aviculture et cuniculture du laboratoire de
Ploufragan - Plouzané. Le botulisme est une maladie à

symptomatologie nerveuse, commune à l’Homme et aux
animaux domestiques et sauvages, due à l’action d’une toxine
produite par Clostridium botulinum. Les volailles atteintes
présentent une paralysie flasque ascendante touchant les
pattes puis les ailes, le cou et les paupières. Cette paralysie
entraîne des difficultés respiratoires aboutissant à la mort des
animaux atteints. Il existe sept types de toxines botuliques
(A à G) qui ont un mode d’action similaire : elles bloquent
le transfert du message nerveux au niveau des neurones. Les
cas observés dans les élevages avicoles sont majoritairement
de type C ou C-D, moins fréquemment de type D et très
rarement de type E. L’Homme étant sensible aux toxines de
type E, il est indispensable d’identifier le type toxinique afin
d’exclure l’éventuelle présence de toxine E chez les animaux
atteints.
Le LNR dispose d’une méthode de PCR en temps réel
permettant de détecter la présence du gène codant pour
les toxines de type C, D, C-D, D-C et E. Cette recherche se
fait après enrichissement de prélèvements réalisés sur des
animaux malades ou de prélèvements d’environnement.
Prévalence et épidémiologie moléculaire
Des données de prévalence pour Salmonella, Campylobacter
et/ou Yersinia enterocolitica dans des viandes fraîches de
porc, de bovin ou de volaille destinées à la distribution ont
été acquises dans le cadre d’un plan de surveillance et d’une
étude. Aucun Campylobacter n’a été retrouvé pour les viandes
de porc et de bovin. Les prévalences pour Salmonella sont
faibles : de 3,2 % pour le porc et de 0,88 % pour le bovin.
Pour Yersinia enterocolitica, la prévalence est de 5,2 % pour
le porc, 4,4 % pour le bovin et 5 % pour la viande de volaille.
Dans le cadre d’un projet européen (Era Net Core Organic
II) impliquant quatre autres pays européens, l’unité s’est
intéressée au portage d’E. coli par les porcs issus de la
production biologique et à leur niveau de résistance à la
tétracycline. Il ressort que le dénombrement en E. coli total
et en E. coli résistant chez les porcs conventionnels est
significativement plus élevé que chez les porcs biologiques.
Le taux moyen de résistance des E. coli à la tétracycline est
significativement plus élevé pour les porcs conventionnels
(57,4 %) que pour les porcs biologiques (37,9 %).
La mise en place d’outils de typage génétique des souches,
MLVA pour S. Derby, PFGE pour Y. enterocolitica, s’est
Agence nationale de sécurité sanitaire
de l’alimentation, de l’environnement et du travail
Laboratoire de Ploufragan - Plouzané
41 rue beaucemaine
22440 Ploufragan
www.anses.fr
poursuivie en 2012. La comparaison par MLST de souches
humaines de Campylobacter jejuni avec des souches
issues des produits de poulets de chair à la distribution a
mis en évidence trois grands complexes clonaux le CC-21,
le CC-45 et ST-464. Le CC-21 prédomine dans les deux
populations étudiées, le produit de poulets de chair et les
isolats humains. Les résultats de notre étude confirment que
les produits avicoles au détail seraient une source importante
d’infections humaines. Ces travaux se poursuivent par le
typage de Campylobacter provenant d’autres maillons de
la filière avicole, l’élevage et l’abattoir.
Relation hôte-pathogène
C. jejuni possède de nombreux facteurs de virulence, dont
le lipooligosaccharide (LOS). Au moins 19 classes de LOS
ont été recensées et chacune des différentes classes est
caractérisée par un locus de biosynthèse dont l’organisation
et la composition en gènes sont spécifiques. Les LOS de
classes A, B ou C, qui présentent un acide sialique dans leur
structure, seraient impliqués dans la sévérité des symptômes
entériques et le développement de GBS ou MFS.
Pour caractériser ces isolats de C. jejuni potentiellement
plus virulents, une PCR multiplex a été développée pour
détecter la présence des LOS sialylés de classe A, B ou C
d’isolats de Campylobacter jejuni en une seule réaction. La
méthode a été validée sur 100 isolats de C. jejuni issus de
viande de volaille. Cette méthode s’avère trois fois plus rapide
et moins onéreuse que des méthodes de PCR en simplex,
classiquement utilisées pour ce type d’étude.
Moyens de lutte
Deux projets ont démarré en 2012 sur les moyens de lutte visà-vis
de Campylobacter : l’un national (Campysafe, Valorial)
en collaboration avec un industriel et un groupement de
producteurs et l’autre européen (Camchain, Emida Era-net)
en collaboration avec 12 partenaires de dix pays différents.
Ces deux projets couvrent des études sur la maîtrise de
Campylobacter aux stades de l’élevage et de l’abattage.
Au niveau de l’élevage, les travaux consistent à tester
des produits et d’étudier leurs mécanismes d’action. Au
niveau de l’abattoir, les paramètres de ressuyage (vitesse
de l’air, température et humidité) seront étudiés et utilisés
pour proposer un modèle de combinaison optimale de ces
paramètres afin de diminuer ce pathogène sur les carcasses.
© Anses Éditions : mai 2013