(Thèse partie 1)

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56 Revue bibliographique qu’aux positions informatives, ne prend en compte qu’une <strong>partie</strong> de l’information. Elle ne peut être utilisée lorsqu’il y’a un grand nombre de séquences. 7. 3. Méthode du maximum de vraisemblance (Felsentein, 1981) La méthode du maximum de vraisemblance « maximum likelihood » est basée sur des théories statistiques élaborées. Elle va calculer la probabilité qu’à chaque branche de se trouver à une position donnée dans l’arbre phylogénétique et estimer sa longueur sous un modèle évolutif donné. Les transitions et les transversions sont pondérées différemment. Cette méthode permet de comparer des séquences éloignées mais ne peut être utilisée lorsque le nombre de séquences est important.
57 Revue bibliographique Figure 12. Position phylogénétique des différents phyla bactérien (a) et archéeen (b) d’après l’analyse des séquences d’ADNr 16S (méthode Neighbor-Joining). Les phyla possédant des représentants cultivés sont en noir, et les phyla ne possédant que des séquences environnementales sont en blanc. Barre d’échelle : 0,1 changements par nucléotide (Hugenholtz, 2002).
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N° d’ordre : 79 / T.E / 2007 Sé
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Nom : KHARROUB Date de soutenanace
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