(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
qu’aux positions informatives, ne prend en compte qu’une partie de l’information. Elle ne
peut être utilisée lorsqu’il y’a un grand nombre de séquences.
7. 3. Méthode du maximum de vraisemblance (Felsentein, 1981)
La méthode du maximum de vraisemblance « maximum likelihood » est basée sur
des théories statistiques élaborées. Elle va calculer la probabilité qu’à chaque branche de se
trouver à une position donnée dans l’arbre phylogénétique et estimer sa longueur sous un
modèle évolutif donné. Les transitions et les transversions sont pondérées différemment.
Cette méthode permet de comparer des séquences éloignées mais ne peut être utilisée
lorsque le nombre de séquences est important.