(Thèse partie 1)
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Revue bibliographique<br />
hypothèses ont été modélisées en utilisant des méthodes mathématiques et l’analyse<br />
phylogénétique est désormais réalisable grâce à un ensemble de programmes informatiques<br />
(package ARB, Phylo_Win, Phylip, etc.). Les topologies d’arbres obtenus par les<br />
différentes méthodes doivent être cohérentes et conduire à un arbre consensus. Les trois<br />
méthodes utilisées pour la construction d’arbres sont :<br />
7. 1. La méthode du Neighbor-Joining (NJ) (Saitou & Nei, 1987)<br />
Cette méthode est la plus couramment utilisée en microbiologie (Figure 12). C’est<br />
une méthode de distance, basée sur le nombre moyen de substitutions nucléotidiques entre<br />
des séquences prises deux à deux. Elle permet de trouver les paires de séquences les plus<br />
« voisines » qui minimisent la somme des longueurs des branches à chaque étape de<br />
regroupement. C’est une méthode rapide, qui génère un arbre selon l’évolution minimale et<br />
donne de bons résultats pour des séquences proches. Elle traite toutes les substitutions de<br />
manière équivalente, ce qui fait perdre des informations et ne peut être appliquée à des<br />
séquences très éloignées. C’est une méthode de distance qui sous estime le nombre de<br />
mutations car les substitutions simplement dénombrées et ne sont pas pondérées. Or, des<br />
mutations multiples peuvent se produire. Des corrections ont été faites telle que :<br />
Celle de Jukes et Cantor (Jukes & cantor, 1969) qui suppose que toutes les<br />
substitutions ont une probabilité égale (les transitions et les transversions ont le même<br />
poids).<br />
Celle de Kimura (Kimura, 1980) repose sur l’hypothèse que les transitions se<br />
produisent à des taux plus élevés que les transversions (le poids des transversions est<br />
double par rapport à celui des transitions car le premier type est moins fréquent).<br />
7. 2. La méthode du maximum de parcimonie (Fitch, 1971)<br />
Cette méthode vise à construire l’arbre le plus parcimonieux possible en minimisant<br />
le nombre de mutations nécessaires pour passer d’une séquence à une autre. Cette méthode<br />
considère que les sites évoluent indépendamment les uns des autres et que ceux présentant<br />
des nucléotides identiques sont « non informatifs » et ne peuvent ainsi êtres pris en compte<br />
dans les calculs. Les inconvénients de cette méthode sont multiples. Elle ne s’intéresse