(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
hypothèses ont été modélisées en utilisant des méthodes mathématiques et l’analyse
phylogénétique est désormais réalisable grâce à un ensemble de programmes informatiques
(package ARB, Phylo_Win, Phylip, etc.). Les topologies d’arbres obtenus par les
différentes méthodes doivent être cohérentes et conduire à un arbre consensus. Les trois
méthodes utilisées pour la construction d’arbres sont :
7. 1. La méthode du Neighbor-Joining (NJ) (Saitou & Nei, 1987)
Cette méthode est la plus couramment utilisée en microbiologie (Figure 12). C’est
une méthode de distance, basée sur le nombre moyen de substitutions nucléotidiques entre
des séquences prises deux à deux. Elle permet de trouver les paires de séquences les plus
« voisines » qui minimisent la somme des longueurs des branches à chaque étape de
regroupement. C’est une méthode rapide, qui génère un arbre selon l’évolution minimale et
donne de bons résultats pour des séquences proches. Elle traite toutes les substitutions de
manière équivalente, ce qui fait perdre des informations et ne peut être appliquée à des
séquences très éloignées. C’est une méthode de distance qui sous estime le nombre de
mutations car les substitutions simplement dénombrées et ne sont pas pondérées. Or, des
mutations multiples peuvent se produire. Des corrections ont été faites telle que :
Celle de Jukes et Cantor (Jukes & cantor, 1969) qui suppose que toutes les
substitutions ont une probabilité égale (les transitions et les transversions ont le même
poids).
Celle de Kimura (Kimura, 1980) repose sur l’hypothèse que les transitions se
produisent à des taux plus élevés que les transversions (le poids des transversions est
double par rapport à celui des transitions car le premier type est moins fréquent).
7. 2. La méthode du maximum de parcimonie (Fitch, 1971)
Cette méthode vise à construire l’arbre le plus parcimonieux possible en minimisant
le nombre de mutations nécessaires pour passer d’une séquence à une autre. Cette méthode
considère que les sites évoluent indépendamment les uns des autres et que ceux présentant
des nucléotides identiques sont « non informatifs » et ne peuvent ainsi êtres pris en compte
dans les calculs. Les inconvénients de cette méthode sont multiples. Elle ne s’intéresse