(Thèse partie 1)

More documents

Recommendations

Info

54 Revue bibliographique 16S de l’ARN ribosomal est caractérisé par un faible taux de changements évolutifs, par une taille relativement petite mais qui fournit une information suffisante (environ 1500 paires de bases), par son omniprésence chez tous les organismes vivants cellulaires et par l’alternance de domaines conservés à hypervariables. Pour cette raison il a été choisi comme la base moléculaire pour bâtir la phylogénie du monde vivant (Ludwig & Schleifer, 1994 ; Garrity & Holt, 2001). Les caractères analysés en phylogénie moléculaire sont des séquences d’acides nucléiques ou des séquences d’acides aminés. De nombreux gènes codant pour des séquences de protéines universellement distribuées tels que gyrB pour la sous unité B de l’ADN gyrase et atpD pour la sous unité B de l’adénosine triphosphatase (ATPase), sont actuellement utilisés pour dresser des arbres phylogéniques. Cette approche offre certains avantages par rapport aux comparaisons d’ARNr. Une séquence de 20 acides aminés donne plus d’informations par site qu’une séquence à trois nucléotides et il est plus pratique d’aligner des séquences protéiques. Cependant, toutes les protéines ne conviennent pas pour étudier les changements car elles évoluent à des vitesses très différentes (Fuerst, 2002 ; Coenye et al., 2005). 6. 4. 2. L’alignement La détermination de la position phylogénétique d’une nouvelle bactérie par rapport aux autres nécessite la détermination de la séquence de son ARNr 16S. Cela peut s’effectuer par utilisation de la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) pour amplifier l’ADNr 16S qui peut être séquencé. L’ADN linéaire obtenu est aligné avec celui d’autres organismes connus. Une base de donnée Internationale appelée « Projet de base de données ribosomiques », localisée à l’université de Michigan, contient les séquences des ARNr 16S des organismes qui ont été séquencés téléchargeables sur Internet (http://rdp.cme.msu.esdu/). Ainsi, la comparaison de la séquence de la bactérie inconnue à celles des autres bactéries de la base de données peut être effectuée. La détermination de la parenté évolutive parmi les organismes (ou phylogénie) peut être obtenue en dressant un arbre phylogénique. 7. Méthodes de reconstruction Après avoir aligné les séquences, il faut en déduire la phylogénie. L’analyse phylogénétique repose sur des hypothèses quant à la nature de l’évolution des gènes. Ces
55 Revue bibliographique hypothèses ont été modélisées en utilisant des méthodes mathématiques et l’analyse phylogénétique est désormais réalisable grâce à un ensemble de programmes informatiques (package ARB, Phylo_Win, Phylip, etc.). Les topologies d’arbres obtenus par les différentes méthodes doivent être cohérentes et conduire à un arbre consensus. Les trois méthodes utilisées pour la construction d’arbres sont : 7. 1. La méthode du Neighbor-Joining (NJ) (Saitou & Nei, 1987) Cette méthode est la plus couramment utilisée en microbiologie (Figure 12). C’est une méthode de distance, basée sur le nombre moyen de substitutions nucléotidiques entre des séquences prises deux à deux. Elle permet de trouver les paires de séquences les plus « voisines » qui minimisent la somme des longueurs des branches à chaque étape de regroupement. C’est une méthode rapide, qui génère un arbre selon l’évolution minimale et donne de bons résultats pour des séquences proches. Elle traite toutes les substitutions de manière équivalente, ce qui fait perdre des informations et ne peut être appliquée à des séquences très éloignées. C’est une méthode de distance qui sous estime le nombre de mutations car les substitutions simplement dénombrées et ne sont pas pondérées. Or, des mutations multiples peuvent se produire. Des corrections ont été faites telle que : Celle de Jukes et Cantor (Jukes & cantor, 1969) qui suppose que toutes les substitutions ont une probabilité égale (les transitions et les transversions ont le même poids). Celle de Kimura (Kimura, 1980) repose sur l’hypothèse que les transitions se produisent à des taux plus élevés que les transversions (le poids des transversions est double par rapport à celui des transitions car le premier type est moins fréquent). 7. 2. La méthode du maximum de parcimonie (Fitch, 1971) Cette méthode vise à construire l’arbre le plus parcimonieux possible en minimisant le nombre de mutations nécessaires pour passer d’une séquence à une autre. Cette méthode considère que les sites évoluent indépendamment les uns des autres et que ceux présentant des nucléotides identiques sont « non informatifs » et ne peuvent ainsi êtres pris en compte dans les calculs. Les inconvénients de cette méthode sont multiples. Elle ne s’intéresse
Page 1 and 2:
N° d’ordre : 79 / T.E / 2007 Sé
Page 3 and 4:
3. 3. 8. Gènes et biologie molécu
Page 5 and 6:
Résultats et discussion 1. Analyse
Page 7 and 8:
Nom : KHARROUB Date de soutenanace
Page 9 and 10:
Remerciements Avant toute chose, je
Page 11 and 12:
Listes des figures Figure 1. Habita
Page 13 and 14:
Figure 36. Photomicrographies élec
Page 15 and 16:
Tableau 31. Taux d’hybridations A
Page 17 and 18:
A ADN ADNr 16S ARN ARNr ARNt ATP Aw
Page 19 and 20:
1 Introduction générale En dehors
Page 21 and 22: 3 Introduction générale position
Page 23 and 24: 5 Revue bibliographique Figure 2. L
Page 25 and 26: 7 Revue bibliographique majorité d
Page 27 and 28: 9 Revue bibliographique De nombreus
Page 29 and 30: 11 Revue bibliographique Au sein de
Page 31 and 32: 13 Revue bibliographique Antón et
Page 33 and 34: 15 Revue bibliographique La seconde
Page 35 and 36: 17 Revue bibliographique C’est un
Page 37 and 38: 19 Revue bibliographique L’organi
Page 39 and 40: 21 Revue bibliographique essentiell
Page 41 and 42: 23 Revue bibliographique mannosyl-6
Page 43 and 44: 25 Revue bibliographique tandis que
Page 45 and 46: 27 Revue bibliographique La présen
Page 47 and 48: 29 Revue bibliographique c’est la
Page 49 and 50: 3. 3. 8. Gènes et biologie molécu
Page 51 and 52: 33 Revue bibliographique génome d
Page 53 and 54: 35 Revue bibliographique de transpo
Page 55 and 56: 4. 3. Physiologie 37 Revue bibliogr
Page 57 and 58: 39 Revue bibliographique A l’exce
Page 59 and 60: 41 Revue bibliographique nucléotid
Page 61 and 62: 43 Revue bibliographique famille de
Page 63 and 64: 5. Biotechnologies des procaryotes
Page 65 and 66: 47 Revue bibliographique trouvé un
Page 67 and 68: 49 Revue bibliographique siècle po
Page 69 and 70: 51 Revue bibliographique classifica
Page 71: 53 Revue bibliographique culture re
Page 75 and 76: 57 Revue bibliographique Figure 12.
Page 77 and 78: 1. Echantillonnage 59 Matériel et
Page 79 and 80: Figure 15. Photographies in situ de
Page 81 and 82: Tableau 6. Souches de référence u
Page 83 and 84: 65 Matériel et Méthodes Les milie
Page 85 and 86: 67 Matériel et Méthodes 20 ml de
Page 87 and 88: Technique 1 (Marmur, 1961) 69 Maté
Page 89 and 90: 3. 7. 3. Détermination du contenu
Page 91 and 92: Tableau 9. Cycles employés. Paires
Page 93 and 94: 75 Matériel et Méthodes Les align
Page 95 and 96: 77 Matériel et Méthodes * : la so
Page 97 and 98: 79 Matériel et Méthodes doubles b
Page 99 and 100: 81 Résultats et discussion Le but
Page 101 and 102: 1. Morphologie des souches d’halo
Page 103 and 104: 85 Chapitre 1 : Résultats et discu
Page 107 and 108: Tableau 14. Croissance à différen
Page 109 and 110: Tableau 15. Croissance à différen
Page 111 and 112: Tableau 16. Spectre de température
Page 113 and 114: Tableau 18. Utilisation des sucres.
Page 115 and 116: Tableau 19. Utilisation des alcools
Page 119 and 120: Tableau 22. Production d’acides
Page 121 and 122: Tableau 23. Caractérisation biochi
Page 123 and 124:
Tableau 24. Résultats de la sensib
Page 125 and 126:
5. Chimiotaxinomie 5. 1. Analyse de
Page 127 and 128:
109 Chapitre 1 : Résultats et disc
Page 129 and 130:
Page 131 and 132:
Absorbance (D.O.) 0,095 0,085 0,075
Page 133 and 134:
Page 135 and 136:
Page 137 and 138:
Tableau 28. Affiliation phylogéné
Page 139 and 140:
Page 141 and 142:
Page 143 and 144:
Page 145 and 146:
0,02 26 37 31 85 55 100 127 Chapitr
Page 147 and 148:
Page 149 and 150:
Page 151 and 152:
Page 153 and 154:
Page 155 and 156:
Page 157 and 158:
Description de Halorubrum ezzemoule
Page 159 and 160:
Page 161 and 162:
Page 163 and 164:
0,02 145 Chapitre 1 : Résultats et
Page 165 and 166:
Page 167 and 168:
Page 169 and 170:
Page 171 and 172:
Page 173 and 174:
Page 175 and 176:
Page 177 and 178:
Page 179 and 180:
Page 181 and 182:
Page 183 and 184:
165 Conclusion générale et Perspe
Page 185 and 186:
167 Conclusion générale et Perspe
Page 187 and 188:
169 Références bibliographiques A
Page 189 and 190:
171 Références bibliographiques C
Page 191 and 192:
173 Références bibliographiques g
Page 193 and 194:
175 Références bibliographiques G
Page 195 and 196:
177 Références bibliographiques I
Page 197 and 198:
179 Références bibliographiques K
Page 199 and 200:
181 Références bibliographiques L
Page 201 and 202:
183 Références bibliographiques M
Page 203 and 204:
185 Références bibliographiques O
Page 205 and 206:
187 Références bibliographiques R
Page 207 and 208:
189 Références bibliographiques g
Page 209 and 210:
191 Références bibliographiques V
Page 211 and 212:
193 Références bibliographiques X
Page 213 and 214:
Annexe2 : Tableau 4. Bactéries hal
Page 215 and 216:
Tableau 4. Bactéries halophiles as
Page 217 and 218:
80 ml de la solution A 40 ml d’ac
Page 219 and 220:
Tableau 10. Origine des séquences
Page 221 and 222:
Annexes CGTCCGGTGAAAACCACGTGGCTTGGG
Page 223 and 224:
Séquence de l’ADNr 16S de la sou
Page 225 and 226:
Annexes CATCGGGAAATCCGCGCGCTTATCTCT
Page 227 and 228:
Tableau 27. Caractéristiques diff
Page 229:
Annexe 10. Courbes de quantificatio
show all

(Thèse partie 1)

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?