(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
culture reste la méthode de choix qui permet de déterminer la physiologie et les
interactions écologiques entre les microorganismes de la communauté.
Les sondes nucléiques
A la différence des techniques d’analyses par extraction et séquençage de l’ADNr
16S, l’utilisation des sondes nucléiques permet d’accéder individuellement à chaque
cellule. Cette technique implique la formation d’un duplex entre une sonde nucléique et un
ARNr cible. Les sondes peuvent être aussi bien utilisées sur l’ADN fixé sur membrane
(Dot ou Slot Blot après Southern), directement sur les colonies de clones, sur des cultures
d’enrichissements ou sur des souches pures. De même, elles peuvent être utilisées sur des
échantillons naturels (Hybridation in situ). Pour marquer la sonde, on utilise soit des
radioéléments, soit des enzymes soit des marqueurs fluorescents (fluorescéine, rhodamine,
etc.) ; on parle alors de FISH (DeLong et al., 1989 ; Amann et al., 1996, 1997).
A la différence des hybridations sur colonies, les hybridations sur cellules entières (FISH)
permettent d’accéder directement à l’ARNr sans endommager la structure pariétale de la
cellule et donc d’accéder en plus du caractère phylogénétque ou métabolique lié à la sonde
à un caractère morphologique. Des sondes marquées avec un colorant fluorescent sont
mélangées à l’échantillon à étudier. Les sondes diffusent dans les cellules et celles
marquées peuvent alors être mises en évidence au microscope à fluorescence et quantifiées
par comptage. L’hybridation de l’ADN est utile pour la détection rapide de la présence et
de la concentration relative de gènes codant pour une fonction spécifique. Alors que
l’hybridation des ARN est un indicateur de l’activité du gène cible. Généralement, les
sondes spécifiques de l’ARNr sont souvent utilisées car la grande quantité de ribosomes,
contenue, dans les cellules, permet d’obtenir un marquage plus intense.
6. 4. L’analyse phylogénétique
6. 4. 1. Principe fondamentale
Dans les années 1970, une révolution a lieu dans la taxinomie, indiquant qu’une
classification phylogénétique était possible. De nos jours, on séquence couramment le gène
de l’ARNr 16S et plusieurs raisons justifient ce choix. Le gène codant pour la sous unité