(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
La technique FAME (Fatty Acid Methyl Ester) est fondée sur l’analyse des profils d’acides
gras obtenus par chromatographie en phase gazeuse. Chaque profil est spécifique d’une
souche et peut être comparé avec d’autres contenus dans la base de données (Guezennec,
1995 ; Keith-Roach et al., 2002). En plus de l’établissement des profils lipidiques, il est
possible de rechercher un ou plusieurs lipides marqueurs spécifiques dont la présence sera
caractéristique d’un groupe de microorganismes (Kenada, 1991; Suzuki et al., 1993). Les
lipides polaires d’origine archéenne (à liaison éther) sont facilement différenciés de ceux
d’origine bactérienne et eucaryote. Ils peuvent caractériser aussi bien les haloarchaea
provenant de culture que ceux des communautés naturelles (Oren, 2002a).
6. 3. 3. Les acides nucléiques
La connaissance de la diversité microbienne s’est considérablement améliorée ces
dernières années grâce aux apports de la biologie moléculaire et de la phylogénie. Amann
et al. (1996) estiment que 99 % des microorganismes présents dans la nature ne sont pas
accessibles par des techniques culturales standard. Les ARN ribosomaux (5S, 16-18S,
23S), constituent des marqueurs de choix en phylogénie (Woese & Fox, 1977 ; Oren,
1999b). Les domaines de forte conservation sont utilisés dans la comparaison des espèces
d’organismes éloignés, tandis que les domaines hypervariables sont plus utiles pour
comparer les espèces phylogénétiquement proches (Woese, 1987 ; Winkler et Woese,
1991). Les domaines conservés sont aussi utilisés lors du développement des amorces
universelles pour la PCR.
Le clonage et le séquençage des ADNr 16S
La technique de clonage et de séquençage est l’une des premières techniques à avoir
été employée en écologie microbienne pour s’affranchir de toute étape de culture (Amann,
1992 ; Eder et al., 2001 ; Gabor et al., 2003). Elle consiste à extraire l’ADN ou l’ARN
total de l’échantillon environnemental, à amplifier spécifiquement les régions codant pour
l’ARN ribosomal, puis à cloner le produit d’amplification et enfin, à séquencer et à
analyser les clones de la banque. Cette approche moléculaire a permis de découvrir de
nouveaux taxons microbiens mais elle est limitée, le gène de l’ARNr 16S représente en
moyenne 0,05 % du génome du procaryote (Rodriguez-Valera, 2002) et a peu de valeur
pour prédire de la physiologie, du style de vie et des propriétés biotechnologiques ainsi la