(Thèse partie 1)
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Revue bibliographique<br />
La technique FAME (Fatty Acid Methyl Ester) est fondée sur l’analyse des profils d’acides<br />
gras obtenus par chromatographie en phase gazeuse. Chaque profil est spécifique d’une<br />
souche et peut être comparé avec d’autres contenus dans la base de données (Guezennec,<br />
1995 ; Keith-Roach et al., 2002). En plus de l’établissement des profils lipidiques, il est<br />
possible de rechercher un ou plusieurs lipides marqueurs spécifiques dont la présence sera<br />
caractéristique d’un groupe de microorganismes (Kenada, 1991; Suzuki et al., 1993). Les<br />
lipides polaires d’origine archéenne (à liaison éther) sont facilement différenciés de ceux<br />
d’origine bactérienne et eucaryote. Ils peuvent caractériser aussi bien les haloarchaea<br />
provenant de culture que ceux des communautés naturelles (Oren, 2002a).<br />
6. 3. 3. Les acides nucléiques<br />
La connaissance de la diversité microbienne s’est considérablement améliorée ces<br />
dernières années grâce aux apports de la biologie moléculaire et de la phylogénie. Amann<br />
et al. (1996) estiment que 99 % des microorganismes présents dans la nature ne sont pas<br />
accessibles par des techniques culturales standard. Les ARN ribosomaux (5S, 16-18S,<br />
23S), constituent des marqueurs de choix en phylogénie (Woese & Fox, 1977 ; Oren,<br />
1999b). Les domaines de forte conservation sont utilisés dans la comparaison des espèces<br />
d’organismes éloignés, tandis que les domaines hypervariables sont plus utiles pour<br />
comparer les espèces phylogénétiquement proches (Woese, 1987 ; Winkler et Woese,<br />
1991). Les domaines conservés sont aussi utilisés lors du développement des amorces<br />
universelles pour la PCR.<br />
Le clonage et le séquençage des ADNr 16S<br />
La technique de clonage et de séquençage est l’une des premières techniques à avoir<br />
été employée en écologie microbienne pour s’affranchir de toute étape de culture (Amann,<br />
1992 ; Eder et al., 2001 ; Gabor et al., 2003). Elle consiste à extraire l’ADN ou l’ARN<br />
total de l’échantillon environnemental, à amplifier spécifiquement les régions codant pour<br />
l’ARN ribosomal, puis à cloner le produit d’amplification et enfin, à séquencer et à<br />
analyser les clones de la banque. Cette approche moléculaire a permis de découvrir de<br />
nouveaux taxons microbiens mais elle est limitée, le gène de l’ARNr 16S représente en<br />
moyenne 0,05 % du génome du procaryote (Rodriguez-Valera, 2002) et a peu de valeur<br />
pour prédire de la physiologie, du style de vie et des propriétés biotechnologiques ainsi la