(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
classifications parallèles basées sur des critères morphologiques seront établies. Il faudra
attendre 1923 pour qu’apparaissent la première classification bactérienne, le Bergey’s
Manual of Determinative Bacteriology compilant les résultas de toutes les études menées
auparavant.
Le développement de la taxinomie numérique et des approches polyphasiques ou mixtes et
surtout l’apparition de la taxinomie moléculaire (en particulier l’analyse de l’ARN
ribosomal ou des gènes codant pour l’ARNr (ADNr) ont permis de redonner un véritable
élan à cette discipline.
6. 3. L’approche non culturale
6. 3. 1. Les techniques de quantification
La quantification des microorganismes peut se faire soit directement soit
indirectement après marquage d’un constituant cellulaire donné par un chromophore et
observation en microscopie à épifluorescence. Des comptages cellulaires directs à partir
d’échantillons naturels sont réalisés sous le microscope en utilisant des cellules de
comptage. Des comptages cellulaires peuvent également être effectués après marquage
direct des acides nucléiques ou des constituants cellulaires à l’aide d’un fluorophore
(DAPI, acridine orange, etc.) ou marquage indirect à l’aide d’anticorps marqué ou d’une
sonde fluorescente qui se fixera de façon spécifique sur la cible.
Des techniques culturales sont classiquement utilisées en quantification telles que la
technique du NPP (Nombre le Plus Probable) en milieu liquide et la méthode UFC (Unités
Formant Colonie) sur milieu solide. Elles permettent de dénombrer les bactéries
cultivables.
6. 3. 2. Les biomarqueurs cellulaires
En dehors des acides nucléiques, les microorganismes comportent d’autres structures
pouvant servir de biomarqueurs de taxons. Les biomarqueurs incluent des transporteurs de
la chaîne respiratoire (quinone…), des pigments, des constituants de la paroi (acide
muramique) et des lipides membranaires.