(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
méthodes mathématiques. La généralisation de l’analyse des séquences d’ADNr 16S a
incité les auteurs à corréler les pourcentages d’identité entre les séquences d’ADNr 16S et
les pourcentages de réassociations ADN-ADN. Il a été mis en évidence que des similitudes
d’ADNr 16S inférieures à 97 % ne correspondent jamais à des pourcentages de
réassociation ADN-ADN supérieures à 60 % (Devereux et al., 1990 ; Fry et al., 1991). Par
extension on considère que des isolats dont les séquences ont un pourcentage de similitude
inférieur à 97 % n’appartiennent pas à la même espèce (Stackebrandt & Goebel, 1994). S’il
est compris entre 93 et 95 %, les deux souches appartiennent à des genres différents
(Devereux et al., 1990 ; Whitman et al., 2001). Néanmoins, deux espèces peuvent avoir
des séquences des ARNr 16S très proches et être différentes par hybridation ADN-ADN
(Dijkshoorn et al., 2000).
L’ADNr 16S utilisé d’une façon généralisée en taxinomie moléculaire présente lui aussi
ses limites. Il est suffisamment discriminant pour séparer entre des espèces différentes
mais il ne permet de regrouper des espèces identiques. En outre, le nombre de copies de
l’opéron rrn est variable d’un organisme à l’autre et les gènes codant pour les ARNr 16S
peuvent présenter une micro-hétérogénéité au sein des différents opérons rrn ; cas de
Haloarcula marismortui qui possède 3 gènes d’ARNr 16S possédant 5 % de différences
(Dennis et al., 1998 ; Kamekura et al. 2004).
6. 1. 4. Taxinomie mixte et consensuelle
Les termes de « polyphasic taxonomy » ont été introduits en 1970 par Colwell pour
faire référence à une classification qui tient compte d’un maximum de données.
Aujourd’hui, l’intérêt d’une approche polyphasique intégrant les données génotypiques et
phénotypiques dans les descriptions d’espèce nouvelle est nécessaire. De même que la
détermination du contenu G+C du génome est exigée pour la souche type de la nouvelle
espèce (Stackebrandt et al., 2002).
6. 2. L’approche culturale
L’étude de la diversité microbienne consiste traditionnellement à cultiver des
microorganismes par enrichissement puis isolement avant identification de leurs caractères
phénotypiques. Ainsi le phénotype de nombreuses bactéries sera décrit, et plusieurs