(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
siècle pour que les outils nécessaires au développement d’une telle taxinomie soient
disponibles et qu’une taxinomie phylogénétique commence à se mettre en place.
Détermination du G+C %
En 1949, Chargaff et al. ont montré que le contenu en bases puriques et en bases
pyrimidiques de l’ADN pouvait varier d’un individu à un autre mais était constant pour les
individus d’une même espèce. Le contenu en base d’un ADN est exprimé par le GC %.
Chez les bactéries, cette valeur est très dispersée et varie de 25 à 75 % (Rosselló-Mora &
Amann, 2001). Actuellement, on admet que les bactéries dont le contenu G+C diffère de
plus de 3 % ne peuvent appartenir à la même espèce. Lorsque cette différence excède 10
%, les deux bactéries appartiennent à des genres différents. Cependant, les valeurs peuvent
être identiques sans que les bactéries soient proches (Rosselló-Mora & Amann, 2001).
Les hybridations d’acides nucléiques
Les hybridations ADN-ADN se sont révélées essentielles pour la définition d’une
espèce bactérienne. Leurs réalisations n’ont été possibles qu’après la découverte des
phénomènes de renaturation de l’ADN (Marmur & Doty, 1962). Les méthodes
d’hybridation ADN-ADN sont basées sur le fait que deux molécules d’ADN dénaturées
peuvent se réassocier à condition de présenter une homologie. La renaturation est réalisée à
partir d’un mélange de deux ADN dénaturés provenant de deux bactéries différentes. Dans
ces conditions, on obtient d’autant plus de duplex hétérologues que les séquences d’ADN
des microorganismes sont proches. Une espèce est définie phylogénétiquement comme des
souches ayant des valeurs d’hybridation ADN-ADN supérieures ou égales à 70 % et des
différences de température de fusion de brins de l’ADN ( Tm) inférieures ou égales à 5 °C
(Grimont, 1981 ; Rosselló-Mora & Amann, 2001).
Etude des ARN ribosomaux
En 1980, Kimura émis le concept d’horloge « évolutionnaire » : la vitesse de
l’évolution est constante, les mutations qui surviennent dans le génome n’ont pas
nécessairement des conséquences phénotypiques mais elles sont étroitement corrélées avec
le temps. Il est ainsi possible de construire un arbre phylogénétique en utilisant des