(Thèse partie 1)
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Revue bibliographique<br />
siècle pour que les outils nécessaires au développement d’une telle taxinomie soient<br />
disponibles et qu’une taxinomie phylogénétique commence à se mettre en place.<br />
Détermination du G+C %<br />
En 1949, Chargaff et al. ont montré que le contenu en bases puriques et en bases<br />
pyrimidiques de l’ADN pouvait varier d’un individu à un autre mais était constant pour les<br />
individus d’une même espèce. Le contenu en base d’un ADN est exprimé par le GC %.<br />
Chez les bactéries, cette valeur est très dispersée et varie de 25 à 75 % (Rosselló-Mora &<br />
Amann, 2001). Actuellement, on admet que les bactéries dont le contenu G+C diffère de<br />
plus de 3 % ne peuvent appartenir à la même espèce. Lorsque cette différence excède 10<br />
%, les deux bactéries ap<strong>partie</strong>nnent à des genres différents. Cependant, les valeurs peuvent<br />
être identiques sans que les bactéries soient proches (Rosselló-Mora & Amann, 2001).<br />
Les hybridations d’acides nucléiques<br />
Les hybridations ADN-ADN se sont révélées essentielles pour la définition d’une<br />
espèce bactérienne. Leurs réalisations n’ont été possibles qu’après la découverte des<br />
phénomènes de renaturation de l’ADN (Marmur & Doty, 1962). Les méthodes<br />
d’hybridation ADN-ADN sont basées sur le fait que deux molécules d’ADN dénaturées<br />
peuvent se réassocier à condition de présenter une homologie. La renaturation est réalisée à<br />
partir d’un mélange de deux ADN dénaturés provenant de deux bactéries différentes. Dans<br />
ces conditions, on obtient d’autant plus de duplex hétérologues que les séquences d’ADN<br />
des microorganismes sont proches. Une espèce est définie phylogénétiquement comme des<br />
souches ayant des valeurs d’hybridation ADN-ADN supérieures ou égales à 70 % et des<br />
différences de température de fusion de brins de l’ADN ( Tm) inférieures ou égales à 5 °C<br />
(Grimont, 1981 ; Rosselló-Mora & Amann, 2001).<br />
Etude des ARN ribosomaux<br />
En 1980, Kimura émis le concept d’horloge « évolutionnaire » : la vitesse de<br />
l’évolution est constante, les mutations qui surviennent dans le génome n’ont pas<br />
nécessairement des conséquences phénotypiques mais elles sont étroitement corrélées avec<br />
le temps. Il est ainsi possible de construire un arbre phylogénétique en utilisant des