(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
trouvé un intérêt commercial considérable tel que la nucléase H produite par Micrococcus
varians subsp. halophilus. Elle est responsable de la production d’agents de flaveur
(Kamekura et al., 1982). De nombreuses bactéries halotolérantes comme Bacillus sp.
produisent des amylases stables à 60 °C et à 5 M de NaCl et peuvent être ainsi utilisées
dans le traitement des effluents contenant des résidus de cellulose et d’amidon.
D’autres applications biotechnologiques sont aussi à envisager comme l’amélioration de la
récupération des pétroles dans les nappes profondes hypersalées, la production de -
carotène utilisé dans l’industrie alimentaire comme colorant ou en cosmétique comme
précurseur de la vitamine A, la recherche de produits anti-tumoraux, etc. Nul doute
qu’avec le développement de la connaissance de ces microorganismes particuliers et
intéressants, de nouvelles applications biotechnologiques seront proposées.
6. Méthodes pour décrire et accéder à la diversité microbienne
Le maintien de la biosphère dépend en particulier des processus microbiens qui sont à
la base de la vie sur Terre. L’analyse de la diversité microbienne est d’importance pour (i)
augmenter nos connaissances de la diversité des ressources génétiques des communautés
microbiennes, (ii) comprendre la distribution des microorganismes, (iii) améliorer nos
connaissances du rôle fonctionnel des communautés microbiennes, (iv) et ainsi
comprendre la régulation de la biodiversité, et estimer dans quelle mesure le maintien de la
fonction et la régulation d’un écosystème dépendent du maintien d’un certain niveau de
diversité génétique.
6. 1. Taxinomie et définition d’espèce
L’espèce constitue la base du modèle taxinomique. Elle est la catégorie taxinomique
la plus basse et sert d’unité pour la description de la biodiversité et de l’évolution. La
notion d’espèce a été, actuellement, délimitée par le Comité de taxinomie (Stackebrandt et
al., 2002, Kämpfer & Rosselló-Mora, 2004). Rosselló-Mora & Amann (2001), ont proposé
de définir l’espèce comme « un groupe monophylétique et génomiquement cohérent
d’organismes individuels présentant un niveau de similitude globalement élevé pour de
nombreuses caractéristiques indépendantes, et détectable par une propriété phénotypique
discriminante ». Donner une définition de l’espèce bactérienne applicable à tous les
microorganismes semble impossible, il faudrait pour cela trouver suffisamment de critères