(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
Il a toujours été considéré que les environnements hypersalins sont uniquement
habités par les haloarchaea. Mais les méthodes moléculaires ont permis de mettre en
évidence une présence bactérienne (Antón et al., 1999 ; Benlloch et al., 2002). Ainsi de
nouvelles espèces bactériennes halophiles modérées et extrêmes ont été isolées
d’environnements thalassohalins, athalassohalins et de sols hypersalins (Tableau 4-Annexe
2). Des formes sporulées de bactéries ont été isolées des roches du Permien primaire
(Grant et al., 1998). De même, Vreeland et al. (2000) ont cultivé et caractérisé une bactérie
de l’inclusion fluide d’un cristal de sel et dont l’âge du cristal a été estimé à environ 250
millions d’années. Le séquençage complet de l’ADNr 16S a affilié la souche au groupe
formé par Halobacillus marismortui (Bacillus marismortui) et Virgibacillus
pantothenticus.
Généralement, les bactéries halotolérantes et halophiles modérées sont dominantes dans les
environnements à concentration saline inférieure à 10 % (p/v) (Prado et al., 1991 ; Caton et
al., 2004).
4. 2. Taxinomie et phylogénie
Les études phylogénétiques récentes des bactéries halophiles aérobies ou anaérobies
facultatives basées sur les données du séquençage de l’ARN ribosomal 16S a montré que
c’est un groupe physiologiquement hétérogène. Elles appartenant aux embranchements des
Spirochaetes, des Proteobacteria, au groupe des Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroïdes et
aux bactéries à Gram positif à haut et à faible G+C (Tableau 4-Annexe2), indiquant une
grande diversité phylogénique. Certaines souches appartiennent à des genres incluant des
espèces non halophiles comme Pseudomonas, Flavobacterium et Spirochaeta. Alors que
d’autres sont placées dans des genres exclusivement halophiles comme Salinivibrio,
Arhodomonas et Dichotomicrobium, etc. (Ventosa, 1988 ; Ventosa et al., 1998).
En 1988, Franzmann et al., ont formé la famille des Halomonadaceae, regroupant deux
membres halophiles modérés, Halomonas et Delaya. Actuellement, elle comprend cinq
genres, Halomonas (Vreeland et al. 1980), Chromohalobacter (Mellado et al., 1996),
Zymobacter (Okamoto et al., 1993 ; Dobson & Franzmann, 1996), Carnimonas (Garriga et
al., 1998) et Cobetia (Cobet et al., 1970 ; Arahal et al., 2002). Mais uniquement trois
espèces ont été décrites comme halophiles extrêmes ; Halovibrio denitrificans, Halospina
denitrificans (Sorokin et al., 2006) et Salicola marascensis (Maturrano et al., 2006b).