(Thèse partie 1)
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Revue bibliographique<br />
Elles sont toutes halophiles et, pour la plupart, ne peuvent se développer qu’à des<br />
concentrations en NaCl supérieures à 1,5 M (Javor, 1989 ; Grant et al., 2001). La plupart<br />
des espèces ont une croissance optimale à des concentrations variant de 3,5 à 4,5 M, et<br />
même proche de la saturation du NaCl (5,2 M) (Rodriguez-Valera et al., 1981 ; Grant et<br />
al., 2001). Certaines espèces exigent des pH élevés alors que d’autres des teneurs élevées<br />
en magnésium, ce qui reflète leur adaptabilité à leur environnement (Oren, 1994 ;<br />
Kamekura, 1999a). Bien que la physiologie des haloarchaea soit différente de celle des<br />
autres groupes d’Archaea, certains traits sont communs à la plupart des Archaea.<br />
3. 2. Taxinomie<br />
Les termes « halobactérie ou haloarchaea » correspondent aux membres d’archaea<br />
halophiles extrêmes aérobies de la famille des Halobacteriaceae, de l’ordre des<br />
Halobacteriales formée par Grant & Larsen (1989). La connaissance des haloarchaea a<br />
commencé avec la formation de deux genres Halobacterium et Halococcus. Ils constituent<br />
un groupe monophylétique où la majorité des espèces ont des valeurs de 83,2 % de<br />
similitude des séquences d’ADNr 16S, indiquant une diversité génomique (Wright, 2006).<br />
Les méthanogènes est le groupe d’archaea le plus étroitement lié aux halobactéries (Olsen<br />
et al., 1994) avec des valeurs de similitudes des séquences d’ADNr 16S de l’ordre de 80<br />
%. La diversité phylogénique des archaea halophiles extrêmes excède de beaucoup tout ce<br />
qui a pu être envisagé il y’a à peine une quinzaine d’années. Dans la seconde édition du<br />
Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 14 genres ont été décrits (Grant et al., 2001).<br />
À l’heure actuelle, 23 genres existent. Mais, il est probable que la diversité des haloarchaea<br />
soit plus étendue que le nombre de genres décrits, si on considère les non cultivables. La<br />
comparaison des séquence des gènes 16S d’ARNr et l’analyse des lipides polaires<br />
membranaires sont actuellement utilisées comme clés de différenciation entre les membres<br />
des halobactéries (Kamekura, 1998, 1999b ; Kamekura et al., 2004) (Tableau 2-Annexe 1).<br />
3. 3. Structure et physiologie<br />
3. 3. 1. La paroi cellulaire