(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
Elles sont toutes halophiles et, pour la plupart, ne peuvent se développer qu’à des
concentrations en NaCl supérieures à 1,5 M (Javor, 1989 ; Grant et al., 2001). La plupart
des espèces ont une croissance optimale à des concentrations variant de 3,5 à 4,5 M, et
même proche de la saturation du NaCl (5,2 M) (Rodriguez-Valera et al., 1981 ; Grant et
al., 2001). Certaines espèces exigent des pH élevés alors que d’autres des teneurs élevées
en magnésium, ce qui reflète leur adaptabilité à leur environnement (Oren, 1994 ;
Kamekura, 1999a). Bien que la physiologie des haloarchaea soit différente de celle des
autres groupes d’Archaea, certains traits sont communs à la plupart des Archaea.
3. 2. Taxinomie
Les termes « halobactérie ou haloarchaea » correspondent aux membres d’archaea
halophiles extrêmes aérobies de la famille des Halobacteriaceae, de l’ordre des
Halobacteriales formée par Grant & Larsen (1989). La connaissance des haloarchaea a
commencé avec la formation de deux genres Halobacterium et Halococcus. Ils constituent
un groupe monophylétique où la majorité des espèces ont des valeurs de 83,2 % de
similitude des séquences d’ADNr 16S, indiquant une diversité génomique (Wright, 2006).
Les méthanogènes est le groupe d’archaea le plus étroitement lié aux halobactéries (Olsen
et al., 1994) avec des valeurs de similitudes des séquences d’ADNr 16S de l’ordre de 80
%. La diversité phylogénique des archaea halophiles extrêmes excède de beaucoup tout ce
qui a pu être envisagé il y’a à peine une quinzaine d’années. Dans la seconde édition du
Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 14 genres ont été décrits (Grant et al., 2001).
À l’heure actuelle, 23 genres existent. Mais, il est probable que la diversité des haloarchaea
soit plus étendue que le nombre de genres décrits, si on considère les non cultivables. La
comparaison des séquence des gènes 16S d’ARNr et l’analyse des lipides polaires
membranaires sont actuellement utilisées comme clés de différenciation entre les membres
des halobactéries (Kamekura, 1998, 1999b ; Kamekura et al., 2004) (Tableau 2-Annexe 1).
3. 3. Structure et physiologie
3. 3. 1. La paroi cellulaire