(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
C’est un groupe de procaryotes atypiques dont certains se sont fait remarquer par leur
capacité à vivre dans des conditions dites extrêmes (pH, température, salinité, etc.). En fait,
il existe beaucoup d’Archaea qui vivent dans des conditions plus «normales» tout autour
de nous (les Archaea non cultivables du sol, des lacs et de l’océan), et même en nous (les
méthanogènes de nos intestins) (Schleper, 1999). Les archaea sont considérées comme non
pathogènes (Cavicchioli et al., 2003). Ce qui les distingue de tous les autres organismes,
c’est leur biologie moléculaire et leur biochimie, différentes à la fois des Bacteria et des
Eucarya, en particulier, la structure des lipides polaires (Kates, 1972). Les mécanismes
informationnels ressemblant beaucoup plus aux nôtres qu’à ceux des bactéries (Forterre,
1997 ; Olsen et Woese, 1997). D’un point de vue phylogénique, le domaine des Archaea
est divisé en trois règnes :
Les Crenarchaeota qui regroupent les organismes les plus thermophiles, les
Thermoproteales, les Pyrodictiales et les Sulfolobales métabolisant le soufre comme
source d’énergie.
Les Korarchaeota renferment les organismes isolés de sources chaudes mais aucune
souche n’a été isolée en culture pure.
Les Euryarchaeota (appelées auparavant Eocytes) regroupent les phénotypes variés,
Thermococcales, les Methanococcales, les Methanobacteriales et les Halobacteriales.
Phylogéniquement distinct et distant des Eucarya et des Bacteria, les archaea
halophiles extrêmes sont très fréquentes dans les lacs salés et les salines ou mares
préparées pour l’évaporation de l’eau de mer conduisant à l’obtention de sel marin (Nuttall
& Dyall-Smith, 1993 ; Montalvo-Rodriguez et al., 2000 ; Asker & Ohta, 2002). Elles ont
été isolées des dépôts de sel du Permien et du Triasique (Stan-Lotter et al., 1993, 1999,
2000), des mines de sel (Norton et al., 1993 ; Denner et al., 1994 ; McGenity et al., 2000 ;
Stan-Lotter et al., 2001, 2002). Elles peuplent aussi les lacs hypersalés (Oren et al., 1995 ;
Xin et al., 2000), les lacs natronés (Soliman & Trüper,, 1982 ; Tindall et al., 1984 ; Kanai
et al., 1995 ; Xu et al., 2001), les sols salés (Zvyagintseva & Tarasov, 1987 ; Hezayen et
al., 2002) et le sable marin (Kamekura & Dyall-Smith, 1995). Les halobactéries ont été
également isolées de poissons et autres aliments conservés par le sel (Petter, 1931 ; Bailey
& Birbir, 1993 ; Mevarech, 2000).