(Thèse partie 1)
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Revue bibliographique<br />
produite par Haloarcula marismortui est la plus étudiée de toutes les protéines halophiles.<br />
Elle contient plus de résidus acides (aspartate et glutamate) et moins de résidus basiques<br />
(lysine) que son homologue non halophile, mais aussi plus de petits résidus hydrophobes<br />
(alanine, glycine et valine) et peu de résidus aliphatiques (Lanyi, 1974 ; Madern et al.,<br />
1995 ; Ebel et al. ; 1999, Madern et al., 2000 ; Oren & Mana, 2002). Ces groupements<br />
d’acides aminés acides sont connus pour interagir fortement avec les molécules d’eau et les<br />
ions positifs comme le K + (Hough & Danson, 1999). D’autres cations et anions peuvent<br />
également contribuer dans la stabilisation, et particulièrement les ions divalents tels que le<br />
Mg 2+ (Lanyi, 1974, Madern et al., 2000). L’accumulation de résidus acides est donc un<br />
mécanisme d’adaptation aux fortes concentrations de sels (Figure 6).<br />
Figure 6. Comparaison des charges de<br />
surface de protéines. TFBe de<br />
Halobacterium NRC-1 (protéine<br />
halophile) et Facteur d’initiation de<br />
transcription humain TFIIB (non<br />
halophile) (Kennedy et al., 2001).<br />
Caractère acide est en rouge, basique en<br />
bleu et neutre en blanc. Les sites de<br />
fixation de TBP et BRE sont indiqués<br />
3. Archaea halophiles extrêmes<br />
3. 1. Généralités<br />
En 1977, un des étudiants de Woese (G. E. Fox) découvrit, chez les organismes<br />
méthanogènes d’organisation cellulaire procaryote, un nouveau type de profil d’ARNr 16S<br />
ne pouvant être assimilé ni à un profil bactérien, ni à profil eucaryote (ARNr 18S) (Woese<br />
& Fox, 1977). Il venait de caractériser un groupe d’organismes aussi éloigné des Eucarya<br />
et des Bacteria que ne peuvent l’être ces deux derniers groupes entre eux. D’abord<br />
prénommé Archéobactéries, car ces organismes semblaient archaïques, ce groupe fut<br />
ensuite appelé Archaea (Woese et al., 1990).