(Thèse partie 1)

16
Revue bibliographique
produite par Haloarcula marismortui est la plus étudiée de toutes les protéines halophiles.
Elle contient plus de résidus acides (aspartate et glutamate) et moins de résidus basiques
(lysine) que son homologue non halophile, mais aussi plus de petits résidus hydrophobes
(alanine, glycine et valine) et peu de résidus aliphatiques (Lanyi, 1974 ; Madern et al.,
1995 ; Ebel et al. ; 1999, Madern et al., 2000 ; Oren & Mana, 2002). Ces groupements
d’acides aminés acides sont connus pour interagir fortement avec les molécules d’eau et les
ions positifs comme le K + (Hough & Danson, 1999). D’autres cations et anions peuvent
également contribuer dans la stabilisation, et particulièrement les ions divalents tels que le
Mg 2+ (Lanyi, 1974, Madern et al., 2000). L’accumulation de résidus acides est donc un
mécanisme d’adaptation aux fortes concentrations de sels (Figure 6).
Figure 6. Comparaison des charges de
surface de protéines. TFBe de
Halobacterium NRC-1 (protéine
halophile) et Facteur d’initiation de
transcription humain TFIIB (non
halophile) (Kennedy et al., 2001).
Caractère acide est en rouge, basique en
bleu et neutre en blanc. Les sites de
fixation de TBP et BRE sont indiqués
3. Archaea halophiles extrêmes
3. 1. Généralités
En 1977, un des étudiants de Woese (G. E. Fox) découvrit, chez les organismes
méthanogènes d’organisation cellulaire procaryote, un nouveau type de profil d’ARNr 16S
ne pouvant être assimilé ni à un profil bactérien, ni à profil eucaryote (ARNr 18S) (Woese
& Fox, 1977). Il venait de caractériser un groupe d’organismes aussi éloigné des Eucarya
et des Bacteria que ne peuvent l’être ces deux derniers groupes entre eux. D’abord
prénommé Archéobactéries, car ces organismes semblaient archaïques, ce groupe fut
ensuite appelé Archaea (Woese et al., 1990).